В то же время русские корабли прикрывали переходы судов союзников. Так, в октябре поляка «Экспедицион» под командованием лейтенанта М.В. Македонского прикрывала переход 11 сардинских транспортов из Ливорно в Кальяри.
30 ноября П.В. Пустошкин высадил батальон майора А.Ю. Гамена (около 200 человек) для усиления войск генерала Кленау, готовившихся штурмовать Геную. Штурм, начатый 4 декабря, был отбит французами. Австрийцы потеряли до 3 тысяч человек. Отступая, они бросили русский отряд. Потеряв 75 человек, батальону А.Ю. Гамена удалось отойти к Сестрии, откуда на гребных судах он был перевезен 7 декабря на корабли эскадры. 9 декабря эскадра перешла в Специю, а 27–28 декабря – в Ливорно.
14 ноября в Корфу пришел из Черного моря отряд капитана 1 го ранга С.А. Пустошкина – фрегаты «Александр Невский», «Иоанн Златоуст», бригантины «Благовещение», «Илларион», «Алексей», «Могилет», «Константин», «Петр» и «Иосиф». В Одессе на суда приняли два гренадерских батальона под командованием генерал-майора М.М. Бороздина (1422 человека). Войска предназначались для несения службы при дворе неаполитанского короля.
21 сентября отряд вышел в море и спустя шесть дней прибыл в Константинополь. 17 октября суда продолжили поход и 14 ноября прибыли в Корфу, где войска были свезены на берег. В марте 1800 г. они на тех же судах С.А. Пустошкина были перевезены в Отранто и 11 апреля прибыли в Неаполь. Отряд С.А. Пустошкина в июне 1800 г. вернулся в Черное море.
Прерванный поход к Мальте, крейсерство у Сицилии, возвращение эскадры Ф.Ф. Ушакова в Россию
Осенью 1799 г. Нельсон все же был вынужден просить Ф.Ф. Ушакова о помощи в связи с тем, что блокада крепости Ла-Валетта на Мальте затянулась. В начале октября русская эскадра стала готовиться к походу к Мальте. Ф.Ф. Ушаков отозвал наш десант из Рима. В помощь Ф.Ф. Ушакову А.В. Суворов направил после сражения при Нови три гренадерских батальона под командой генерал-майора Д.М. Волконского (1990 чел.), которые прибыли в Неаполь 6 ноября.
Противные ветра задержали выход в море, и только 21 декабря русская эскадра (семь кораблей, фрегат, восемь вспомогательных судов, 1990 человек десанта) покинула Неаполь, здесь остались три фрегата, которые ремонтировались. 25 декабря эскадра пришла в Мессину, где стояли корабль «Св. Петр» и фрегат «Поспешный». Однако здесь Ф.Ф. Ушаков получил указ Павла I о возвращении на родину. 31 декабря эскадра снялась с якоря и пошла в Корфу, куда прибыла 8 января 1800 г.
Корабли «Св. Павел», «Захарий и Елизавета», «Св. Петр» и «Мария Магдалина» были разоружены и разгружены для ремонта.
11 января были посланы приказания Ф.Ф. Ушакова вице-адмиралу П.В. Пустошкину (находился у Генуи), капитану 2 го ранга А.А. Сорокину (с 3 фрегатами в Неаполе), капитану 2 го ранга Н. Войновичу (три фрегата в блокаде Анконы) немедленно возвращаться к Корфу.
Отряд А.А. Сорокина был оставлен в Неаполе по просьбе Неаполитанского правительства.
24 января 1800 г. в Эль-Арише была заключена Франко-турецкая конвенция об эвакуации Египта. В соответствии с ней французская армия в Египте согласна на эвакуацию. Она отступит с оружием, багажом и амуницией на Александрию, Розетту и Абукир. Устанавливалось перемирие на море на все то время, пока эскадра, перевозящая французскую армию, не достигнет Франции. Однако вскоре англичане потребовали разоружения всей французской армии, что нарушило перемирие. Военные действия возобновились.
Узнав о намерении Турции выпустить французские войска из Египта, Павел I дал Ушакову новый приказ направить корабли эскадры для крейсерства на морских сообщениях французской армии в Египте. Ушаков определил два района крейсерства – между Сицилией и берегом Италии и между Сицилией и берегом Африки.
Отряд вице-адмирала П.В. Пустошкина: «Св. Михаил», «Симеон и Анна» стоял на якоре в Ливорно. 8 февраля 1800 г. корабли снялись с якоря и направились в Неаполь. Задержавшись из-за шторма, они 17 го пришли на Неапольский рейд, где стояли фрегаты «Св. Михаил», «Григорий Великия Армении», «Св. Николай».
13 февраля Ушаков направил Пустошкину ордер о следовании к Мессине для задержания французских судов, идущих из Египта. Получив приказ, отряд 4–7 марта перешел в Мессину. Корабли отряда крейсировали между островом Сицилия и берегами Италии, периодически заходя в Сиракузы. 16 апреля Ушаков направил указ о возвращении на Корфу. 25–30 мая отряд Пустошкина перешел от Сиракуз в Корфу.
Для крейсерства между побережьем Африки и Сицилией была направлена недавно пришедшая в Средиземное море эскадра контр-адмирала П.К. Карцова. 20 марта она вышла с Корфу и 25 го прибыла к Сицилии. Суда эскадры ходили в крейсерство между островами Сицилия, Мальта и тунисским берегом. 1 мая Ушаков направил ордер П.К. Карцову о возвращении в Корфу.
18 мая эскадра, стоявшая у острова Леонса, снялась с якоря и на следующий день пришла в Палермо. 27 мая – 2 июня она перешла в Корфу.