Крестьяне были врагами Советской власти, но и к белым идти не хотели. Горожан они часто считали врагами и вообще не вполне людьми. Отступление белых армий вызывало целые нашествия крестьян на города. «Когда эта саранча спускалась с гор на города с обозами из тысяч порожних подвод, с бабами — за добычей и кровью, распаленная самогонкой и алчностью, — горожане молились о приходе красных войск, предпочитая расправу, которая поразит меньшинство, общей гибели среди партизанского погрома… Ужасна была судьба городов, подобных Кузнецку, куда Красная Армия пришла слишком поздно», — так писал профессор А. Левинсон, свидетель событий.
Многие «зеленые» армии действовали вместе с красными, но ох как не случайно погибают новоявленные красные командиры Щетинкин (в 1927 г.) и Кравченко (в 1923 г.). Очень уж «не свои» были для коммунистов эти люди.
Это о судьбе той части крестьян, которые все же пошли в Красную Армию. А большинство ведь не пошло…
После ухода белых из Сибири к лету 1920 года было восстановлено движение по Транссибирской магистрали. Большевики сохранили и способ охранять Транссибирскую магистраль, введенный чехословаками: 10-верстная зона отчуждения, круговая порука, сожжение мятежных деревень.
На Сибирь не распространилась и замена продразверстки продналогом. Большевики снова стали «реквизировать» зерно и другие продукты.
В ответ поднялась волна крестьянских восстаний. Ими часто руководили те же люди, кто ранее восставал против Колчака: против мобилизаций и реквизиций белых, против безобразий отдельных атаманов. Они повернули оружие против большевиков, возмущенные продразверсткой, мобилизацией в Красную Армию и повальными репрессиями за их невыполнение.
В феврале 1920 года в Уфимской и смежных губерниях вспыхнуло «вилочное восстание» (от слова «вилы» — основного оружия повстанцев). Начавшееся в деревне Новая Елань, оно, как и другие, было вызвано жестокостью продотрядов. Коммунисты заперли отказавшихся выдавать хлеб крестьян с женщинами и детьми, без теплой одежды, в ледяной амбар и отправились на выпивку. Во время пьянки родственники посаженных в амбар их закололи вилами. Восстание захватило г. Белебей и прилегающую территорию с 400 тысячами жителей. Дзержинский лично подбирал карательные отряды, пустившие против восставших артиллерию.
На Алтае с мая по октябрь 1920 года возобновили действия анархисты под руководством Г.Ф. Рогова и И.П. Новоселова. С лозунгом «Долой любую власть!» они легко убивали и священников, и коммунистов.
Независимо от них в Степном Алтае действовали крестьянские отряды партизан Ф.Д. Плотникова, который ранее тоже выступал против Колчака. Они выдерживали бои с крупными соединениями красных, уничтожали карательные отряды. Отступив в район Славгорода, они образовали Повстанческую народную армию численностью до 18 тысяч человек. Остатки повстанцев Плотникова отступили осенью 1921 года в Китай, а сам он вернулся на Алтай организовывать новые восстания.
В июне в Омске В.И. Игнатьев создал Сибирский крестьянский Союз: хотел согласовать действия разных крестьянских армий для свержения власти коммунистов. Губернские комитеты Союза возникли в Новониколаевске, Барнауле, Красноярске, Тюмени, Тобольске.
К западу, в Семипалатинской губернии, тоже действовали отряды крестьянской самообороны. Восставшие взяли Павлодар. Летом 1920 года к ним примкнул казачий отряд подъесаула Д.Я. Шишкина, ушедший затем мимо Павлодара в Китай.
15 июля в Бухтарминском крае вспыхнуло восстание, известное как «Сибирское беловодье». В нем участвовали русские крестьяне, казаки, киргизы и восстававшие ранее против Анненкова «степные орлы». После начальных успехов и последовавших затем ожесточенных боев коммунисты подавили восстание к концу августа. Отдельные отряды, укрываясь на китайской территории, действовали до конца 1922 года.
В Томской губернии летом 1920 года вспыхнуло Колывановское восстание (по названию города Колывань). Оно охватило много деревень до самого Новониколаевска (Новосибирска), длилось с 6 по 11 июля 1920 года и открыто отождествляло себя с белым движением. Восставшие, около 6,5 тысячи человек, убили 300 коммунистов, захватили два парохода. Красные бросили против них целую дивизию. Крестьяне были слабо вооружены и оказались быстро разбиты. За каждого своего убитого большевики обещали убивать 10 крестьян.
«Лубковщиной» назвали восстание в Мариинском уезде — по имени крестьянина-партизана П.К. Лубкова. Лубков вел партизанскую войну против белых еще с 1918 года. 20 сентября Лубков захватил красный бронепоезд и несколько военных эшелонов, разобрал пути. Потерпев поражение в конце сентября, раненый Лубков ушел в тайгу, откуда продолжал сопротивление до зимы 1921 года.