В 1237 г. Латинская Сирия была настолько слаба, что даже относительно небольшие потери тамплиеров при Дарбсаке дали повод для беспокойства. Действие договора императора с Египтом заканчивалось в 1239 г. В октябре 1238 г. прелаты и сеньоры Святой земли в письме к европейцам высказали свои соображения о будущем крестовом походе. Одновременно феодалы отправили послание в Рим с предложением начать переговоры о мире с императором, поскольку они потеряли своего вождя Жана Ибелина, гражданская война зашла в тупик, а имперские войска были заперты в Тире. Отношения императора с папой все более ухудшались. Однако к этому времени госпитальеры начали переходить на сторону Фридриха II. В декабре 1231 г. император подтвердил права ордена на земельные владения в окрестностях Неаполя, и к 1234 г. госпитальеры в Сирии заключили с ним мир. В июле 1238 г. император все еще пребывал в нерешительности, как поступить с конфискованной собственностью госпитальеров в Абруцци. Действительно, папа в булле об эскоммуникации Фридриха II и в своих письмах продолжал говорить о продолжавшемся ограблении тамплиеров и госпитальеров, и не сохранилось никаких документов, в которых упоминалось бы о возвращении конфискованного имущества. Однако с большой долей вероятности можно сказать, что она все-таки была возвращена госпитальерам. В июне 1238 г. император подтвердил дарение ордену церкви, а годом позже он взял под свое покровительство приорат Сен-Жиль в благодарность за оказанные ему приором услуги. В 1243 г. он передал ордену цитадель Аскалона и обещал возместить средства, необходимые для ее обороны. По поводу своего дарения он писал о «вере и преданности [госпитальеров], которые в заморских землях не забывают выказать нам свое искреннее послушание». В 1250 г. Фридрих II запретил своим должностным лицам причинять беспокойство госпитальерам. Его последнее завещание – настоящее откровение. «Мы постановляем, что все имущество рыцарского ордена тамплиеров, находящееся под управлением нашего императорского совета, должно быть ему возвращено; это то, что нужно сделать, если следовать закону». Однако ничего не говорится о госпитальерах.
Перемена в отношении ордена госпитальеров к Фридриху II произошла, по-видимому, во время правления Герена, который, возможно, был приором Франции с 1225 г. и наследовал Бертрану де Тесси с мая 1231 г. Его вполне могли избрать магистром к ноябрю 1230 г., когда его уже сместили с поста приора. Он умер летом 1236 г., но его политическая линия была продолжена преемниками. Бертран де Комп, который стал магистром 20 сентября 1236 г., был орденским братом в Сирии в 1216 г. и приором Сен-Жиля с 1231 г. вплоть по крайней мере до 1234 г. На этом посту он был близким другом графа Прованского, и происходил он, вероятно, из Южной Франции. Его симпатии, как представляется, были на стороне империи. Позднее историки вменяли именно ему в заслугу возвышение класса братьев-рыцарей до доминирующего положения в ордене. Однако также в его правление папа ясно дал понять, что орден нуждается в реформировании. Бертран умер в конце 1239 г. или первой половине 1240 г., и ему наследовал Петр де Вьей Брид, родом, вероятно, из Оверни. Его карьера в ордене, видимо, зависела от его предшественника. Оба были рядовыми братьями и состояли в свите магистра в 1216 г.; и Петр не занимал никакой должности в ордене, пока магистром не стал Бертран. Сам по себе этот факт мало что значит. Биографии многих магистров настолько плохо представлены в документах, что было бы ошибкой делать выводы на основании отсутствия имени братьев в орденских указах. Наше утверждение, однако, основывается на свидетельстве, что непосредственно перед тем, как стать магистром, он был монастырским бейлифом, а 20 лет спустя о нем говорят как о рядовом брате. Назначение бейлифом обычно происходило в начале карьеры брата, и он не мог прежде быть европейским приором, хотя случались и исключения. В любом случае в 1237 г. Петр уже был Великим командором и занимал этот пост до его избрания магистром. Вне всякого сомнения, он продолжил политику своих предшественников и поддерживал гибеллинов.
Как могли магистры ордена и сами братья начиная с 1234 г. и далее проводить политику, крайне непопулярную не только у тамплиеров и сеньоров, но и впоследствии и у пап? Почему орден, во всем подчинявшийся Святому престолу, поддерживал императора, отлученного от церкви после 1239 г. и который почти проиграл в Сирии? Во-первых, госпитальеры были роялистами, и не могло быть никакого сомнения в том, что законным правителем Иерусалимского королевства был сын Фридриха II. Во-вторых, они глубоко верили в полезность договора с Египтом, против которого выступали тамплиеры и сеньоры.