Особенно замечательно, что наказать розгами А. С. Боголюбова (Емельянова) порекомендовал Трепову… сам министр юстиции К. И. Пален (тоже скорее «либерал», чем «консерватор»). Об этом рассказывает тот же Кони: «14 июля днём ко мне приехал Трепов узнать, отчего я не хотел у него обедать накануне. Я откровенно сказал ему, что был и возмущён, и расстроен его действиями в доме предварительного заключения, и горячо объяснил ему всю их незаконность и жестокость не только относительно Боголюбова, но и относительно всех содержащихся в доме предварительного заключения… Трепов не стал защищаться, но принялся уверять меня, что он сам сомневался в законности своих действий, и поэтому не тотчас велел высечь Боголюбова, который ему будто бы нагрубил, а поехал посоветоваться к управляющему министерством внутренних дел князю [А. Б.] Лобанову-Ростовскому, но не застал его дома. От Лобанова он отправился к начальнику III Отделения [А. Ф.] Шульцу, который, лукаво умывая руки, объявил ему, что это — вопрос юридический, и направил его к графу Палену. До посещения Палена он заходил ко мне, ждал меня, чтобы посоветоваться, как со старым прокурором, и, не дождавшись, нашёл в Палене человека, принявшего его решение высечь Боголюбова с восторгом, как проявление энергической власти, и сказавшего ему, что он не только не считает это неправильным, но разрешает ему это как министр юстиции… „Клянусь вам, Анатолий Фёдорович, — сказал Трепов, вскакивая с кресла и крестясь на образ, — клянусь вам вот этим, что, если бы Пален сказал мне половину того, что говорите вы теперь, я бы призадумался, я бы приостановился, я бы иначе взыскал с Боголюбова… Но, помилуйте, когда министр юстиции не только советует, но почти просит, могу ли я сомневаться?“».
В свете такого настроения верхов оправдание Засулич в зале суда приобретает ещё более острый политический смысл. А учитывая нервное отношение русского образованного общества к проблеме телесных наказаний (боязнь быть высеченным даже дворянину — важный страх конца XVIII — первой половины XIX в.), понятно его горячее сочувствие к подсудимой, в том числе и вполне консервативно настроенных людей вроде Достоевского или Я. П. Полонского. Как прекрасно сформулировал Чичерин, в деле Засулич «[о]бщество, к которому в лице присяжных взывало правительство, не дало ему поддержки, ибо оно в своей совести осуждало систему, вызвавшую преступление, и боялось закрепить [её] своим приговором».
Хватая и карая направо и налево, широко используя административную ссылку, правительство, конечно, запугивало робкие натуры, но людей с чувством собственного достоинства делало своими врагами. Даже те, кто не одобрял террор, считали для себя морально невозможным поддерживать власть, допускающую подобный произвол. Недовольны им были и многие высокопоставленные бюрократы. Генерал-майор Е. В. Богданович утверждал в записке «О мерах борьбы с революционным движением» (1879), что полиция «делала и до сих пор делает множество бестактностей, раздражающих спокойных и честных граждан. Грубость в обращении с горожанами, самая неуместная придирчивость и заносчивость сделались общими местами». Д. Милютин в декабре 1879 г. отметил, что «вся Россия, можно сказать, объявлена в осадном положении», а в январе 1880-го — что «еженощные обыски и беспрестанные аресты не привели ни к какому положительному результату и только увеличивают общее недовольство и ропот. Никогда ещё не было предоставлено столько безграничного произвола администрации и полиции». Афористически выразился в 1881 г. А. А. Абаза: «Не следует бить нигилистов по спине всей России». Наконец, в официальном документе — журнале Верховной распорядительной комиссии за 24 марта 1880 г. — были отмечены «повторяющиеся случаи неправильного применения сих правил [правил производства дел политического характера от 1 сент. 1878 г.], сопряжённого с лишением свободы заподозренных в политической благонадёжности, без достаточных на то оснований».