Столь смелое выступление партийное начальство сочло вопиющей дерзостью, открытым вызовом. Автором речи, по одной версии, был владыка Николай. По другой, он взял на себя авторство, спасая Патриарха. В апреле Шелепин и Куроедов подали в ЦК записку. Ссылаясь на агентурные источники КГБ, настаивали на отстранении митрополита Николая от всех постов. «КГБ считал бы целесообразным на должность председателя Отдела внешних церковных связей назначить архимандрита Никодима Ротова», выдвинуть его в качестве церковного представителя во Всемирный совет мира и Советский комитет защиты мира. А на пост митрополита Крутицкого и Коломенского, второй по значению в Патриархии, вместо святителя Николая перевести из Ленинграда митрополита Питирима (Свиридова) — слабого, податливого. На случай замены Патриарха его кандидатура казалась куда более подходящей, чем Николай (Ярушевич).
На Патриарха нажали. Он пробовал смягчить, отложить решение вопроса, но Куроедов насел на него, что выполнять нужно немедленно. В Церкви спровоцировали бурную критику «недостатков» в работе владыки Николая, и его заставили подать прошение об уходе на покой по состоянию здоровья. Отдел внешних сношений возглавил Никодим Ротов, получил сан епископа. Его же назначили руководить Издательским отделом Патриархии вместо Ярушевича.
Митрополит Николай лишился права совершать публичные богослужения, служил дома. В ноябре 1961 г., на праздник Казанской иконы Божьей Матери, его навестили друзья. Отметили, что он был бодрым, радостным. Сказал: «Вы знаете, не бойтесь! Эти времена пройдут! Как в ураган, когда он бушует в море, кажется, что того и гляди, потонет корабль! Но Господь милует, ураган стихает, буря успокаивается. И наступают более светлые времена…» Вскоре его положили в больницу с приступом стенокардии. Состояние нормализовалось, но его почему-то не выписывали. А 13 декабря появилась незнакомая медсестра, сделала укол, якобы прописанный ему, и святитель Николай преставился. Очевидно, принял Мученический венец. После этого снесли и его дом, и Преображенский храм, где он служил.
А в Патриархии при стареньком Алексии и таком же дряхлом Питириме стал заправлять Ротов. Ему постарались придать исключительные заслуги перед Церковью, произвели в «спасители» Святого Афона. В Греции в это время власть захватила хунта, «черные полковники». Они вроде бы задумали проложить на Афон скоростное шоссе, тем самым уничтожив заповедный очаг Православия. Но Ротов летал в Грецию, лично вел переговоры с предводителями хунты и отговорил их. История представляется крайне сомнительной. Полковники, пусть и «черные», были православными греками, наживать конфликт с духовенством и населением им было совершенно ни к чему. Да и строительство скоростного шоссе на Афонскую гору выглядит бессмысленным с практической точки зрения. Все говорит о том, что это был лишь информационный вброс, специально для утверждения авторитета Ротова в православном мире.
А на атаки безбожников он реагировал совсем иначе, чем владыка Николай. Взялся учить, что атеизм бывает двух сортов — буржуазный и коммунистический. Буржуазный возникает «на почве праздной и развращенной жизни имущих классов», он «кощунственный, аморальный» и является смертным грехом. Но «Моральный кодекс строителя коммунизма», принятый на XXII съезде партии, вобрал в себя многие христианские положения. Значит, коммунистический атеизм заслуживает всяческой поддержки со стороны Церкви.
Со своей стороны и власть поддерживала Никодима. Он развернулся в полную силу. 30 марта по его докладу Синод принял решение о вступлении во Всемирный совет церквей. 18 июля был созван Архиерейский собор. Причем тайно, митрополитов и епископов не извещали о нем. Просто вызвали на день памяти Св. Сергия Радонежского на торжества в Троице-Сергиеву лавру. А уже там внезапно объявили: будет Собор. На нем утвердили решение о вступлении в ВСЦ и приняли еще одно новшество, продиктованное Куроедовым. Отныне в храмах роль настоятелей ограничивалась только богослужениями. А все хозяйственные и финансовые дела передавались пастве — приходскому совету и старосте. Собор вынудили одобрить такое изменение, совершенно неканоническое.
18 ноября на ассамблею ВСЦ в Нью-Дели прибыла делегация Московской Патриархии во главе с Ротовым, и осуществилось принятие Русской Церкви в еретическую международную организацию. Вместе с ней в ВСЦ вступили Православные Церкви Румынии, Болгарии, Польши, а в ближайшее время и других стран, зависимых от СССР. А передача управления храмами прихожанам открыла дорогу к их уничтожению. Старосты и члены приходских советов были в полной власти местных властей. Одних запугивали, других подкупали назначениями или иными благами, и советы выносили постановления о ликвидации приходов.