Ожидания, вызванные беременностью царицы Ирины не оправдались. Роды закончились неудачей. В апреле скончался Никита Романов и шурин царя потерял сильнейшего союзника в Москве. С этого момента он мог рассчитывать только на Щелкалова, поскольку ни Игорь Сестрорецкий, ни Семен Муромский влиянием именно в столице царства не обладали. Судьба Годуновых, казалось, висела на волоске. Лагерь его сторонников таял на глазах. Даже верные "клевреты" язычников, связанные с ними финансовыми интересами — Воротынский, Репнины, Воронцовы, Морозовы с родственниками и прочие отказывали ему в поддержке. Шуйские инспирировали новое выступление против Годунова.
Оппозиция решила принудить Федора Ивановича к разводу и тем нанести последний удар влиянию Бориса. Митрополит, большие бояре и столичное купечество были намерены отправить царицу в монастырь (как неспособную к деторождению). Шуйские созвали "совет", который взял на себя миссию выразить мнение "всего народа".
Этот совет выработал письменный документ — прошение о разводе, который и был официально подан царю во дворце. Участники совета (также называвшегося Собором) чувствовали себя достаточными сильными, чтобы действовать в открытую. Во-первых их ходатайство преследовало верноподданнические цели: они стремились не допустить пресечения законной династии и следовали воле Грозного (который также желал развода Федора и Ирины). Во-вторых они имели юридический прецедент: бесплодие Соломонии Сабуровой стало основанием её развода с Василием Третьим и пострижением в монахини. Выступление возглавляли последний законный душеприказчик Грозного князь Иван Петрович Шуйский и глава московской православной церкви митрополит Дионисий.
Но, хотя оппозиция действовала обдуманно и юридически безупречно, она допустила роковой промах недооценив Федора Ивановича. Царь крепко держался за свою семью.
Даже несравненно более авторитетному Ивану Грозному не удалось заставить сына развестись. У участников Собора шансов не было тем более.
Упрямство Федора, его отказ развестись с Ириной Годуновой поставили Думу в трудное положение. Рано или поздно они неизбежно должны были вспомнить о младшем брате царя. Боясь государственного переворота Борис прибег к силовому варианту решения этой проблемы. В сентябре 1586 года царица несколько раз встречалась с головами, сотниками и пятидесятниками московских стрельцов и призывала их поддержать своего брата. В том-же сентябре в Москву из Сестрорецка поступило более пятидесяти тысяч рублей, которые Годуновы использовали для убеждения дворян, стрельцов и приказчиков в своей силе. Предположительно огромные средства были также потрачены на подкуп священников. Эти шаги оставались в рамках традиционных взаимоотношений Московского царства и Сестрорецкого княжества (князья — язычники подкуп использовали достаточно часто, особенно во время правления Паука и Сказочника). Но в первой половине октября Игорь Кровавый обычаи нарушил.
Со второго по тринадцатое октября в столицу царства прибыло более тысячи человек из Рязани, Тулы, Белева и Мещеры. Все — с оружием и в доспехах. Они, конечно, не пригодились (Борис справился своими силами, за счет непревзойденного таланта интриги), но однозначно показали позицию Сестрорецкого князя и вернули Годунову поддержку знати, откачнувшейся весной. 13 октября 1586 года митрополит Дионисий был лишен сана, пострижен в монахи и, вместе со своим ближайшим соратником митрополитом крутицким Варлаамом (еще одним активном участнике Собора), сослан в монастырь в Юрьеве. В Сестрорецкое княжество. Дальнейшая их судьба неизвестна. Вслед за ними Годуновы обрушили свой удар на Боярскую Думу. Иван Петрович, Андрей и Василий Шуйские были отправлены в ссылку. С ними обошлись достаточно мягко (Борис не любил прибегать к жестким мерам) выбрав местами ссылки города неподалеку от Москвы. Младшие представители семейства — Дмитрий, Александр и Иван были высланы в свои имения. Оппозиция была обезглавлена. В декабре обезглавили нескольких купцов, известных тесными связями с Шуйскими.
Эти аресты стали концом правления регентского совета. Борис Годунов одержал победу и мог управлять Московским царством не обращая внимания на своих противников. Но к своим союзникам — Сестрорецкому, Муромскому и Щелкалову он вынужден был прислушиваться.
Ситуация на границах оставалась достаточно тяжелой. Сестрорецкая армия реформировалась и не могла оказать значимой помощи против внешних врагов.