За установку мощного вооружения пришлось расплачиваться увеличением веса, что ухудшило и без того сложное управление истребителя. В Люфтваффе уже не могли отмахнуться от нерешенных проблем, связанных с устойчивостью самолета. Темпы серийного выпуска замедлились. В апреле 1944 г. состоялось официальное решение о прекращении производства. К этому моменту из цехов успели выкатить девяносто четыре Me 210А-0, девяносто Ме 210А- 1, на стапелях оставалось ещё 370 машин в различных стадиях сборки. Заводы «Мессершмитта» вынуждены были вернуться к полномасштабному выпуску первой версии многоцелевого истребителя «Zerstorer» – Bf 110, сборка которого теперь не останавливалась до конца войны.
Провал серийного выпуска Ме 210 обошелся концерну «Мессершмитт» в 30 миллионов марок, а Люфтваффе получили сотни «сырых» истребителей, на которых лётчики отказывались летать. Своё мнение по этому поводу жёстче всех высказал Герман Геринг, заявив, что после остановки производства самолетов Ме 210 Вилли Мессершмитт просто не имеет права жить дальше.
Вплоть до закрытия программы «Ме 210» разработчики не прекращали попыток повысить устойчивость истребителя. На одном из предсерийных Me 210А-0 (имевшего собственное обозначение Ме 210 VI7) установили автоматические предкрылки почти по всему размаху и доработали конструкцию фюзеляжа. Теперь он был длиннее на 95 см и шире за кабиной. Полёты Me 210V17 начались 14 марта 1942 г. Их результаты показали, что поиск велся в нужном направлении, увенчался успехом, и поведение машины значительно улучшилось.
Руководство фирмы, обнадёженное испытаниями Me 210V17, попыталось вернуться к выпуску модернизированного самолета Ме 210 с более мощными двигателями DB 603. Поскольку Ме 210 успел зарекомендовать себя очень неудачным истребителем и порядковый номер «210» у пилотов Люфтваффе ассоциировался лишь с авариями и катастрофами, министерство авиации решило присвоить доработанному варианту новый индекс – Ме 410.
Пока шла подготовка к серийному выпуску Ме 410, специалисты «Мессершмитта» такие же доработки конструкции провели на части готовых экземпляров Me 2I0A-1. Эти модифицированные самолёты поступили в августе 1942 г. на вооружение специальной 210-й эскадрильи, которая впоследствии поменяла обозначение на 16./KG6 и базировалась на аэродроме Состербург в Голландии.
В боевых вылетах «двести десятый» дебютировал безуспешно (через десять месяцев такая же участь постигла Ме 410 из V/KG2). Впервые эскадрилья направилась на задание 6 сентября 1942 г., и сразу не досчиталась одного Me 210А-1, сбитого «Тайфуном» Королевских ВВС над Йоркширом. Еще до того 16./KG6 потеряла один «двести десятый» прямо на взлетной полосе аэродрома Состербург – 16 августа его расстреляли «Тайфуны». Вскоре ещё два истребителя не вернулись на базу после воздушных боёв с англичанами. К 20 сентября в эскадрилье осталось пять Ме 210А-1, причём только три из них были боеготовыми.
Следующей частью, получившей доработанные самолеты Ме 210, стала в ноябре 1942 г. группа III/ZG1 на Сицилии. Первое время «двести десятые» эксплуатировались вместе с истребителями Bf 110.К началу 1943 г. группа полностью перевооружилась на Ме 210 (общей численностью 42 самолёта) и перелетела в Тунис. Также в Тунисе совершали боевые вылеты на Me 210А-1 пилоты из 10./ZG26, но к марту
1943 г. эта часть заменила свои «двести десятые» на Ju 88. С января по март 1943 г. эксплуатировали Me 210А-1 (совместно с Ju 88) две эскадрильи, базирующиеся на Сардинии – Stab FaGrISS и 2.(F)/122.
Непродолжительная боевая карьера Ме 210 над Средиземноморьем не была последней страницей в истории этих машин. Ещё в июне 1941 г. Германия и Венгрия подписали совместную программу производства вооружений, где среди других вопросов рассматривался серийный выпуск Ме 210 по лицензии на авиационном заводе в Хортилигете. К тому моменту, когда Люфтваффе отказались от производства «двести десятого», на венгерском заводе уже подготовили необходимую оснастку и запчасти. Венгрия не была настолько богатой страной, чтобы закрыть программу, в которую вложили значительные средства.