Ушаков задержался на Корфу, так как корабли требовали ремонта. В июне 1800 г. адмирал получил еще одно приказание императора о возвращении в Россию.
6 июля 1800 г. Ушаков с 9 кораблями и 1 фрегатом покинул Корфу, 10 сентября он прибыл в Буюкдере. Не потерявшая ни одного судна в жестоких боях, эскадра Ушакова при возвращении в Черное море лишилась двух судов. 9 октября фрегат «Поспешный» и шебека «Макарий» штормом были выброшены на Румелийский берег у Константинополя и погибли.
26 октября 1800 г. эскадра Ф.Ф. Ушакова, салютуя, вошла в Севастополь. Победоносная Средиземноморская кампания Черноморского флота, длившаяся два с лишним года, завершилась.
За полгода до этого, 21 марта 1800 г., в Константинополе между Россией и Турцией была заключена Конвенция о республике Семи Соединенных Островов (Ионические о-ва). В соответствии с этой конвенцией, в частности, по соглашению с правительством республики, на островах останется русско-турецкий гарнизон на время войны с Францией.
После ухода основных сил эскадры Ушакова из Средиземного моря там осталась часть судов и войск, чтобы обеспечить безопасность Ионических островов. И только через несколько лет Россия для противодействия новым попыткам французов осуществить захваты на Балканах, а также для защиты Ионических островов как базы русского флота в Средиземном море вновь начала концентрировать на Корфу силы, которые затем возглавил адмирал Д.Н. Сенявин.
Отряд А.А. Сорокина – фрегаты «Св. Михаил», «Григорий Великия Армении», «Св. Николай» – по просьбе Неаполитанского короля и Высочайшего повеления остался в Неаполе до 1802 г. и вернулся в 1803 г.
Отряд Н.Д. Войновича – фрегаты «Вознесение», «Казанская Богородица», «Сошествие св. Духа», завершив блокаду Анконы, пришел в Триест для исправления повреждений. В августе – сентябре он перешел из Триеста в Корфу. Из-за ветхости и ненадежности корпусов фрегатов почти все их пушки были спущены в трюм, в деках оставлены только по пять орудий на борт. При усилении ветра фрегаты укрывались в ближайшем порту, поэтому шли 44 дня.
5 декабря Н.Д. Войнович направляет рапорт: «эскадра (3 фрегата) из-за неблагонадежности, нехватки провианта и осеннего времени должна остаться на зимовку в Корфу». За то, что фрегаты остались зимовать в Корфу, Н.Д. Войнович был отстранен от командования.
Выход России из второй коалиции и сближение ее с Францией
В конце 1799 г. резко обострились внутренние противоречия между державами второй коалиции. Русское правительство было недовольно политикой, которую проводили в отношении России ее союзники.
Австрия и Англия стремились использовать русские войска для изгнания французов с территорий, в которых австрийцы и англичане были заинтересованы сами (Италия, Батавская республика). После достижении этой цели они намеревались вытеснить русских из Западной Европы. Окончательного разгрома Франции австрийское и английское правительства не хотели допускать, так как опасались усиления русского влияния в Европе. Этим объяснялись неоднократные нарушения Австрией и Англией их союзнических обязательств: поведение австрийцев при освобождении от французов Анконы, плохое обеспечение гофкригсратом армии А.В. Суворова и англичанами русских войск, принимавших участие в военных действиях в Батавской республике. Такая политика союзников заставила Россию фактически выйти из войны с Францией.
Известный русский историк Е.В. Тарле писал: «Когда Россия стала участницей второй коалиции, оказалось, что два других главнейших партнера в затевавшейся тяжелой борьбе – Австрия и Англия – не только относятся неискренне, но уже наперед держат против нее камень за пазухой… Английский кабинет во главе с Уильямом Питом Младшим, конечно, жаждал, чтобы на помощь англичанам как можно скорее пришли русские эскадры в Средиземное и Северное моря. Но австрийцы и англичане боялись русских, не доверяли им, завидовали их успехам, хотя по существу эти успехи шли на пользу общему делу. А главное – эти союзники мечтали уже наперед не только о победе над французами при помощи русских, но и о том, чтобы сами-то русские не очень задерживались на тех местах, где эти победы произойдут. Это почувствовал на Севере Италии и в Швейцарии Суворов. Сразу это понял и действовавший на Ионических островах и на юге Италии Федор Федорович Ушаков, и он вовремя сумел приготовиться к скрытым ударам и парировать их».