Взаимоотношения госпитальеров и армян оставались добрыми на протяжении всего XIII в. Еще прежде 1228 г. Константин и его отец стали собратьями госпитальеров. Магистр Гийом де Шатонёф и граф Яффы в 1252 г. договорились о браке Евфимии, дочери Хетума I, с Юлианом Сидонским. В 1281 г. госпитальеры, вероятно, сражались вместе с армянами в составе монгольского войска в битве при Хомсе, а в следующем году магистр послал на помощь Киликийской Армении 100 конных воинов. Даже после падения Акры с Кипра посылалась регулярная помощь в Киликию. Госпитальерам было необходимо поддерживать дружеские связи с Киликией, потому что орден находился, как правило, в плохих отношениях с Боэмундом и его наследниками, и к тому же существовал конфликт ордена с тамплиерами по поводу Гибелы. Боэмунд изгнал гарнизон госпитальеров из Антиохии; он продолжал завладевать многими объектами собственности ордена, насильственно вторгся в его монастырь в Триполи, подвергнув избиению одних братьев и убив других. Он был отлучен от церковного общения, и в 1226 г. папа разрешил ордену вернуть себе свою собственность и цитадель Антиохии с помощью военной силы. Папа согласился подвергнуть отлучению каждого, кто имеет отношения с графом. Возможно, имперский посланник примирил на время Боэмунда и госпитальеров, но в 1230 г. папа подтвердил свое решение об экскоммуникации Боэмунда по просьбе ордена.
К 1231 г. Боэмунд уже постарел и начал искать пути примирения с церковью. Его отношения с тамплиерами были теперь менее тесными, в то время как Фридрих II начал проводить новую политику и перестал оказывать поддержку северным государствам крестоносцев в их борьбе против мусульман. Боэмунд согласился на посредничество патриарха Иерусалимского, отказался от всех своих претензий к ордену и передал ему права на сбор ренты в Антиохии и Триполи. В обмен на это госпитальеры согласились отказаться от всех дарений, полученных ими от Раймунда-Рубена, за исключением Гибелы и Шато-де-ла-Вьей. В 1233 г. папа подтвердил это соглашение и снял отлучение с Боэмунда, который вскоре после этого скончался.
Его наследники продолжали предъявлять друг другу взаимные притязания, причиной которых было чувство неудовлетворенности, которое испытывали князья после окончания войны за наследство, и ощущение своей собственной слабости, что побуждало их оспаривать права могущественных сеньоров. Не надо забывать, что орден госпитальеров был крупнейшим земельным собственником. Особенно обострились земельные споры в правление Боэмунда V, Боэмунда VI, Боэмунда VII. Несмотря на то что эти князья иногда участвовали в кампаниях ордена против сарацин и обе стороны не раз соглашались оставить на время свои претензии при себе, госпитальеры в 1236 г. объединились с ассасинами в борьбе против Боэмунда V и поддерживали наиболее рьяных противников князей – семейство Эмбриако, сеньоров Гибелета (Джубайля, он же древний Библ). В 1212 г. Ги, сеньор Гибелета, стал
Только в 1288 г., когда госпитальеры приняли активное участие в возведении на престол графини Люсии, орден и графство Триполи окончательно примирились. В следующем году Триполи захватили мамлюки.
Проармянская политика ордена и его традиционная враждебность к Антиохии и Триполи помешали налаживанию сотрудничества между христианами на севере. Ситуация в Иерусалимском королевстве была во многом схожей. Как только госпитальеры уладили конфликт в Антиохии, между орденом Храма и орденом Святого Иоанна началось очередное противостояние, самое серьезное среди всех, имевших место, и во многих отношениях самое типичное. К тому времени, когда оно закончилось, была потеряна возможность для политического и военного возрождения государства, и Иерусалимское королевство вступило в последнюю стадию своего распада.