В Корфу стоял отряд графа Н.Д. Войновича: фрегаты «Навархия», «Сошествие Св. Духа», «Богородица Казанская», «Николай» (транспортный), две бригантины. В начале года было получено известие о приближении английской эскадры к Мессине и Занте. Отряд Н.Д. Войновича был не в состоянии отразить нападение, так как из-за ветхости фрегаты не могли нести все орудия в батареях, недоставало пороха и провизии. На военном совете с командирами судов и комендантом Корфу подполковником Гастфером было решено для безопасности уйти в нейтральный порт Бриндизи. В феврале фрегаты ушли в Бриндизи, а после того как опасность миновала, вернулись в Корфу. 6 апреля в командование эскадрой вступил капитан 1 го ранга К.К. Константинов.
В июле – августе суда двумя группами покинули Корфу и к октябрю прибыли в Константинополь, где остались на зиму. В апреле 1802 г. отряд прибыл в Севастополь.
В первые годы XIX века ежегодно происходили служебные и обычные практические плавания и иногда, под видом последних, высылались отдельные эскадры с политическими целями. Так, например, когда французы, несмотря на условленный нейтралитет Южной Италии, заняли Отранто и Бриндизи, часть наших сухопутных и морских войск, находившихся в Неаполе, в 1802 г. переведена была в Корфу на зафрахтованных греческих судах, конвоируемых двумя военными фрегатами.
В 1802 г. на Балтике для практического плавания были предназначены небольшие эскадры – Кронштадтская – четыре корабля, фрегат и катер, Ревельская – три корабля, два фрегата и катер. Обе они соединились и под общим командованием вице-адмирала А.Л. Симанского с середины июня по август находились в практическом плавании.
Кроме того, три фрегата под командой капитан-командора А.Е. Мясоедова с гардемаринами на борту ходили по Финскому заливу.
В Финском заливе в продолжение двух месяцев плавали 33 судна гребной флотилии (30 канонерских лодок и три плавучие батареи) и на озере Саймо две канонерские лодки.
В Неаполе в 1802 г. находились три фрегата под командованием капитана 1 го ранга А.А. Сорокина: «Св. Николай» и «Григорий Великия Армении» и «Михаил». Они были в плохом состоянии – ветхие и сильно изъедены червями. 28 июня фрегат «Григорий Великия Армении» (капитан 1 го ранга И.А. Шостак) с двумя транспортами вышел из Неаполя. Перезимовав в Константинополе, они в июле 1803 г. пришли в Николаев.
Оставшийся в Неаполе самый ветхий из судов – «Св. Николай» в июле 1802 г. был продан за 11 460 дукатов. Фрегат «Михаил» в августе 1802 г. перешел из Неаполя в Корфу.
15 октября в Корфу прибыл вышедший в сентябре из Севастополя фрегат «Назарет» (капитан 1 го ранга К.С. Леонтович) для смены «Михаила», который в 1803 г. вернулся в Севастополь.
В начале 1803 г. дипломатические осложнения между Англией и Францией, закончившиеся в мае объявлением войны, вызвали у правительства России сильные опасения. Поэтому в марте было приказано привести в готовность укрепления Ревеля и приготовить находившуюся в этом порту эскадру адмирала Е.Е. Тета (девять кораблей, фрегат, три мелких судна). 11 апреля на случай нападения на Ревель на позициях поставлены корабли «Не тронь меня», «Елизавета», «Ростислав», «Глеб» и фрегат «Нарва».
Но в конце апреля, получив сведения, что флоты воюющих держав не собираются входить в Балтийское море, наша морская деятельность ограничилась только посылкой из Ревеля и Кронштадта крейсеров для наблюдения в Финском заливе и в половине мая – выходом эскадры Е.Е. Тета в практическое плавание.
В эти годы выявились серьезные недостатки в комплектовании гребного флота. Заместитель министра морских сил П.В. Чичагов докладывал в ноябре 1803 г. императору: «В Балтийском гребном флоте канонерских лодок положено по штату 200, налицо же годных 26, затем недостает 174».
В июле – сентябре 1803 г. впервые с 1799 г. два фрегата «Спешный» и «Легкий» перешли из Архангельска в Кронштадт. 31 июля они вышли с Архангельского рейда. В Северном море суда попали в шторм и получили повреждения, но 19 сентября благополучно прибыли в Кронштадт.
В этом же году произошло историческое событие для русского флота – начало первого кругосветного плавания. 26 июля 1803 г. суда экспедиции И.Ф. Крузенштерна «Нева» и «Надежда» покинули Кронштадт на долгие три года.
В 1801–1803 гг. Черноморский флот выходил в море для практических плаваний. Поскольку Черное море было открыто почти для всех торгующих держав, то начавшаяся между Англией и Францией война могла дать повод каперам под видом торговых судов или под флагом одной из воюющих держав нападать на купеческие суда. В связи с этим командующему Черноморским флотом в августе 1803 г. было приказано отправить в крейсерство несколько фрегатов либо иных легких судов, которые все попадающиеся им каперские суда, под каким бы флагом они ни были, считали за разбойнические и топили.
В течение 1804 г. суда Черноморского флота перевозили в Мингрелию войска, провиант, артиллерийские и другие грузы.