Военные кампании, предпринимаемые без определенной цели, не были ни духоподъемными, ни конструктивными. Следует, однако, иметь в виду, что госпитальеры проводили реорганизацию военной структуры ордена. Вполне объяснимо, что после 1291 г. они старались меньше заниматься военными вопросами. Братьям не позволили уехать на Кипр. Статья устава от 1292 г. запрещала прием в орден рыцарей в большинстве европейских стран без санкции Великого магистра и Великого командора заморских территорий, что объяснялось отсутствием вакансий: в ордене и так уже было много братьев-воинов. После 1300 г. начали действовать правила, определявшие, какое число братьев могло проживать на Кипре. По-видимому, впоследствии были приняты еще большие ограничения. Госпитальеры сократили количество своих сухопутных частей и начали уделять большее внимание войне на море. Эта перемена в орденской политике глубоко отразилась на последующей истории госпитальеров. Вне всякого сомнения, это был естественный результат их нового островного существования. Однако новый курс, вероятно, не только получил поддержку, но и был инициирован папством. Уже в конце 1291 г. папа Николай IV поспособствовал скорейшему отплытию флота госпитальеров из Западной Европы. В 1292 г. он писал Жану де Вилье, что разрешает ему использовать галеры ордена для защиты Киликийской Армении; и он также упомянул, что приказал госпитальерам отстроить флот. Развитие военно-морских сил было стремительным. Король Неаполя Карл II сообщал о 10 галерах ордена на Кипре; а в 1297 г. папа Бонифаций упоминал об использовании братьями своего флота в войне с исламом. Сторонники реформ в ордене заявляли в 1295 г., что война должна вестись в равной мере как на суше, так и на море; и в 1299 г. появился первый адмирал-госпитальер. Папство стремилось к повышению эффективности военных операций флота госпитальеров, и в 1306 г. папа ходатайствовал за братьев перед королем Кипра, который запрещал им вооружать свои корабли без королевских лицензий, приобретение которых стоило больших денег.
Необходимость перемен в военной деятельности ордена была далеко не единственной проблемой, которая занимала госпитальеров в годы после падения Акры. В Европе все чаще стали раздаваться критические голоса в их адрес, да и на Кипре они почувствовали на себе враждебное отношение короля, в то время как сам орден сотрясали внутренние противоречия.
Духовно-рыцарские ордена подвергались суровой критике с самых первых лет их существования. Значительная часть клира не одобряла их привилегированное положение в церкви. Орденских братьев также осуждали за серьезные прегрешения в мирских делах; и знаменитые писатели и поэты того времени обвиняли их в греховной и роскошной жизни, гордыне, невоздержанности, алчности, во лжи и зависти друг к другу. Эти обвинения выдвигались многими общественными институтами XIII столетия. Но среди них было одно, наиболее серьезное. Было во всеуслышание заявлено, что они преследовали только свои интересы и совершили много ошибок, и в итоге они намеренно помешали отвоеванию Святой земли. Это было широко распространенным убеждением, и в начале XIV в. марсельский трубадур Ростан Беренгье обвинил тамплиеров и госпитальеров в трусости, что позволило сарацинам захватить Акру и удержать под своей властью Иерусалим. С ним солидаризировался трубадур Филипп де Нантёй, попавший в плен к мусульманам после битвы при Газе в 1239 г.
В манускрипте аббата Ротелена, описавшего события, происходившие на Святой земле с 1229 по 1261 г., говорится следующее: «Если бы орден Иоанна и орден Храма и братья-рыцари явили достойный пример ратных дел для наших людей, величайшие наши рыцари не пребывали бы ныне в узилище и не остались бы в живых сарацины. Но они этого так и не сделали, это было большой ошибкой и было похоже на измену». Монах Сент-Олбанского монастыря Матвей Парижский обвинил оба рыцарских ордена в том, что они всячески препятствовали скорейшему завершению крестовых походов. Они якобы опасались того, что в случае окончательной победы крестоносцев отпадет необходимость в их собственном существовании. Хронист также ставил им в вину, что они зачастую шли на сговор с сарацинами в ущерб интересам христиан. Ранее в 1197 г.
германский хронист Оттон Санкт-Блазиенский обвинил орденских братьев в тайных связях с мусульманами и торговых отношениях с ними. После 1291 г. советник французского короля Гийом де Ногаре предположил, что братья утаивали большие суммы денег, которые предназначались для подготовки крестовых походов. В 1274 г. король Арагона Хайме I на Лионском соборе говорил о нежелании обоих орденов участвовать в подготовке больших крестовых походов. Магистр ордена тамплиеров заявил о том, что потребуется призвать от 250 до 300 рыцарей и 500 пеших воинов. Король задал вопрос: «Когда я слышу, как магистр говорит подобное, я не могу воздержаться, чтобы не ответить: „Магистр, если папа намерен послать 500 воинов, то сколько же вы выставите рыцарей под вашим началом?“»