Первым комендантом Новобогородицка должен был стать командовавший Орловским полком Константин Малеев (входил в состав Севского разряда), однако Мазепа, посоветовавшись с Л. Р. Неплюевым, не стал его назначать, потому что он был «человек… в слове зело тих» и к тому же необходим окольничему для пересылок с гетманом. В итоге крепость передали во временное управление Г. И. Косагову до приезда назначенного воеводой боярина И. Ф. Волынского[508]
. По наряду от 18 августа 1688 г. в Новобогородицке должен был разместиться гарнизон численностью 547 копейщиков и рейтар и 3944 солдат (всего 4491 человек). По перечневой росписи, которую прислал в Москву Г. И. Косагов, налицо в Новобогородицке оказалось 499 рейтар и 3515 солдат (всего 4014 человек), включая рейтарский полк Кашпира Гулица и солдатские полки полковника Юрия Шкота, подполковника Калистрата Данилова, полковника Федора Стремоухова (все из полка Л. Р. Неплюева). К 1 декабря 1688 г. численность гарнизона еще сократилась — до 3463 человек (489 рейтар и 2974 солдата)[509]. По расчетам Разрядного приказа на первый месяц снабжения гарнизона (исходя из перечневой росписи) денежным жалованьем и хлебными запасами необходимо было 1525 руб. 8 алтын 2 деньги (первая выдача, видимо, должна была охватывать и предыдущие месяцы, потому что в дальнейшем ежемесячное жалованье на весь гарнизон рассчитывалось на уровне около 527 руб. в месяц) и 1003 четверти с полуосьминой ржаной муки (752 четверти с осьминой и четвериком), круп и толокна (по 125 четвертей с осьминой и с четвериком и получетвериком). Хлебных запасов в Новобогородицке было с лихвой — в дополнение к имевшимся почти 28 тыс. кулям муки, овсяных и гречневых круп, толокна и пшена Г. И. Косагов в конце октября принял у прибывшего из Киева майора И. Личковского еще почти 10 тыс. кулей / четвертей муки (спущены по Днепру на стругах). Всего к концу года в крепости было сосредоточено более 33 тыс. четвертей ржаной муки, более 2,3 тыс. кулей круп и пшена, более 2,5 тыс. кулей толокна — всего более 37,4 тыс. четвертей. Наконец, к этим запасам севский воевода и окольничий Л. Р. Неплюев должен был прислать по царскому указу (дан в октябре 1688 г.) в Новобогородицк 26 тыс. (позднее цифра уменьшена до 25 тыс.) четвертей сухарей[510]. Для находившегося в крепости гарнизона, как показано выше, нужна была лишь небольшая часть указанного продовольствия. Очевидно, что столь значительные запасы сосредоточивались в преддверии второго Крымского похода, и в этом — служить надежной продовольственной базой для действовавших на юге войск — заключалась одна из функций крепости. Именно так это понимал, в частности, С. Глосковский, который значительную часть своего письма коронному гетману С. Яблоновскому посвятил роли крепости в продовольственном снабжении действовавшей на юге русской армии. Благодаря ее постройке появилась возможность сосредоточить провиант для второго Крымского похода заранее, спуская его вниз по Днепру. Резидент также полагал, что Новобогородицк станет важным вспомогательным пунктом для атаки на Казы-Кермен и остальные днепровские крепости, значительно облегчив снабжение войск, которые могут быть туда направлены. Неплюев также поведал Глосковскому, что Новобогородицк облегчит слободским и малороссийским казакам атаки на Крым зимой, через посредство Запорожской Сечи[511]. Все эти рассуждения, несомненно, отражали военно-политическое видение московского правительства касательно роли новопостроенной крепости в укреплении российского влияния в регионе.