Для этого папа готовил Второй Ватиканский собор (или, как его назвали католики, «XXI Вселенский собор»). Секретарь папской курии по вопросам «христианского единства» послал приглашения и в различные Православные Церкви присутствовать на соборе в качестве наблюдателей. Московская Патриархия, как водилось испокон веков, дала категорический отказ. Но Хрущеву его советники подсказали: если до сих пор римские папы однозначно осуждали коммунизм и атеизм, то Иоанна XXIII называют «красным папой». В своих планах обновленчества он признает и социалистические учения, и «свободу совести». В общем, фигура, с которой можно иметь дело.
Советское министерство иностранных дел и спецслужбы стали наводить контакты для установления с Ватиканом дипломатических отношений. Дали указания и в Патриархию. В августе 1962 г. в Париже Никодим (Ротов) встретился с секретарем папской курии по «христианскому единству» кардиналом Виллебрандсом. Назвал единственное условие — наблюдатели могут приехать, если «собор не станет антисоветским форумом». В сентябре Виллебрандс посетил Москву. Никодим привел его на Литургию, которую служил сам в храме Св. Петра и Павла в Лефортово.
В целом же история получилась любопытной. Константинопольский Патриарх Афинагор 10 октября уверенно телеграфировал в Рим, что главы всех Православных церквей, включая Московскую Патриархию, решили не присылать своих наблюдателей на собор. Но в этот же день Синод РПЦ принял противоположное решение, для пробы определив делегацию из 2 человек. Впервые со времен Флорентийской унии 1445 г. священнослужители из Москвы появились на католическом соборе! Для Ватикана это был потрясающий успех! Но собор посетила и неофициальная советская делегация — зять Хрущева Аджубей со своей супругой Радой, дочерью Первого секретаря! Им выделили особого «опекуна», иезуита русского происхождения «отца Кулика». 7 марта 1963 г. им была дана аудиенция у папы, Аджубей передал ему личное письмо Хрущева и получил ответное послание.
А на вторую сессию Ватиканского собора в сентябре 1963 г. прибыла уже большая делегация от Русской Православной Церкви. Возглавлял ее Никодим (Ротов). В сане он рос быстро, успел стать митрополитом. Правда, Иоанн XXIII до второй сессии собора не дожил. На его месте сидел уже Павел VI. Но в деле модернизации католицизма он был единомышленником своего предшественника. Владыке Никодиму папа оказал высокую честь, дал частную аудиенцию, переговоры велись конфиденциально. Митрополит поздравил его с интронизацией, а на могиле Иоанна XXIII отслужил литию об упокоении (Журнал Московской Патриархии. 1963. № 10, С. 3). Чем преступил Апостольские правила. Те самые, которые знает любая бабушка, прислуживающая в храме, когда она спрашивает прихожан, подающих записки о близких: «Все крещеные? Православные?» Но Ротов уже устанавливал в Церкви другие правила. Наводил «мост» в Ватикан.
С фигурой Никодима оказалась косвенно связана еще одна афера. Ведь он выдвинулся во главе Русской духовной миссии в Иерусалиме, написал ее историю, за что был удостоен степени кандидата богословия. А через некоторое время советское правительство продало Израилю 22 объекта Русской духовной миссии и Императорского православного палестинского общества. Православную базу, создававшуюся на Святой Земле русскими Государями и принадлежавшую России. Оценили дешево, в 4,5 млн долл. Причем Израиль заплатил даже не деньгами, а текстилем и несколькими баржами апельсинов, из-за чего соглашение назвали «апельсиновой сделкой». Как в этом участвовал Отдел внешних сношений РПЦ, неизвестно. Но без него, конечно, не обошлось.
Однако хрущевская антицерковная кампания сопровождалась и другими скрытыми процессами. Закладывались духовные мины под фундамент отечественной истории. Одна из них касалась памяти первого Русского Царя Ивана Грозного. Сталин оценивал его фигуру очень высоко. В период его правления появились работы историков, опровергающие либеральную клевету на Грозного. Создавались художественные произведения, фильм Эйзенштейна «Иван Грозный», внедряющие в массовом сознании положительный образ царя. Теперь его очернение отлично вписалось в русло «антисталинской» кампании. Хлынул новый поток негатива.
В ту же струю подстраивалась и Церковь, желая как-нибудь задобрить хрущевскую власть. Именно тогда, в 1950-е годы, появились варианты жития Святителя Филиппа Московского, прямо обвиняющие Ивана Грозного в его убийстве. Тогда же, в 1950-х, появилась служба св. Корнилию Псковскому, указывающая, что царь его «смерти предаде». И сам Корнилий до революции числился в святцах с чином «преподобного». Но неизвестным образом его чин подменился на «преподобномученика». То есть пострадавшего за веру! Таким образом, Иван Грозный был выставлен гонителем Православной Веры!