Приняв на эскадру сухопутные войска, А.С. Грейг в ноябре перешел из Корфу в Неаполь. 7 — 8 ноября русская и английская эскадры высадили войска в Неаполе. Русские — 14 000 человек генерала Б.П. Ласси — заняли Неаполь с окрестностями, где прибытие русских войск было встречено искренним восторгом всею населения. Англичане — 10 000 человек под командованием генерала Крэга — расположились в Кастэль-аль-Марэ, Торрэ-дель-Грэко и поблизости.
Но едва только Б.П. Ласси приготовился выступить в поход с союзными войсками, как ему было послано высочайшее повеление о немедленном возвращении наших сил в Россию и оставлении в Корфу только самого необходимого количества войск для защиты Республики Семи Островов. Аустерлиц в один день расстроил все планы коалиции, и Наполеону после поражения нашей и австрийской армий ничего бы не стоило разбить собранные союзниками в Неаполе войска, имевшие против себя армию Массены.
С горечью смотрели неаполитанцы, как оставляли их не успевшие оказать им помощь русские полки (Сибирский гренадерский, Витебский, Козловский и Колыванский мушкетерские, 13-й и 14-й Егерские, батальон Александровского и рота батарейной артиллерии), но с этим приходилось мириться.
Эскадра А.С. Грейга приняла полки и в половине января 1806 г. доставила их обратно в Корфу, где главнокомандующий Б.П. Ласси стал готовиться к возвращению в Россию. Английские войска были доставлены на Мальту.
Как Е.Е. Тет, так и А.С. Грейг с его эскадрой, выполнил, таким образом, назначенную ему задачу, но в обоих случаях Аустерлиц сделал действия флота напрасными. Союзники так и не успели развернуть предусмотренных планом действий на юге Италии и в Батавской республике.
К концу марта французская армия завладела всем Неаполитанским королевством.
ВЫХОД ФРАНЦУЗСКИХ ОТРЯДОВ В ОКЕАН И РАСПАД ТРЕТЬЕЙ КОАЛИЦИИ
В Средиземном море английская эскадра контр-адмирала У.С. Смита (четыре линейных корабля и фрегат) обеспечивала защиту Сицилии. Смит занял Капри и пресекал подвоз пополнений неприятеля в Неаполь.
После Трафальгарского погрома французы уже не предпринимали более серьезных морских операций, и если и высылали в море небольшие отряды, то специально с целью нападения на неприятельскую торговлю или для помощи атакованным французским колониям.
Блокада Бреста англичанами продолжалась до декабря. 13 декабря 1805 г. сильный французский отряд из 11 линейных кораблей, 4 фрегатов и корвета вышел из Бреста, не замеченный с эскадры у. Корнваллиса, которая во время бури ушла далеко от берега. 14 декабря отряд разделился на две эскадры.
Первая под командованием вице-адмирала К.-У. Лейссэга (5 кораблей, 2 фрегата и корвет) должна была доставить 1000 солдат в Санто-Доминго, где едва держался генерал Ферран. 6 февраля произошел бой у Санто-Доминго (Гаити). 7 английских линейных кораблей под командованием адмирала Д. Дукворта атаковали французскую эскадру (5 линейных кораблей) адмирала Лейссэга, стоявшую на рейде. После двухчасового боя англичане взяли в плен три французских корабля, а два — выбросились на берег и были сожжены — французы потеряли все пять кораблей. Потери французов — 1300 человек, англичан — 74 убитыми и 260 ранеными.
Вторая эскадра контр-адмирала Ж-Б. Вильоме (6 линейных кораблей) должна была идти к острову Св. Елены, затем на Мартинику, Барбадос, нанося урон английской торговле. Этот отряд в течение 5 — 6 месяцев крейсировал в южной Атлантике, но потом, лишенный портов и поддержки, преследуемый по пятам англичанами, рассеялся, и корабли его были частью захвачены, частью проданы в Америке или заблокированы в разных портах. Результат же крейсерства был ничтожный — захвачено около 20 коммерческих судов.
Адмиралтейств-коллегия, узнав о выходе французских эскадр из Бреста, выслала две эскадры, вице-адмирала Д. Уоррена (7 линейных кораблей) и контр-адмирала Р. Стрэхема (6 линейных кораблей). Задержанные ветрами, они отправились по назначению только в середине января 1806 г.
В сентябре этого же года французский отряд из 4 фрегатов и 2 бригов, вышедший из Рошфора под командованием коммодора Солей, был атакован 6 линейными кораблями под командованием коммодора Худа, и англичане взяли 3 фрегата. В этом же году англичане окончательно завладели мысом Доброй Надежды.
В течение лета 1806 г. пять французских кораблей, уцелевших в Трафальгаре, исправлялись в Кадиксе и готовились выйти в море.
В результате поражений Австрия подписала 26 декабря 1805 г. в Пресбурге мирный договор с Францией. По условиям этого договора Австрия передавала Итальянскому королевству (королем которого был Наполеон) Венецию, Истрию, Далмацию и область Бокка-ди-Катгаро.
Успешно завершив действия в Центральной Европе, Наполеон в декабре 1805 г. направил войска для занятия Королевства Обеих Сицилии. В феврале 1806 г. французы вступили в Неаполь. Король бежал на остров Сицилия под защиту английского флота. В марте 1806 г. Наполеон провозгласил брата Жозефа Бонапарта королем Неаполитанским.