Спустя некоторое время по возвращении из Иерусалима скончался сомолитвенник отца Арсения отец Николай. Случилось это 6 февраля 1841 года, на сырной неделе, в четверг. Отец Арсений остался один с Единым Богом и сам готовился к исходу. Многие желали с ним жить, но он никого не принимал целый год. Потом получил от Бога известие, что осталось ему некоторое время еще пожить в этом мiре, и начал принимать всех желающих. Вскоре собралось таковых восемь человек. Тогда его заставила нужда оставить свою келлию, не вмещавшую всех подвизавшихся с ним. И ушел он в самую далекую пустыню, в скит «Лак» во имя святого великомученика Димитрия, где поселился со всеми учениками в одной большой келлии.
Скитские отцы весьма обрадовались, что пришел к ним такой светильник. Но русская братия, жившая близ Кареи и на Капсале, весьма скорбела, что удалился от нее отец и пастырь их. Жил он теперь от них на расстоянии полутора дней пути. Впрочем, хотя далек и труден был путь, но от своего утешителя они не отстали и продолжали наведываться к нему даже туда. Духовник же не велел им утруждаться, но просил избрать себе другого духовника, проживающего ближе. Но они ему отвечали: «Отче святой! Много есть духовников. Но другого такого утешителя и отца в скорбях наших обрести не можем».
Многие из учеников отца Арсения не могли вместить его образа жизни и нестяжания. Думая отойти от него, стали просить благословения, чтобы он отпустил их избрать себе на Святой Горе другое место для жительства. Он же, утешая их, говорил: «Чада мои возлюбленные, чем вы недовольны? Чем я вас отяготил? Или скорбите, что много трудов? Сидите каждый в своей келье, храните безмолвие. Не оставляете келейного своего правила и соборной церковной службы. Упражняетесь всегда в богомыслии и беспрестанной умной молитве. Всеми силами стараетесь очищать внутреннего человека и не принимать никаких прилогов дьявольских. Открываете все свои помыслы, не удерживая их, да не обладает никем из вас дьявол. Или вы пищей недовольны? И о том не скорбите. Все вам Господь потребное пошлет к насыщению и утешению. Ибо он сказал:
Но некоторые ученики не слушали наставлений старца и говорили: «Кто может вместить твое нестяжание? Что Господь нам и пошлет, то ты все раздаешь прочим». Он же сказал им: «Кто хочет со мной жить, да подражает мне. Кто не хочет последовать моей жизни, да живет, где хочет. Я благословляю. Только живите внутри Святой Горы Афонской, а вон из Святой Горы выходить не благословляю, кроме особенной воли Божией».
После этого многие разошлись от него по прочим монастырям и скитам, кого куда Бог назначил. Впрочем, отлучились они телом, а духом и любовью все к нему остались привязаны.
Прожив в скиту три года, по некоторым благословенным обстоятельствам отец Арсений вышел оттуда с оставшимися учениками. Они купили себе келлию Святой Троицы близ монастыря Ставроникита и обосновались там. Вся русская братия весьма обрадовалась, что вновь к ним возвратился их отец и пастырь. Здесь старец оставался до самой смерти.
Отец Арсений делал на Святой Горе великие распоряжения, и никто ему не мог противоречить. По его благословению игумен Ильинского скита иеромонах Павел уступил в споре за игуменский пост братии из малороссов и оставил им свою должность, благодаря чему сохранились добрые отношения между малороссами и великороссами. Впоследствии отец Арсений и далее старался умиротворять малороссов и примирить их с великороссами, но, встретив упорство с их стороны, дал благословение молодым подвижникам, отцу Виссариону (Толмачеву) и отцу Варсонофию (Вавилову), организовать новый скит специально для великороссов, что с Божией помощью вскоре и свершилось.
По его благословению иеросхимонах Аникита (Ширинский-Шихматов) принял приглашение греков Пантелеимонова монастыря и со своими учениками поселился в древней русской обители. По его же благословению и во второй раз вошли русские во главе с иеросхимонахом Павлом в Пантелеимонов монастырь. По его же благословению после смерти отца Павла русскую братию Пантелеимонова монастыря возглавил молодой отец Иоанникий. Многих он благословил проводить жизнь свою на Афоне, хотя те и не желали этого. А многих выслал со Святой Горы в разные места, в числе таких был и составитель его жития отец Парфений (Агеев), отправленный отцом Арсением в Россию, в Сибирскую страну, для основания там монастыря. Отец Арсений был духовным отцом всех русских монахов, проживавших тогда на Афоне, и, бесспорно, не только сыграл выдающуюся роль в жизни отдельных лиц, но и повлиял на будущее развитие всех русских обителей на Святой Горе.