К опекунству великой княгини Елизаветы Федоровны детям привыкнуть было нелегко. Она держалась с ними строго и порой бывала неприветлива. 1902 год Мария считала последним годом своего детства, а годы юности, проведенные в «Ильинском», считала «безмятежными» и вспоминала о них часто.
Встреча с отцом состоялась лишь в 1904 году — в Баварии, в Тегернзее, на вилле Марии Александровны, герцогини Саксен-Кобургской, куда Марию и Дмитрия привезли их опекуны. Сначала чувствовалось некоторое напряжение, но «
Незабываемыми в памяти великой княжны Марии навсегда остались события 1904 года: стачки и беспорядки на улицах Москвы. Город находился «в возбужденном состоянии». Семья из «Ильинского» переехала в Кремль — там дяде Сергею казалось безопаснее. Став московским губернатором, он приобрел немало врагов, его считали жестким и крайне высокомерным правителем. Поговаривали, что на великого князя готовится покушение. Так что за ворота Кремля выезжали редко.
Но трагедия все же свершилась. В полдень 14 февраля 1905 года при выезде из Кремля великий князь Сергей Александрович был убит: в карету московского генерал-губернатора была брошена бомба, разорвавшая его буквально на куски. Убийца, эсер Каляев, был арестован и приговорен к смертной казни. Как потом стало известно, великого князя предполагали убить еще двумя днями раньше, когда он покидал территорию Кремля, чтобы сопровождать Марию и Дмитрия в Большой театр на благотворительный спектакль. Но террорист, как сообщали потом в прессе, не посмел поднять руку на ни в чем не повинных детей.
Гибель дяди Сергея для Марии и ее брата была огромной потерей — этот человек дарил им свою искреннюю любовь. Он был для двух осиротевших детей как заботливая мать, несмотря на свою внешнюю холодность и твердость.
Великого князя Сергея Александровича похоронили в одном из старинных храмов Кремля. На похороны приехал отец Марии — ему было позволено попрощаться с братом. Тогда же Павел Александрович обратился к императору с просьбой взять детей в Париж, где он проживал со своей женой графиней Гогенфельзен (этот титул Ольга, урожденная Карнович, получила от баварского короля) и тремя детьми, рожденными ею. (В изгнании Ольга родила еще двух дочерей — Ирину и Наталью.) Однако великий князь получил решительный отказ.
Оставшиеся три года до замужества Марии она и Дмитрий проживали с тетей Эллой в Москве. Гибель мужа сделала вдову дяди Сергея, великую княгиню Елизавету Федоровну, добрее к племянникам. После длительного траура она распустила свой двор, а громадное состояние разделила на три части. Одну передала в казну, вторую завещала воспитываемым в ее семье Марии и Дмитрию, а на третью купила в Москве, на Ордынке, усадьбу, куда и переехала год спустя после свадьбы великой княжны Марии. Созданная там обитель стала смыслом жизни овдовевшей тети Эллы.
Для ее юных племянников настало хорошее беззаботное время. Науками их не обременяли, они росли каждый со своими интересами. Какая-либо последовательность в системе их образования отсутствовала, методы обучения, со слов Марии, были поверхностными и не приносили пользы. Мария увлекалась рукоделием, Дмитрий — конным спортом…
Летом 1907 года Ирена, жена прусского принца, прислала своей сестре, русской великой княгине Елизавете Федоровне письмо, в котором сообщила, что шведская кронпринцесса просит выслать в Стокгольм последние фотографии ее воспитанницы великой княжны Марии. Это письмо, как бы забытое тетей Эллой на видном месте, «случайно» попалось на глаза племяннице. Мария поняла, что планируется ее брак.
«…