В 1860-х гг. в политической жизни России появился новый субъект — революционное движение. Первоначально заявившее о себе только в виде зажигательных прокламаций, оно к концу 70-х превратилось в главную угрозу стабильности империи и жизни императора. Д. Милютин записал в дневнике о путешествии в царском поезде из Петербурга в Ливадию (август 1880 г.): «Москву проехали мы не останавливаясь; также и все другие города проезжали ночью. На всём пути были приняты чрезвычайные меры охранения. Многие тысячи солдат и крестьян были поставлены на ноги непрерывною цепью вдоль всего пути… На царский поезд привыкли уже смотреть как на какой-то форт, который ежеминутно может быть взорван миной». И это при том, что количество активных борцов с режимом было ничтожно. Грозное III отделение, столь лихо расправлявшееся с безобидными болтунами, оказалось бессильным против горстки людей, не боящихся стрелять и бросать бомбы. Очевидная неэффективность этого учреждения вызвала в 1880 г. ревизию, возглавляемую сенатором И. И. Шамшиным. Итоги её работы, на основании которых детище Николая I и Бенкендорфа было упразднено, зафиксировал в своём дневнике государственный секретарь Е. А. Перетц:
«Всё лето провёл он [Шамшин], по поручению графа Лорис-Меликова, за разбором и пересмотром дел III отделения, преимущественно о лицах, высланных за политическую неблагонадёжность. Таких дел пересмотрено им около 1500. Результатом этого труда было, с одной стороны, освобождение очень многих невинных людей, а с другой — вынесенное Шамшиным крайне неблагоприятное впечатление деятельности отделения…
По словам Ивана Ивановича [Шамшина], дела велись в III отделении весьма небрежно. Как и понятно, они начинались почти всегда с какого-нибудь донесения, например, тайного агента или записанного полицией показания дворника. Писаны были подобные бумаги большею частью безграмотно и необстоятельно; дознания по ним производились не всегда; если же и производились, то слегка, односторонним расспросом двух-трёх человек, иногда даже почти не знавших обвиняемого; объяснений его или очной ставки с доносителем не требовалось; затем составлялась докладная записка государю, в которой излагаемое событие освещалось в мрачном виде, с употреблением общих выражений, неблагоприятно обрисовывающих всю обстановку. Так, например, говорилось, что обвиняемый — человек вредного направления, по ночам он сходится в преступных видах с другими подобными ему людьми, ведёт образ жизни таинственный; или же указывалось на то, что он имеет связи с неблагонадёжными в политическом отношении лицами; далее упоминалось о чрезвычайной опасности для государства — от подобных людей в нынешнее тревожное время и в заключение испрашивалось разрешение на ссылку в административном порядке того или другого лица…
По отзыву Шамшина, дела III отделения были в большом беспорядке. Часто не находилось в них весьма важных бумаг, на которых основано было всё производство. Когда он требовал эти бумаги, отвечали обыкновенно, что их нет; при возобновлении же требования, особенно под угрозой пожаловаться графу Лорис-Меликову, производились розыски и часто находили было недостававшие листы; иногда оказывались они на дому у того или иного чиновника, иногда в ящиках столов канцелярии; раз случилось даже, что какое-то важное производство отыскано было за шкафом.
В денежном отношении Иван Иванович нашёл в делах III отделения также довольно важные беспорядки. Имена тайных агентов, получавших денежные оклады, были скрываемы от самого шефа жандармов под предлогом опасения скомпрометировать этих лиц. Таким образом, весьма значительные суммы находились в безотчетном распоряжении второстепенных лиц и, может быть, употреблялись вовсе не на то, на что были предназначены. Далее, по случаю возникшей в последние годы революционной пропаганды, признано было необходимым усилить денежные средства III отделения по розыскной части. На это ассигнован был дополнительный кредит на 300 000 руб. в год. Как же употреблялась эта сумма? Более половины ее, вопреки основным сметным правилам, отлагалось для составления какого-то особого капитала III отделения. Остальное делилось на две части, из которых одна шла на выдачу наград и пособий чиновникам, а другая — агентам, наблюдавшим преимущественно за высокопоставленными лицами. Эта последняя деятельность отделения была, говорят, доведена до совершенства. Шефу жандармов было в точности известно, с кем знаком тот или другой правительственный деятель, какой ведет образ жизни, у кого бывает, не имеет ли любовницы и т. д. Обо всём этом, не исключая анекдотов, случавшихся в частной жизни министров и других высокопоставленных лиц, постоянно докладывалось государю. Одним словом, наблюдения этого рода составляли чуть ли не главную заботу нашей тайной полиции.