Мэтр был по-своему терпелив. Вместе с тем он поделился не столько своими возражениями, сколько, как он сам писал, просто сомнениями в связи с юнговским пониманием инцеста, материнского права, либидо и других проблем, представляющих интерес для психоаналитиков. В частности, он считал, что материнское право нельзя путать с господством женщин и что материнское право особенно хорошо уживается с полигамным унижением женщин.
При прояснении всех этих вопросов между ними выявились серьезные разногласия. Особенно это касалось проблематики инцеста и трактовки либидо.
Юнг исходил из того, что психологически инцест не имеет того значения, которое ему обычно приписывают. Инцест запретен не потому, что желанен, а потому, что переполняющий первобытного человека страх воскрешает впечатления детства. Табу на инцест имеет значительно больший смысл, чем предотвращение кровосмесительных связей, хотя может показаться, что дело обстоит именно так.
В представлении Фрейда Юнг по непонятным для него пока причинам отказался от своего прежнего понимания инцеста. Он теперь утверждает, что запрет инцеста проистекает из страха, в то время как до сих пор в психоанализе считалось, что страх идет от запрета инцеста. В этом отношении позиция Юнга схожа с утверждениями Альфреда Адлера о том, что невротик не испытывает влечения к матери, а стремится создать себе мотив, отпугивающий его от либидо, и потому воображает, будто его либидо настолько сильно, что не щадит собственной матери. Такой подход представлялся Фрейду «несколько сумасбродным», основывающимся на непонимании сути бессознательного.
Юнг, по его собственным словам, «не поморщившись проглотил горькую пилюлю», связанную со сравнением с Адлером, который после критики фрейдовской теории сексуальности в 1911 году сложил с себя полномочия президента Венского психоаналитического общества и покинул Фрейда. Вместе с тем он заявил, что доводы объективного характера находятся на его стороне и он вынужден придерживаться своей точки зрения на инцест, так как приводимые им обоснования представляются ему неопровержимыми.
В середине лета 1912 года, после ознакомления со второй частью работы Юнга о метаморфозах и символах либидо, Фрейд не решился сделать основательный разбор юнговских представлений о либидо. Он лишь заметил, что пока ему не до конца ясен характер новшества Юнга и неясны приведшие к нему мотивы. Как только он будет обладать полной информацией, то сумеет объективно во всем разобраться. При этом он заметил, что даже если пока им не удалось понять друг друга, то из этого вовсе не следует, что «научные разногласия должны нанести ущерб личным отношениям».
К научным разногласиям добавилось еще одно обстоятельство, связанное с тем, что в результате не до конца понятных причин Фрейд и Юнг не встретились в то время, когда мэтр психоанализа приезжал буквально на пару дней в Констанцу, чтобы навестить швейцарского психоаналитика Людвига Бинсвангера.
Фрейд поставил Юнга в известность о своей поездке в Констанцу, но тот позднее говорил, что не получил это известие. Не имея возможности заехать в Цюрих, мэтр психоанализа рассчитывал на то, что Юнг сам подъедет к Бинсвангеру. Но этого не случилось.
Юнг обиделся на Фрейда, посчитав, что нежелание последнего посетить его в Цюрихе объяснялось несогласием с его теорией либидо. Именно так и он воспринял то, что назвал «кройцлингенским жестом» Фрейда. И хотя в очередном письме мэтр психоанализа попытался прояснить, почему произошло подобное недоразумение, Юнг не мог спокойно перенести того, что ему не оказали должного внимания.
Во всяком случае, даже по прошествии шести месяцев после возвращения из США, где он прочитал несколько лекций, в которых дал обзор развития психоаналитической теории, Юнг писал:
«Ваш кройцлингенский жест меня надолго обидел. Я предпочитаю прямое выяснение отношений. Что касается меня, то речь идет не о моих капризах, а об утверждении того, что я предпочитаю истину. В этом вопросе личное уважение к вам не сможет остановить меня».
Правда, при этом Юнг заверял Фрейда, что вовсе не стремится к разрыву личных отношений с ним. Но тут же добавил, что ждет по отношению к себе объективной оценки, а не затаенной обиды.
После этого письма Юнга, которое было адресовано Фрейду 11 ноября 1912 года, их обращение друг к другу заметно изменилось.
В начале их знакомства в своих письмах Фрейд обращался к Юнгу не иначе как «уважаемый коллега», «высокочтимый коллега», «дорогой коллега». По мере установления дружеских отношений с Юнгом и признания его «приемным сыном», своим наследником, письма Фрейда неизменно начинались словами «дорогой друг», а иногда – «дорогой друг и преемник». С ноября 1912 года письма Фрейда к Юнгу начинались официально: «дорогой господин доктор», «дорогой д-р Юнг», «уважаемый господин президент».
Отдавая дань уважения Фрейду, в начале переписки с ним Юнг обращался к мэтру психоанализа официально – «глубокоуважаемый господин профессор», позднее «дорогой господин профессор».