Официально считалось, что главным орудием борьбы станут средства пропаганды. Вместо «Союза воинственных безбожников», распущенного Сталиным, эта функция перешла к обществу «Знание», начал выходить журнал «Наука и религия». Подразумевалось «перевоспитание»: верующие поймут свои заблуждения и отвратятся от «пережитков». Выискивались слабые звенья среди духовенства, как профессор Ленинградской духовной академии протоиерей Александр Осипов. Вера у него оказалась не крепкой, он вступил во второй брак, уже подавал прошения о сложении сана. А теперь его шантажировали «политическим» прошлым в буржуазной Эстонии, посулили хорошую карьеру. В 1959 г. Осипов отрекся от Православия, стал рекламной фигурой. Его отречение опубликовали «Правда» и другие газеты, ему организовывали лекционные турне, публиковали огромными тиражами его книги.
Но пропагандой дело не ограничивалось. Развернулась охота на «сектантов», к которым причисляли не только баптистов, иеговистов, пятидесятников, но и старообрядцев, катакомбную церковь. Их общины нередко были не зарегистрированы, поэтому их просто громили. А давление на Патриархию пошло через Совет по делам РПЦ. Возглавлял его все тот же генерал Карпов, поставленный Сталиным с задачей «оберегать Церковь». Он очутился в двойственном положении. С одной стороны, обязан был подчиняться решениям Совета министров и ЦК. С другой — всячески старался смягчить их.
Весной 1959 г. началась кампания по сокращению числа монастырей и скитов, стали закрывать церковные приходы — как бы по предложениям местных властей. Карпов вел переговоры с Патриархом, сошлись на том, что можно сократить 28 монастырей — постепенно, сведя до минимума встряски. Церковь согласилась с требованием не принимать в монастыри лиц младше 30 лет. Разгул богоборцев на местах Карпов сдерживал. Рассылал инструкции, что постановление Совнаркома от 1944 г. запрещает закрывать храмы без согласия Совета по делам РПЦ. Указывал, что ликвидировать нужно лишь те приходы, «где длительное время нет служб, и в общинах осталось незначительное число верующих», что «эту работу нельзя проводить компанейски, путем административного нажима». Осуждал рейды «по выявлению детей и молодежи в церквях», «практику местных органов по проведению собраний трудящихся о закрытии церквей».
И Карпов, и Патриарх пытались добиться личной аудиенции у Хрущева, но безуспешно. Конечно же, такой председатель Совета по делам РПЦ совершенно не годился для новых задач. 13 января 1960 г. вышло еще одно постановление ЦК, «О мерах по нарушению духовенством советского законодательства о культах» — под законодательством понимался старый ленинский декрет «Об отделении школы от церкви и церкви от государства». А о Карпове вспомнили, что раньше он служил в НКВД. Значит, так или иначе причастен к «репрессиям». Комиссия партийного контроля поставила вопрос о его исключении из партии «за нарушения социалистической законности». Преступлений-то не нашли, ограничились строгим выговором, но от должности председателя Совета по делам РПЦ отстранили.
Вместо него был назначен Владимир Куроедов. Он к Церкви никогда не имел отношения. Был профессиональным партийным аппаратчиком, дослужился до секретаря Свердловского обкома КПСС по пропаганде и агитации. То есть, был прямым подчиненным Суслова и Ильичева. Но стоит отметить еще один аспект. К органам госбезопасности Куроедов тоже никогда не имел отношения. Но на новом посту ему с ходу было присвоено звание полковника КГБ! Председатель КГБ Шелепин сумел оценить, какие возможности открывает контроль над Церковью, и не желал упускать его. Так что Куроедов получил «двойное» подчинение.
Дальше они вместе с Шелепиным повели подкоп под самого авторитетного архиерея, митрополита Николая (Ярушевича). Патриарху Алексию I исполнилось уже 85 лет, он был болен. Владыка Николай выглядел самым вероятным его преемником. Но он твердо отстаивал устои православной Веры. С началом гонений пытался противостоять атеистической пропаганде в своих проповедях в столичном Преображенском соборе. В газетах «научно обосновывалось», что крещение детей вредно для здоровья, а митрополит открыто опровергал ложь. Рассказывал, что академик Павлов, которого он знал лично, был глубоко верующим православным человеком.
В феврале 1960 г. Патриарх выступил на Конференции советской общественности по разоружению. Говорил: «Церковь Христова, полагающая своей целью благо людей, от людей же испытывает нападки и порицания, и тем не менее она выполняет свой долг, призывая людей к миру и любви. Кроме того, в таком положении Церкви есть и много утешительного для верных ее членов, ибо что могут значить все усилия человеческого разума против христианства, если двухтысячелетняя история его говорит сама за себя, если все враждебные выпады против него предвидел Сам Христос и дал обетование непоколебимости Церкви, сказав, что врата ада не одолеют ее (Мф. 16: 18)».