Упоминания о Колчаках вновь появляются в источниках: только в 1803 году: в образованном Бугском казачестве служил Лукьян Колчак, получивший за боевые заслуги надел в Херсонской губернии в Ананьевском уезде. У сотника было двое сыновей, Лукьян, служивший "по гражданской части", и Фёдор, ставший военным, дослуживший до подполковника.
У Лукьяна Ивановича было три сына: Василий, Александр и Пётр, ставшие флотскими офицерами. Пётр умер в 1903 г., дослужившись до капитана 1-го ранга. Александр в Крымскую войну служил на Балтике, затем плавал по Амуру, позже — у берегов Америки. Его сын сражался в Порт-Артуре, за что получил орден Святой Анны 4-й степени. 24 мая 1915 г. он погибнет на минном заградителе "Енисей". Дядя Александра Александровича, жандармский офицер, будет убит террористом в 1907 г., двоюродный брат Пётр Аркадьевич, белый офицер, погибнет в Киеве в 1918 г.
Василий Александрович участвовал в Крымской войне, оборонял Севастополь, сражаясь на Малаховом кургане, был награждён солдатским "Георгием" лично князем Васильчиковым. 27 августа, раненный, он оказался в плену. Содержался на Принцевых островах в Мраморном море. Пребывая в плену, был произведён в прапорщики. В 1904 г. вышла его книга, посвящённая Крымской войне и, в частности, боям за Малахов курган, "Война и плен 1853–1855 гг. Из воспоминаний о давно пережитом".
Два года учился Институте корпуса горных инженеров, командирован на Златоустовский завод. После работал на Обуховском заводе, об истории которого позже им была написана книга.
В начале 70-х женился на Ольге Ивановне Посоховой. Она была в родстве с морскими офицерами. Контр-адмирал Сергей Андреевич и генерал-майор Андрей Андреевич Посоховы позже, в годы Гражданской войны, эмигрируют во Францию, и семья Александра Васильевича найдёт у них своё пристанище. В 1874 году у них родился сын Александр, в следующем — дочь Екатерина. Другая дочь, Любовь, умерла во младенчестве.
В 1885 г. отец отдал Александра в Шестую классическую гимназию, где одноклассником будущего адмирала стал сын статского советника, Вячеслав Рудольфович Менжинский, будущий сотрудник ВЧК и участник операций по поимке Б.Савинкова и С.Рейли. Оба не достигли успехов в экзаменах, Менжинский был оставлен на второй год, Колчак же, проучившись в следующем классе, поступил в 1888 г. поступил в Морское училище. Здесь Колчак проявил лучшие стороны своей натуры и показал замечательные успех, став одним из первых в выпуске. Только по минному делу оценка была "четыре", а не "пять". В перерывах между учёбой работал на Обуховском заводе. "Пушечный" король У.Д.Армстронг предложил ему перебраться в Англию и начать работу на его заводе, однако Колчак отказался. На допросе, рассказывая историю своей жизни, Александр Васильевич, начал со слов "Я родился на Обуховском заводе…". Заинтересовался на некоторое время "рабочим вопросом", но позже позабыл о своём "увлечении".
15 сентября 1894 г. Колчак был произведён в мичманы: закончилось его обучение морскому искусству. Звание первого на курсе должно было достаться именно Александру Васильевичу, но он отказался, указав на Д.Филиппова как на более знающего. Комиссия удовлетворила "просьбу" Колчака, и, тем самым, будущий адмирал оказался вторым на курсе.
В 1897 г. Александр Васильевич направил рапорт начальству о переводе его на канонёрскую лодку "Кореец", однако получил назначение на другой корабль, клипер "Крейсер", где занимался обучением боцманов и унтер-офицеров. Затем последовали назначений на другие корабли, в том числе "Петропавловск", ныне печально известный. В начале англо-бурской войны решил принять в ней участие на стороне буров, уже отправился в Африку, доплыл до греческого Пирея — но повернул обратно, получив известие о приглашении его в экспедицию Толля. В ходе неё занимался гидрологическими исследованиями, итогом которых стал выход таких работ, как "Краткий обзор исследования морского пути вдоль северных берегов России", "О производстве гидрографического исследования Северного Ледовитого океана от Берингова пролива до устья реки Лены",