В мае 1799 г. на освобожденных островах была создана Республика Семи Островов. Высшая административная власть в ней принадлежала выборному сенату, состоявшему из делегатов от органов самоуправления, куда избирались представители не только высших классов, но также ремесленников и крестьян. Республика считалась под временным протекторатом России и Турции. Русская военная власть не вмешивалась во внутренние дела островов. Освободив Ионические острова, Россия приобрела на Средиземном море военную базу, которую в дальнейшем очень успешно использовала в ходе войны третьей коалиции европейских держав против Франции.
Г. Нельсон, находившийся в Палермо, 15 февраля направил Ф.Ф. Ушакову письмо с просьбой о присылке части русской эскадры в Мессину для оказания помощи неаполитанскому королевству: «Милостивый государь!
Его сицилийское величество послал письма и доверенное лицо для переговоров с вашим превосходительством о настоящем положении дел в этой стране с просьбой направить часть вашего флота к Мессине для оказания помощи этому королевству, чтобы предотвратить переход его в руки французов, и когда ваше превосходительство получит письмо вашего министра по этому в высшей степени важному делу, то я буду просить вас только об одной очень большой услуге, которую вы можете оказать общему делу, в частности его сицилийскому величеству, а именно послать в Мессину столько кораблей и войск, сколько будет возможно.
Я имею теперь в Египте следующие корабли: «Culloden» 74, «Jealous», «Lion» 64, «Tiqre» 80, «Theseus» 74, «Swiftsure» 74, «Sea Horse» 38, «Etna» и «Veseveus Bombes». При блокаде Мальты – четыре парусных линейных корабля, четыре фрегата и корвета. Я надеюсь в скором времени увидеть флаг его сицилийского величества развевающимся над городом Ла-Валетта. Я имею также два португальских линейных корабля при Мессине и два линейных английских корабля в Палермо.
Имею честь быть с истинным чувством уважения вашего превосходительства покорнейшим слугою».
Прорыв французов в Средиземное море, турецкий десант у Абукира, возвращение Бонапарта во Францию
В то время как русские освобождали Ионические острова, англичане были заняты блокадой другой ключевой позиции Средиземного моря – острова Мальта. Блокада была начата 18 сентября 1798 г. кораблями Португалии – союзника Англии. В октябре их сменили корабли эскадры Г. Нельсона. Англичане ограничивались только блокадой, благодаря чему действия у Мальты развивались значительно медленнее, чем у Корфу, блокада острова длилась более 20 месяцев.
Англичане 16 ноября 1798 г. овладели островом Минорка. На Мальте население восстало против французов, которые оказались заблокированными в крепости Ла-Валетта. Но крепость капитулировала только 5 сентября 1800 г., после того как истощились все продовольственные запасы у ее защитников.
Средиземное море, находившееся в продолжение полутора лет в полном владении Франции, теперь было занято английскими, русскими, турецкими и португальскими эскадрами и отрядами, и к концу 1798 г. у французов оставался в этом море только один линейный корабль, заблокированный на Мальте. Наибольшую активность проявляли французские каперы, весьма многочисленные в Средиземном море.
Весной 1799 г. Франция сделала попытку восстановить утраченное обладание Средиземным морем, для чего в командование брестским флотом вступил сам морской министр адмирал Ф. де Брюи. Воспользовавшись тем, что английская эскадра из-за свежего ветра отошла на 12 миль к западу от острова Уэссана, французский флот (25 линейных кораблей, 5 фрегатов, 2 корвета) 26 апреля вышел в море и направился на юг. Он имел задачу деблокировать находившуюся в Кадиксе испанскую эскадру из 19 линейных кораблей, вместе с ней войти в Средиземное море, деблокировать Мальту, овладеть Миноркой и восстановить сообщение между Францией и армией Бонапарта в Египте.
Не зная намерения французов, английская эскадра от Бреста поспешила к берегам Ирландии для защиты ее от возможного нападения. Время на поиск Ф. де Брюи было упущено.
Небольшая английская эскадра, блокировавшая Кадикс, не стала препятствовать французам, и они 5 мая вошли в Средиземное море. Штормовой ветер препятствовал испанцам присоединиться к союзникам.
Английские морские силы в это время были сильно разбросаны и не смогли сразу организовать преследование противника. Их эскадры стягивались в Порт-Магон на острове Минорка.
Воспользовавшись уходом англичан в Средиземное море, испанцы 14 мая вышли из Кадикса, прошли Гибралтар и 20 го прибыли в Картахену.
22 мая лорд Сент-Винсент с 20 линейными кораблями вышел к Тулону, а 30 го он узнал, что французский флот три дня назад покинул Тулон. Английский флот искал французов, а французская эскадра адмирала Брюи – 22 корабля, 11 фрегатов и корветов, 2 транспорта – 26 мая вышла из Тулона и направилась на восток. 31 мая она вошла в бухту Вадо (у Генуи), высадила 1000 солдат и припасы для помощи Савоне, обложенной русско-австрийской армией.