На Кипре Конвент госпитальеров, казалось, пытался сохранить нейтралитет. Если бейлифы ничем не ускорили падение тамплиеров, то они ничего и не сделали, чтобы помочь им. 6 мая 1308 г. на Кипр пришло письмо от Климента V, в котором папа приказывал сеньору Тира Амори арестовать тамплиеров и конфисковать их собственность. Сначала братья оказали сопротивление попыткам взять их под стражу, но 1 июня они сдались после трехдневной осады их резиденции. 29 мая Амори приказал виконту Никосии и конвентуальному приору Госпиталя опечатать резиденцию тамплиеров в Никосии и провести ее инвентаризацию. Еще ранее 8 мая Ги де Севрак передал кафедральному капитулу Никосии письмо от папы. Климент потребовал, чтобы рыцарям ордена Святого Иоанна были переданы доходы вакантной кафедры Никосии, а кроме них и та сумма, что была выдана тамплиерам по распоряжению папы. В сентябре 1309 г. Климент пошел еще дальше в своих распоряжениях в письме к своему легату и нунцию на Кипре. Доходы всего диоцеза Никосия, которые поступали тамплиерам, вместе с другой арендной платой следовало выплатить Фульку де Вилларе. Это должен был сделать Амори, который был хранителем земельных владений тамплиеров. Магистру ордена госпитальеров также передавались права главного распорядителя собственности тамплиеров.
Для изучения положения дел в ордене тамплиеров папа назначил своих специальных представителей, которые начали свою деятельность в апреле 1310 г. Их работа была прервана убийством Амори; и новое расследование началось 1 мая 1311 г., которое продолжалось до 5 июня. Комиссия рассмотрела все представленные свидетельства, прежде чем она признала невиновность тамплиеров. Среди свидетелей был Симон де Сарезарис, приор Госпиталя в Никосии. Его показания представляют интерес, хотя, как и многие другие, он не сообщил ничего важного. Он повторил множество слухов, об источниках которых он не знал или не мог вспомнить, и в итоге он признал, что не слышал ни о каких порочащих репутацию тамплиеров поступках во время их пребывания на Кипре. Приор был настроен несколько враждебно по отношению к тамплиерам, но все его утверждения после настойчивых расспросов членов комиссии оказались лишенными основания. Его поведение, видимо, было характерно для госпитальеров. Их неприятие тамплиеров скрывалось под маской безразличия. Возможно, они не хотели, чтобы люди подумали о том, что госпитальеры стремятся воспользоваться в своих интересах несчастьем тамплиеров. Их документы хранят почти полное молчание о процессе храмовников. Но это молчание, должно быть, скрывает глубокие чувства. Если тамплиеры могли быть уничтожены, то и госпитальеры могли оказаться в опасности. С другой стороны, стало возможным создание единого ордена, как мечтали крестоносцы и на условиях госпитальеров. Теперь становится ясным, что по мере того, как они приближали падение тамплиеров, французский король и папа готовились столь щедро отблагодарить орден Святого Иоанна, что, казалось, сбудутся самые дерзкие планы госпитальеров.
Климент V был возведен на папский трон 5 июня 1305 г. Он сразу же обратился к магистрам ордена тамплиеров и ордена госпитальеров с просьбой представить свои предложения по организации нового крестового похода. Оба магистра поделились своими соображениями в письмах к папе. Жак де Моле отверг план небольшой экспедиции в Киликийскую Армению. Незначительные по численности отряды крестоносцев почти наверняка понесут тяжелые потери как по причине плохих дорог, так и враждебности местного армянского населения, и они не смогут выйти в Сирию через горный хребет, отделяющий ее от Киликийской равнины. Необходимо подготовиться к масштабному походу, для которого потребуется 12–15 тысяч конных воинов и 5 тысяч пехотинцев. Следут также набрать 2 тысячи конных лучников. Египтяне при равных условиях не могли бы набрать больше. Требуется обеспечить тщательную подготовку. Следует строить прежде всего транспортные суда, часть галер может остаться на Кипре. Прежде чем флот отправится в плавание, десять быстроходных боевых галер должны выйти в море, чтобы очистить водные пути от вражеских судов. Папе необходимо строго запретить итальянским морским республикам торговать с мусульманами. Жак де Моле рекомендовал поставить во главе похода Рожера де Лориа, знаменитого итальянского адмирала. Он высказался против поставления на командные должности братьев тамплиеров и госпитальеров, поскольку если будут предприняты какие-либо враждебные действия против итальянских судов во время похода, то это может сказаться на положении представителей орденов в Венеции и Генуе.