Хорезмийцы в июне обрушились с севера подобно буре. Гийом де Шатонёф и Арман де Перигор прибыли в Иерусалим и помогли эвакуировать город. Но они покинули его до того, как 11 июля вторглись хорезмийцы. Гийом де Сан-ли, Великий командор госпитальеров, был убит в сражении. Гарнизон держался до августа, но в октябре, сражаясь в одном строю с египтянами, хорезмийцы встретились при Газе с объединившимся в союз противником. Объединенное войско франков и Дамаска было уничтожено. Потери среди рыцарских орденов были особенно тяжелыми: магистры тамплиеров и госпитальеров были взяты в плен и увезены в Египет. Потери сражения при Газе (более 5 тысяч убитыми, 800 пленными) уступали только потерям Хаттина. Магистр госпитальеров оставался в плену в Каире до 1250 г., освободили его совершенно больным человеком. Почти шесть лет орденом управлял заместитель магистра Жан де Ронай, который был командором Триполи и одно время Великим командором Газы.
Когда до Фридриха II дошла весть о потере Иерусалима и разгроме при Газе, он обвинил тамплиеров и сеньоров Сирии в том, что они не прислушались к совету госпитальеров и тевтонских рыцарей. В 1245 г. на Лионском соборе папа Иннокентий IV объявил о свержении Фридриха II, который ответил на это тем, что полностью прекратил поставку в Святую землю необходимых ей товаров. Духовно-рыцарские ордена получили приказ пресекать всякие попытки оказать императору поддержку, а также поспособствовать удалению его представителей из Триполи. Однако многие остались привержены императору, на что указывает сообщение о том, что где-то в 1247 г. магистр ордена тамплиеров получил предписание наказать каждого госпитальера и тевтонского рыцаря, принявших сторону императора.
Прибытие Людовика IX Святого во главе нового крестового похода не залечило полностью раны, несмотря на то что было во всеуслышание заявлено, что король примирил тамплиеров и госпитальеров. Представители обоих орденов участвовали в совете, который принял решение о походе в Египет. Но понятно, что они согласились на это крайне неохотно, потому что было еще свежо воспоминание о Газе. Магистр ордена тамплиеров и маршал госпитальеров Гийом де Корсель написали королю Франции, что Египет, Алеппо и Дамаск ведут переговоры о союзе и что тамплиеры и госпитальеры опасаются за судьбу Яффы и Кесарии, оказавшихся перед лицом объединенного ислама. Гийом де Корсель позднее писал, что переговоры с мусульманами закончились ничем и что Алеппо стремится заключить мир с Людовиком IX. В это же время магистр тамплиеров Гийом де Соннак сообщал, что к нему обратился египетский эмир, представлявший интересы султана, с предложением о мире с крестоносцами. Ходили упорные слухи, что сам магистр был инициатором переговоров и король Людовик IX запретил ему вступать без его разрешения в переговоры с египтянами. Однако к 1252 г. тамплиеры при новом магистре Рено де Викьере снова вернулись к своей прежней политике и начали налаживать контакты с Дамаском. Людовик II должен был употребить все свое влияние, чтобы сохранить договор с Египтом. Госпитальеры продолжали поддерживать Гогенштауфена. В самый разгар Войны Святого Саввы в 1258 г. Боэмунд VI, князь Антиохии и граф Триполи, пригласил свою сестру Плезанцию и своего племянника Гуго II, короля Кипра, приехать в Акру. Он обратился в Высший (Верховный) суд с просьбой подтвердить законность притязаний Гуго на право наследования престола после Конрадина Гогенштауфена, признав его хранителем королевской власти. Если бы эти притязания были признаны законными, то Плезанция могла бы стать регентом. Боэмунда поддержали тамплиеры, тевтонские рыцари, пизанцы и венецианцы. Госпитальеры вместе с генуэзцами, братствами и несколькими влиятельными сеньорами заявили, что нельзя ничего решать в отсутствие Конрадина, но их оппоненты были в большинстве.
Фридрих II умер в 1250 г. Затянувшиеся споры между орденами о правах императора и его политике по отношению к Египту ослабили их влияние в это неспокойное время, когда они могли бы стать реальной силой в деле обеспечения единства и стабильности в стране. В ходе этих бесконечных дискуссий они забыли о присущей им осторожности при совершении земельных сделок; благодаря договору они приобрели большие территории, которые было невозможно защитить. К 1250 г. все имевшиеся у них шансы были потеряны и ничего исправить было уже нельзя, и поэтому инициатива стала постепенно переходить к исламу. Христиане начали относиться к тамплиерам и госпитальерам со все большей неприязнью, которая была вполне оправдана.