С суши город был защищен Новой крепостью с укреплениями в скале и тремя фортами – Сан-Авраам, Сан-Роке и Сальвадор, соединенными подземными ходами. С моря крепость прикрывалась высоким скалистым островом Видо, служившим ключевой позицией ее обороны. На нем располагались пять мощных батарей и центральный редут, соединенные засеками. Ушаков назвал Видо ключом Корфу.
Гарнизон крепости Корфу, которым командовал дивизионный генерал Л.Ф.Ж. Шабо, состоял из 3,7 тысячи человек (в том числе на острове Видо под командой генерала Пиврона – 821 человек). В Корфу и на острове Видо имелись 650 орудий разных калибров. Гарнизон был обеспечен полугодовым запасом продовольствия.
Линейные корабли «Женере», «Леандр» и фрегат «Брюн», стоявшие вместе с мелкими судами в гавани Мандракио, своим огнем могли содействовать обороне крепости с моря. Они имели на борту более 200 орудий, экипажи насчитывали около 1,5 тысячи моряков.
Отсутствие достаточного количества сухопутных войск и осадной артиллерии вынудили Ф.Ф. Ушакова в ожидании прибытия остальных отрядов установить тесную блокаду крепости с суши и моря. Подготовку к взятию крепости начали с постройки на берегу вблизи укреплений крепости осадных батарей.
Адмирал 10 ноября направил В.С. Томаре письмо, в котором сообщал о недостатках в снабжении эскадры продовольствием и об отсутствии средств для обмундирования личного состава эскадры.
12 ноября французский корабль «Женере», выйдя из порта Корфу, открыл огонь по «Св. Троице». Увидев, что на помощь русскому кораблю двинулся «Захарий и Елизавета», французский корабль ушел под прикрытие береговых батарей. Через полчаса он вышел другим проходом и начал перестрелку со «Св. Павлом», но, получив повреждения, вернулся в порт.
14 ноября на берег к северу от крепости был отправлен отряд в 128 человек под командой капитана Кикина и лейтенанта Ганфельда. Этот отряд занял холм у деревни Мандуккио, против форта Сан-Авраама, и построил там батарею из 9 орудий. В ту же ночь отряд отразил вылазку, произведенную большими силами неприятеля.
Через два дня с южной стороны крепости был высажен другой небольшой отряд – лейтенанта Ратманова с 13 ю морскими солдатами и 6 ю артиллеристами. Отряд этот построил при помощи вооруженных жителей батарею (две пушки и гаубица) на холме св. Пантелеймона. Эти две батареи, несмотря на свою слабость, сильно беспокоили французов. И комендант крепости решил их уничтожить.
Сам генерал Шабо утром 20 ноября повел из крепости на холм св. Пантелеймона отряд в 600 человек с двумя орудиями. Вооруженные корфиоты числом до 1,5 тысячи дрогнули под стремительным натиском неприятеля и бросились бежать. 17 наших солдат были захвачены в плен, два спаслись на шлюпке. Три наших орудия достались французам.
В тот же день, через несколько часов, французы в числе 1 тысячи человек бросились на приступ второй нашей батареи у Мандуккио. Здесь находились 310 русских, 100 турок и 30 албанцев. Бой длился с полудня до самого вечера, наступление велось с трех сторон, причем в атаке участвовала и кавалерия. Наш отряд выступил из батареи и бросился в штыки. Неприятель отступил, и несмотря на повторявшиеся атаки французов, все они были отражены. Батарея оставалась до самого падения крепости.
Союзный флот испытывал большие трудности со снабжением боеприпасами и продовольствием. Турки, обязавшиеся снабжать корабли провиантом, доставляли недоброкачественные продукты и с большими перебоями. 22 ноября к эскадре Ф.Ф. Ушакова у Корфу пришли из Черного моря бриг «Феникс» (лейтенант Л.Ф. Морской) и шхуна № 1 (капитан-лейтенант П.М. Макшеев), доставив провиант.
К Корфу постепенно стягивались все русские и турецкие суда. 22 ноября пришел отряд Д.Н. Сенявина от острова Св. Мавры.
9 декабря от берегов Египта пришел отряд А.А. Сорокина – фрегаты «Св. Михаил» и «Казанская Богородица». Этот отряд 14 сентября выйдя из Дарданелл, сделав остановки у островов Станчио и Родос, прибыл к Александрии. Отряд Сорокина за время участия в блокаде Александрии перехватил несколько судов, пытавшихся доставить пополнение французам. Но русские суда, находившиеся у берегов Египта, не получали провианта ни от турок, ни от англичан. 22 октября отряд направился к Корфу.
Наконец 30 декабря в Корфу прибыл отряд контр-адмирала П.В. Пустошкина, вышедший из Севастополя 26 октября. Он состоял из кораблей «Св. Михаил» (капитан 1 го ранга И.О. Салтанов), «Симеон и Анна» (капитан 2 го ранга К.С. Леонтович).
Однако сухопутных войск для штурма крепости не хватало. 26 ноября Ф.Ф. Ушаков пишет письмо Али-паше Янинскому с напоминанием о скорейшей присылке войск для совместных действий против Корфу. В начале декабря фрегат «Счастливый» и турецкий фрегат направлены в Химару для доставки албанских войск в Корфу.
2 декабря Ф.Ф. Ушаков написал письма Кадыр-бею о необходимости скорейшей присылки для осады Корфу войск, обещанных турецким правительством, и принятию мер к ускорению доставки продовольствия для эскадры. Затем он еще несколько раз напоминал о присылке войск, обещанных турецким правительством.