6 июня бои на суше шли в непосредственной близости к укреплениям крепости. Но взять крепость не удалось.
В этот же день после предварительного обстрела линейными кораблями «Св. Параскева» и «Св. Петр» фрегатом «Венус», шебекой «Азард» и пятью канонерскими лодками укреплений острова Сан– Марко (против крепости Новая Рагуза), свезенный с судов десант в составе 600 матросов и роты егерей пытался захватить укрепления. Но, ввиду превосходства сил неприятеля и недостаточного разрушения судовым огнем укреплений, не смог достичь успеха и был возвращен на суда. Потери десанта – 70 чел. убитыми и ранеными.
С 10 июня Д.Н. Сенявин приказал начать правильную осаду Новой Рагузы. Для обстрела крепости на окружающие ее высоты были установлены четыре корабельные пушки, 500 матросов тащили их десять верст по скалистой местности.
С 13 июня корабли «Св. Петр», «Св. Елена», «Св. Параскева», «Селафаил», фрегат «Венус» лавировали в море у Рагузы. 14 июня пришел фрегат «Автроил», а корабль «Св. Елена» с больными и ранеными ушел в Корфу.
20 июня к Рагузе пришел «Св. Петр», доставивший из Корфу муку и патроны. После разгрузки корабль пошел в крейсерство к берегам Далмации.
Фрегаты «Венус», «Автроил» и шебека «Азард» 18 июня были направлены к острову Курцола, куда пришли 20 го. У мыса Гомена на Далматинском берегу они обнаружили стоявшие на якоре 11 французских шебек и канонерских лодок. Французы, обрубив якорные канаты, стали уходить, ввиду маловетрия русские суда не могли их догнать. 22 июня задул ветер, и «Венус» с «Автроилом», нагнав французов в устье реки Нарента (Неретва), взяли в плен две шебеки и две лодки потопили, остальным судам противника удалось уйти. Д.Н. Сенявин захваченную шебеку назвал «Забияка», полушебеку – «Ужасная». Уже на следующий день шебека «Забияка» (лейтенант М.Я. Насекин), высадив десант в бухте Св. Георгия у острова Лезино, уничтожила французскую береговую батарею и захватила два орудия. Затем этот отряд перешел к Курцола, а 3 июля прибыл в Кастельново.
Между тем осада Новой Рагузы затянулась: генерал Ж. Лористон со дня на день ожидал от Наполеона значительной помощи и упорно держался в крепости. Бокезцы, узнав, что русский посол в Вене ведет переговоры о сдаче Бокка-ди-Каттаро австрийцам, а через них французам (посол исполнял повеление государя), сильно упали духом и не могли сражаться с прежним воодушевлением. Поэтому Д.Н. Сенявину пришлось вести осаду, рассчитывая только на свои силы. Он два раза предлагал Ж. Лористону сдаться и оба раза получал отказ.
24 июня в тылу русского десантного отряда численностью 2300 человек, осаждавшего крепость Новая Рагуза, появился французский корпус под командованием генерала Молитора (3000 человек), подошедший по турецким владениям. Считаясь с неравенством сил (9 тысяч неприятеля и 3 тысячи русских, бокезцев и черногорцев), упадком духа у наших союзников и бесполезностью при таких условиях самой осады, Д.Н. Сенявин приказал в этот же день снять осаду и отойти к Котор. Путь к Старой Рагузе был отрезан, и лишь небольшой части войск удалось туда отойти.
Местом посадки войск он определил мыс Санто-Кроче между морем и портом. 24 июня фрегат «Михаил» открыл огонь по французским войскам, подходившим к Санто-Кроче, к нему присоединились канонерские лодки и вооруженные барказы с линейных кораблей «Уриил» и «Ярослав». К берегу посланы все шлюпки для снятия войск.
25 июня к Санто-Кроче пришли корабли «Селафаил», «Св. Параскева», «Москва» и «Св. Михаил» для снятия войск. В тот же день Д.Н. Сенявин на «Селафаиле» ушел в Котор, приказав: грузить на «Св. Параскеву» и «Ярослав» егерей, на «Москву» – морских солдат, на «Св. Михаил» – Витебский полк. Погрузка войск производилась организованно, быстро и обошлась без потерь. Ввиду невозможности увезти с собой все орудия, находившиеся на осадных батареях, они были перед уходом приведены в негодность.
Приняв войска, корабли под командованием А.А. Сорокина ушли в Бокка-ди-Каттаро. У Рагузы в крейсерстве остался «Уриил».
Блокада побережья Далмации и Рагузинской республики продолжалась в течение всего июля. По приказанию Д.Н. Сенявина отряд в составе корабля «Ярослав», фрегата «Венус» и шебеки «Забияка» 5 июля приступил к несению тесной блокады района Новой Рагузы с целью прекращения подвоза морем продовольствия из Далмации для сосредоточенного здесь 20 тысячного корпуса французов.
Суда 9 июля пришли в Нарентский залив и заняли пост, периодически они вели перестрелки с французскими войсками.
В это время – 8 июля – уполномоченный русского царя П. Убри подписал в Париже мирный договор между Россией и Францией. Ввиду того, что этот договор так и не был ратифицирован Александром I, военные действия были возобновлены в сентябре того же года.