Тем временем продолжались переговоры с Египтом, правитель которого уже начал сожалеть о своем общении с императором. Фридрих II, который прибыл в Акру в сентябре, решил довести дело до конца и направился к Яффе. Тамплиеры и госпитальеры встретили его со всеми почестями, которые полагаются императору. Однако вскоре после его прибытия братья минориты доставили письма из Рима в Акру. В первом письме, адресованном патриарху, говорилось об экскоммуникации Фридриха II. Крестоносцы едва успели поднять паруса в предыдущем сентябре, как император заболел малярией. Он оставил свой флот в Отранто и отправился в Поццуоли поправить свое здоровье. Для папы Григория это было еще одним примером характерной для императора манеры увиливать от исполнения обещанного, что сильно его огорчало с того самого момента, когда Фридрих II принял на себя крест в 1215 г. Папа отлучил Фридриха от церкви, и, когда император продолжил свои приготовления к походу, папа предупредил его, что он не имеет права выйти в море из-за наложенного на него церковного запрета. Во втором письме, доставленном францисканцами, папа сообщал орденским братьям о своем запрете на любое сотрудничество с императором. Одновременно папа предпринял попытку помешать союзу Фридриха II с аль-Камилем, султаном Египта, отправив последнему свое послание. Магистры тамплиеров и госпитальеров посоветовали императору примириться с папой. Когда тот ответил отказом, они заявили, что прекращают все отношения с ним и не будут участвовать в походе. Они также потребовали, чтобы об его отлучении от церкви было объявлено в войске. Тем не менее они последовали за Фридрихом II в Яффу, находясь на некотором расстоянии позади его основных сил.
Марш на Яффу достиг своей цели. 18 февраля 1289 г. был подписан договор с Египтом. Договор действовал на протяжении 10 лет. Иерусалим перешел под власть Фридриха II, но запрет на возведение новых стен сохранялся, и территория при храме продолжала оставаться в руках мусульман. Вне Иерусалима христианам доставался Вифлеем, возможно, Торон и дорога между Акрой и Иерусалимом с городами Лидда и Рамла. Договор имел силу только для Иерусалимского королевства. Антиохия и Триполи были не только исключены из него, но Фридрих II пообещал, что ни он, ни его люди не окажут им помощи.
Чувство ужаса, с которым мусульмане встретили новость об этом соглашении, была равнозначна только чувству резкого его неприятия христианами, которые выдвинули против него пять возражений. Здание храма в Иерусалиме оставалось в руках мусульман, что особенно разгневало тамплиеров, то есть храмовников, которым не удалось вернуть себе резиденцию. Приобретения франков вне города были вообще крайне незначительны, и они не имели на нее никаких прав; местное население теперь подчинялось только мусульманским законам. Иерусалим и Палестина уже были под властью не Египта, но Дамаска, с которым крестоносцы успели заключить договор. Из соглашения были исключены не только земли христиан на севере, которыми теперь могли распоряжаться сарацины, но и на помощь из Акры уже невозможно было надеяться. Наиболее важные владения тамплиеров и госпитальеров находились на севере: Крак-де-Шевалье, Маргат, Тортоса и Баграс. Весьма возможно, что исключение из договора Антиохии и Триполи было намеренным, интересами тамплиеров просто пренебрегли. Но в то же время мы видим, что в целом договор устраивал все духовно-рыцарские ордена, которые проводили агрессивную политику против сирийских мусульман. И наконец, крайне сомнительно, чтобы завоевания христиан могли быть защищены. Во время Третьего и Пятого крестовых походов уже раздавались голоса против повторного завоевания Иерусалима. Присущая рыцарским орденам осторожность и их знание реальных возможностей королевства не способствовали тому, чтобы они могли взять на себя ответственность за решение вопроса об Иерусалиме и за узкую полоску земли на побережье, защита которой истощит их ресурсы после того, как крестоносцы уйдут. Этот взгляд разделял султан Египта, который верил, что заключение этого договора дает ему преимущества в его переговорах с Дамаском и что Иерусалим можно будет легко вернуть.
Тамплиеры и госпитальеры были настроены решительно против договора. Однако они согласились сопровождать императора в Иерусалим. Но, по всей видимости, они отказались принять участие в церемонии, имевшей место в храме Гроба Господня, где произошла коронация Фридриха II. Император остановился в здании Госпиталя, и к концу его пребывания в городе был созван совет, призванный решить вопросы обороны, на котором присутствовали духовно-рыцарские ордена. Они обещали помочь, потому что в договоре, как им казалось, отсутствовала конкретная статья, запрещавшая восстановление городской стены. Фридрих II уклонился от обсуждения этого предложения и после ожесточенных споров покинул Иерусалим, так ничего и не решив.