Между тем британцы, пользуясь усилением своего влияния в Афганистане после войны 1878–1880 гг., начали подстрекать афганского эмира к захвату ханств Шугнана и Вахана, получивших, с падением Коканда, независимость. Одновременно англичане стали высылать сюда под видом научных экспедиций разведчиков и посланцев к правителям памирских ханств.
Однако и русский Генеральный штаб также стал посылать туда своих офицеров (экспедиция капитана Громбчевского в 1888–1890 гг.). Примеру англичан последовали китайцы, выставившие свои посты в долинах озер Ранг-Куль и Яшиль-Куль. Прибывшие затем афганцы оттеснили китайцев к Ранг-Кулю.
Затем в 1890 г. в Кашгар прибыла из Индии английская миссия — официально для учреждения в этом городе консульства, но на самом деле, для переговоров с Китаем о разделе Памира. Учитывая это, России пришлось действовать более решительно.
Для фактического занятия Памира 2 июня 1891 г. выступил из Маргелана небольшой отряд полковника Ионова, состоявший из команд 2, 7, 15, 16 и 18-го Туркестанских линейных батальонов и 24 станичников 6-го Оренбургского казачьего полка (всего 8 офицеров и 114 рядовых). Перед Ионовым стояла трудная задача: избегая столкновений, прекратить хозяйничанье афганцев и китайцев на Памире, указав на его принадлежность России, и произвести геодезическую съемку.
Преодолев с неимоверным трудом перевал Тенгиз-Бай, отряд двинулся правым берегом Кизил-Су и перешел ее вброд против урочища Бордаба. Отсюда он выступил 10 июля через деревню Кизыл-арт и подошел к реке Муз-Кол. Здесь отряд разделился: казаки с полковником пошли на перевал Уз-Бель и озеро Ранг-Куль, а пехота с вьюками — на перевал Ак-Байтал.
Затем пехотинцы по реке Ак-Байтал вышли в долину реки Аксу, а оттуда в долину реки Адичура, где и оставались, охотясь и производя рекогносцировки, пока Ионов с казаками объезжал местность в окрестностях Гиндукуша. От Ранг-Куля полковник направился по реке Аксу к Ак-Ташу, затем 21 июля через перевал Беик вышел в долину реки Кара-Чукура, вверх по этой реке на перевал Вахджир и к 25 июля достиг Базаи-Гумбеза. У перевала Беик казаки арестовали английского лейтенанта Девинсона, отправленного под конвоем в Маргеллан, а у Базаигумбеза — английского капитана Юнгхесбенда, с которого взяли письменное обязательство покинуть Памир и более здесь не появляться.
После этого полковник с казаками через перевал, названный его именем, перешел на южную сторону Гиндукуша и обратно вернулся в долину Вахандарьи к селу Сархад через перевал Борогиль. Отсюда Ионов направился в долину реки Памир и 11 августа, выйдя через перевал Харгош, в долине Аличура соединился с пехотой у озера Яшиль-Куль, откуда и двинулся в обратный путь в город Ош.
Полковник, убедившись, что население лояльно относится к новой власти, начал действовать, как у себя в имении, расставляя пограничные знаки, назначая и утверждая беков и т. п. Однако после ухода отряда китайцы и афганцы опять стали хозяйничать в долинах рек Аксу и Аличура. Это вынудило администрацию Туркестана вновь направить в 1892 г. на Памир отряд Ионова. Но этот отряд представлял собой уже довольно внушительную силу (3 сотни 6-го Оренбургского казачьего полка, 2 взвода Туркестанской конной горной батареи, команда саперов и телеграфного парка от Туркестанского саперного полубатальона, 2 сводные роты от 2-го Туркестанского линейного батальона, 2 роты охотничьих команд 2, 4, 7, 16, 18 и 20-го Туркестанских линейных батальонов).
Отряд выступил из Маргеллана 2 июня 1892 г. и 17 июня прибыл к озеру Ранг-Куль, где находились китайцы, бежавшие при приближении русских. 27 июня отряд стал на левом берегу реки Мургаб (Аксу), около слияния с ней реки Ак-Байтал (урочище Шаджан). Здесь пришли сведения об афганском посте у впадения реки Аличура в озеро Яшиль-Куль и о возможном нападении китайцев в случае движения отряда к озеру.
Поэтому Ионов выступил против афганцев, а капитан Скерский — против китайцев, заставив их очистить укрепление Ак-Таш, а Ионов, после рукопашной схватки 12 июля, уничтожил афганский пост у Сума-Таша. 25 июля Ионов выступил обратно на Мургаб (Аксу). Здесь, на месте прежнего бивака, он заложил укрепление, выслав капитана Скерского с полусотней для рекогносцировки отдаленных частей Памира, где снова появились китайцы. 25 августа Ионов выступил в Фергану, оставив в новом укреплении Шаджанский отряд (160 пехотинцев и 40 казаков) капитана Кузнецова, который успокоил китайцев и установил с ними дружеские отношения.
Зима 1892 г. прошла спокойно, но весной 1893 г. афганцы стянули войска к границам Бухары, в Шугнан и Рошан, собирая с местного населения дань. Для прекращения произвола и выяснения вопроса о продовольствии в Шугнан и Рошан откомандировали партию штабс-капитана Ванновского (2 офицера и 10 нижних чинов).