Пилот был забронирован полностью. Толщина листов брони – от 4 до 15 мм. Козырек кабины пилота – трехгранной формы, состоял из трех плит прозрачной брони. Бензобак защищался бронеплитами сзади, снизу и с боков. Пространство за мотором бронировалось бронещитами, представлявшими собой заднюю часть капота, и конусной броней, являвшейся внутренним капотом. Вся эта броня входила в конструкцию самого фюзеляжа. Маслорадиаторы также бронировались. Общий вес брони составил 649,7 кг.
Уязвимость одноместных штурмовиков на фронтах Великой Отечественной войны стала очевидной. Ил-2 несли тяжелые потери не только от огня зенитных малокалиберных автоматических орудий, но и от истребителей противника, расстреливавших штурмовики с незащищенной задней полусферы.
В январе 1943 г. в ГК НИИ ВВС КА был предъявлен эскизный проект модификации одноместного самолета Су-6 с мотором М-71 в двухместный с М-71Ф. Проект утвердили 20 января.
Конструкция самолета при переходе на двухместный вариант менялась незначительно. По фюзеляжу изменилась конструкция плато, расположенного за кабиной пилота, добавились дверца для влезания в хвостовую часть фюзеляжа и ряд лючков, необходимых при эксплуатации самолета. Так как стрелок разместился непосредственно за кабиной пилота, то грузовой отсек фюзеляжа разделился на два отделения по бортам, а между ними расположился пол стрелка. Отсеки снизу имели люки, а сверху закрывались крышками.
Фонарь пилота увеличили по высоте, в связи с чем пилот разместился выше и угол его обзора вперед расширился. Сзади к фонарю пилота примкнул фонарь стрелка, закончившийся блистерной установкой БЛУБ под крупнокалиберный пулемет Березина. Фонари пилота и стрелка откидывались на сторону и имели аварийные замки для быстрого сбрасывания в полете.
Бронирование самолета являлось самым мощным в сравнении с любыми аналогичными машинами.
Оно предохраняло пилота, стрелка, бензобак, замоторный отсек, маслорадиаторы, маслопровод и цилиндр винта. Броня состояла из стальных плит толщиной от 4 до 12 мм и прозрачных плит толщиной от 50 до 65 мм. Задние стенки брони выполнялись из цементированной стали, все остальные – из гомогенной.
Передняя часть фюзеляжа представляла собой целиком бронированный отсек, в котором размещались: пилот, бензобак и органы управления. В бронезащите пилота увеличили толщину отдельных броневых листов.
Ввиду наличия в этом варианте брони стрелка, заднюю стенку бронекабины пилота и частично нижнюю среднюю часть изъяли. Защиту этой зоны обеспечивала броня стрелка. Для визуальной связи пилота и стрелка в задней стенке брони пилота сбоку сделали небольшой вырез.
Бортовая броня пилота за счет нижней кромки фонаря была продолжена кверху и, таким образом, защита пилота от боковых поражений улучшилась.
Стрелка забронировали с боков, сзади и снизу. Боковые бронещиты являлись одновременно внутренними стенками грузоотсеков. Заднюю броню составили из нескольких бронеплит, расположение которых диктовалось условиями размещения стрелковой установки. Фонарь стрелка частично забронировали. Бронирование обеих кабин состояло из 50 деталей и вместе с броней маслопровода, маслорадиаторов и втулки винта весило 642,6 кг.
Задняя часть мотора и весь замоторный отсек до передней части фюзеляжа бронировались листами в форме цилиндра и конуса.
Масляные радиаторы защищались снизу и сзади гнутым листом толщиной 6 мм. Маслопровод на участке центроплана закрывался спереди, сзади и снизу лотком 6-мм толщины.
Примененная на самолете броня была проста в изготовлении и сборке, в случае повреждения легко заменялась.
Особое внимание было удалено вооружению самолета, в состав которого входило артиллерийское, стрелковое, ракетное, бомбардировочное и химическое.
Артиллерийское вооружение состояло из двух крыльевых пушечных неподвижных установок, размещенных в отъемных частях крыла. Каждая установка под пушку 11-П (система ОКБ-16 НКВ) калибра 37 мм обеспечивалась боезапасом в 40 снарядов. Пушечные установки обеспечивались пневматическим спуском и электропневматической перезарядкой.
Крепление пушки осуществлялось в двух точках так, что вся сила отдачи поглощалась в передней точке крепления.
Патронный ящик пушечной установки емкостью 35 патронов размещался между 3-й и 6-й нервюрами крыла. Он вклепывался в конструкцию крыла и для закладки патронной ленты имел в верхней обшивке люк. Сам ящик состоял из фанерных боковых стенок и дюралевых верха и днища.
Рукава питания стальные, жесткой конструкции, сварные. На правом крыле рукав состоял из одной части, на левом – из двух, сочленявшихся между собой телескопически. Рукава питания подводили пушечную ленту из патронного ящика к приемнику пушки.
Гильзоотвод представлял собой стальной вертикальный рукав с раструбом в верхней части. Гильзоотвод выводил гильзы наружу под крыло.
Звеньеотводы стальные. На правом крыле звеньеотвод отводил звенья сразу вниз под крыло, на левом – отводил звенья сверху в стальной рукав, идущий через первые нервюры отъемной части и центроплана.