Несмотря на то, что в 1589 году голод кончился и внешние угрозы удалось преодолеть (как минимум — отсрочить на год-другой) положение в Москве оставалось тревожным. Правительство, опасаясь уличных беспорядков и бунта, отдало распоряжение о размещении в столице крупных воинских отрядов из стрельцов и дворян. В этой ситуации Годунов и Щелкалов предприняли серию шагов по стабилизации обстановки. Действия предпринимались по двум направлениям.
Во-первых Годунов постарался подкупить дворянство. Для этого он освободил от налогов часть их владений — усадебную запашку самих помещиков. Мелкопоместное дворянство восприняло эту льготу как крайне значительную Необлагаемая барская пашня гарантировала им пропитание и спасала от нищенской сумы. Но казна освобождала от податей тем большие участки пашни, чем большим поместьем владел дворянин (точнее — чем больше воинов он должен был выставлять). Таким образом реформа податной системы принесла среднему дворянству еще большие выгоды, чем мелкому. Помимо этого Борис Годунов "распустил" бывший опричный корпус ("Двор").
Но опытнейший политик при этом "роспуске" резко усилил своих сторонников. Власти стали наделять бывших опричников поместьями в разных частях царства (от 50 до 200 четвертей земли). При этом подмосковными деревнями дворяне стали наделяться независимо от их принадлежности к земщине или "двору". Фактически состоялось слияние двух служебных списков. Реформа привела к тому, что верхи особого "двора" Грозного ("удела", опричнины) были возвращены на земскую службу в Москве, тогда как "худородные" дворяне и дети боярские растворились в провинциальном дворянстве. Их участь разделили многие стольники, стряпчие и даже бояре, получившие чин на опричной или "дворовой" службе. В результате преданные Годунову братья князья Хворостинины, князья Трубецкие, князья Гагины, князья Туренины, дворяне Татищевы и прочие обогатились и усилились, а "ненадежные" бывшие опричники, близкие к Бельскому или Нагову такие как хранитель государственной печати Роман Алферьев оказались задвинуты на вторые — третьи роли. И, наконец, действие "заповедных лет" введенных Грозным в 1581 году для некоторых уездов государства было распространено на большую часть страны. Главы семей (домовладельцы), отвечавшие за уплату налогов в казну и работы на помещика, не могли более покинуть своего землевладельца.
Во-вторых он приказал возобновить следствие по "делу" Шуйских. Им припомнили подстрекательство москвичей к бунтам против Федора Ивановича, вмешательство в семейную жизнь царя и обнаружили связи с семьей Нагих (родственников царевича Дмитрия). Результатом стало убийство (или казнь — как посмотреть) наиболее опасных членов фамилии и их сторонников. Князь Иван Петрович Шуйский был умерщвлен в Юрьевском монастыре (удушен дымом), Андрей Шуйский — тайно казнен в самарской ссылке, князь Петр Татев — пострижен в монахи, князь Иван Татев — выслан в ссылку в Астрахань. Афанасий, Михаил и Петр Нагие были принудительно пострижены в монахи и сосланы все в тот же монастырь на языческих землях. В тюрьмы и монастыри были брошены: Иван Крбк-Колычев (тюрьма), Федор Шереметев (пострижен), кнзь Михаил Щербатов — Оболенский (тюрьма), князь Михаил Ноздроватый (ссылка в Муром и таинственная смерть), Афанасий Шейдяков (тюрьма), Ефим Бутурлин (тюрьма), Василий Сукин (тюрьма). ВласаУрусова и Ивана Беклемишева выслали в Сестрорецкое княжество, где они повторили путь Мурат-Гирея, навсегда покинув Россию.
Эти шаги усилили власть Годунова и позволили ему уже через несколько лет проявить милость и помиловать большую часть своих противников. Младшие Шуйские — Василий и Дмитрий уже через полтора года были возвращены в Москву и вновь оказались на ведущих должностях в государстве.