Первые два дня велось траление якорных и мин влияния за пределами 10-саженевой изобаты. Результаты оказались отрицательными. 18 июня тральщики перешли в район, где, как было известно, имелись мины влияния союзников. При первом же тралении ведущий корабль «YMS-392» повредил трал на подводном препятствии и был вынужден прекратить операцию. На его место выдвинулся «YMS-50», и почти сразу под его днищем взорвалась магнитная мина. Корабль получил серьезные повреждения, многие члены экипажа были ранены. Командир корабля лейтенант Стерн был сброшен за борт взрывной волной. Многие матросы, находившиеся на баке, также оказались в воде, поскольку носовая часть корабля оказалась почти оторванной от остального корпуса. По гибнущему кораблю открыла огонь береговая артиллерия противника. Поэтому остальные корабли «YMS», подошедшие на помощь, были вынуждены поспешно удалиться на безопасное расстояние. При этом некоторые из них лишились тралов. «LCVP» с «Кофера» пошел на подмогу. Уцелевших моряков удалось поднять на борт, но от идеи буксировки «YMS-50» пришлось отказаться, так как японцы вели ураганный огонь теперь по спасателям.
24 июня наступил десятый день работы тральщиков в Баликпапане. За это время к ним прибыло подкрепление и было доставлено два новых магнитных кабеля. Остальное оборудование пока было в пути: его везли самолетами из Соединенных Штатов.
25 июня в воздухе появились вражеские самолеты. Четыре двухмоторных бомбардировщика сбросили на стоящие тральщики торпеды. Один самолет сбили артиллеристы «Кофера», второй – «Сентри». Третий был сбит общими усилиями всех кораблей, оказавшихся в это время на якорной стоянке. Четвертый улетел. К счастью, ни одна торпеда не попала в цель.
26 июня к работавшим тральщикам присоединились «Скафл» и «YMS-196». К этому времени подходный канал шириной шесть миль для запланированной на 1 июля высадки был уже готов. Крейсеры и эсминцы теперь имели возможность подойти ближе к берегу и прикрыть огнем минные тральщики, которые приступили к тралению прибрежной территории на наличие магнитных и якорных мин. Поэтому береговая артиллерия теперь мало беспокоила их. Было найдено несколько японских якорных мин, но обошлось без происшествий. Моряков значительно больше беспокоили американские мины, которые были сброшены здесь американской и австралийской авиацией. Ближе к концу дня магнитная мина взорвалась в трале «YMS-365»; вскоре раздался еще один взрыв, на этот раз под его килем. Команда тонущего корабля перешла на «YMS-364», а «YMS-196» стоял рядом, чтобы потопить неудачливого собрата орудийным огнем.
В общей суматохе матросы позабыли об одном члене команды, который неожиданно появился на палубе оставленного корабля и напомнил о себе громким лаем. Маленький фокстерьер по кличке Док был всеобщим любимцем. Он находился на «YMS-364» уже больше года, с момента выхода из Галвестона (Техас). Ни один моряк не бросит своего четвероногого питомца в такой ситуации. Кто-то прыгнул за борт, быстро доплыл до тонущего корабля и успел подхватить собачку, у которой палуба уже уходила из-под лап. Они приплыли к борту «YMS-364», где их подхватили дружеские руки и вытащили из воды.
Команда «YMS-365» имела шансы никогда не увидеть родного дома, оказавшись вместо этого в аду. Но любую судьбу этих людей был готов разделить жизнерадостный четвероногий друг.
Очистка водного пространства шла довольно быстро. 27 июня были найдены только две мины. Однако американские мины влияния оставались опасными и могли проявить свой паскудный характер в любое время и в любом месте. Одна из них 28 июня разворотила корму «YMS-47». Корабль удалось отвести на буксире в безопасное место. Среди матросов было 10 раненых. «YMS-49» возобновил траление и был поврежден огнем вражеской батареи. А через два дня «YMS-314» получил повреждения в результате взрыва последней мины, обнаруженной до начала вторжения.
Тральщики качественно выполнили свою работу, поэтому высадка на берег пехоты прошла в строгом соответствии с графиком и без происшествий. Несмотря на постоянное движение кораблей и разных плавсредств в зоне высадки, ни одно из них не напоролось на мину. Но за свободу перемещения кораблей в этих опасных водах тральщики заплатили высокую цену: 3 корабля затонули, 8 получили повреждения, 50 человек пострадали. И все это за 50 найденных мин! Правда, счет еще не был окончательным. В течение следующих 15 дней 20 тральщиков обнаружили еще 26 мин.