Жан де Вилье и последние обитатели Конвента в Сирии перебрались на Кипр. В 1292 г. был созван Генеральный капитул, который постановил, что штаб-квартира ордена расположится в Лимасоле. Это решение утвердил папа Целестин V. В 1296 г. орден приступил к строительству в городе нового странноприимного дома для пилигримов. Это было само собой разумеющееся решение. Кипр был самым значимым государством Леванта, где еще сохранялась власть европейцев. На протяжении всего столетия его использовали как плацдарм для нападений на Египет и Сирию. Более того, госпитальеры владели несколькими большими имениями на острове, им принадлежали замок Колосси и недвижимость в Никосии и в самом Лимасоле.
Тем не менее у госпитальеров, как и у других латинских киприотов, отсутствовала конкретная цель в проводившихся тогда время от времени военных кампаниях. Газан, ильхан государства Хулагуидов, вторгся в Сирию в 1299 г. с большим войском, к которому присоединились отряды киликийских армян. Находясь на марше, вероятно где-то между Алеппо и Дамаском, он писал королю Кипра и магистрам госпитальеров и тамплиеров, приглашая их принять участие в экспедиции. В ноябре король Генрих имел встречу с Жаком де Моле, магистром ордена тамплиеров, и с Великим командором госпитальеров, который представлял отсутствовавшего Великого магистра ордена Гийома де Вилларе. Однако они не смогли согласовать единый план действий, хотя Газан уже вторично обратился к ним с посланием в конце месяца.
В 1300 г. состоялась вторая встреча. На этот раз к вышеупомянутым лицам присоединились посланник монголов и Амори Лузиньян, сеньор Тира и брат короля. Было принято решение собрать флот. 20 июля он отплыл из Фамагусты, взяв курс на Египет. Христиане достигли дельты Нила и, предав огню небольшое поселение, направились к Александрии. Они пробыли в порту один день, а затем поплыли на север. В окрестностях Акры и Тортосы они вступили в стычки с небольшими отрядами сарацин и разгромили их. Но когда госпитальеры на двух малых судах подошли к берегу и высадились в Мараклее, намереваясь раграбить город, они, вероятно, были настолько пьяны, что в результате внезапного нападения мусульман панически бежали. Галеры христиан стояли далеко в открытом море и не могли прийти им на помощь. Только после ожесточенного боя, в результате которого госпитальеры потеряли одного рыцаря и двадцать пеших воинов, они смогли пробиться к берегу.
В том же самом году другой гонец Газана прибыл на Кипр с известием, что ильхан снова намерен вторгнуться в Сирию и что он приглашает киприотов встретить его в Киликийской Армении. Амори собрал около 300 воинов, и еще столько же воинов или больше мобилизовали для него госпитальеры и тамплиеры. Гийом де Вилларе встал во главе госпитальеров и отплыл с этим небольшим войском на остров Руад, близ Тортосы, где был гарнизон тамплиеров. Амори захватил Тортосу, но несколько дней спустя отступил на Руад, потому что его союзники так и не подошли. Монголы появились в окрестностях города лишь в феврале следующего года, но вскоре отступили, опустошив Сирию вплоть до Хомса. Амори с войском вернулся на Кипр. Гийом де Вилларе совершил два похода в Киликийскую Армению между 1300 и 1305 гг.