Житие святого рассказывает, что однажды, когда ему было двенадцать лет, его посетило некое чудесное видение. Как-то, когда отрок расставлял в поле сети для ловли птиц, он случайно уснул и услышал во сне голос: «Зачем, Алексий, ты напрасно трудишься? Я сделаю тебя ловцом человеков» (ср. слова Христа, обращенные к апостолам Петру и Андрею:
По свидетельству Жития, Алексей провел в монастыре двадцать лет. Он пользовался большим авторитетом как в стенах обители, так и вне ее. Московский князь Семен Иванович Гордый (сын Ивана Калиты) и митрополит Феогност привлекли его к управлению Русской церковью. Алексей был назначен митрополичьим наместником в городе Владимире; именно его видел Феогност своим преемником на митрополичьей кафедре, и митрополита поддерживал в этом князь Семен. Согласно Житию, в таком качестве Алексей пробыл двенадцать лет и три месяца.
Незадолго до своей смерти, в декабре 1352 года, митрополит Феогност возвел Алексея в сан епископа города Владимира. Тогда же от имени митрополита и князя Семена были отправлены послы в Константинополь, к патриарху, с просьбой поставить Алексея в митрополиты Киевские и всея Руси после смерти Феогноста. Послы вернулись на Русь с положительным ответом летом или осенью 1353 года, но за время их отсутствия в Москве произошли трагические события. Начавшаяся эпидемия «черной смерти» (чумы) унесла жизни уже давно тяжело болевшего митрополита Феогноста, а также совершенно здоровых и полных сил великого князя Семена, двух его сыновей и брата Андрея. Московским князем (а затем и великим князем Владимирским) сделался последний брат Семена князь Иван Красный. В своем завещании Семен наказывал брату слушаться «отца нашего, владыку Алексея».
В том же году Алексей отправился за поставлением в Константинополь. Вероятно, он ехал через Орду, где получил ярлык от ханши Тайдулы. В Константинополе Алексей провел около года. 30 июня 1354 года патриарх Филофей издал грамоту, которой утверждал его в сане митрополита Русского. Официально был подтвержден и давно свершившийся факт — перенесение резиденции русских митрополитов из Киева во Владимир (хотя именовался Алексей по-прежнему «митрополитом Киевским»).
В середине XIV века тяжелые времена переживала не только Русь, томившаяся под гнетом Орды, но и сама Орда, раздираемая противоречиями, и Византийская империя, в которой шла настоящая гражданская война. В этих условиях распалась и некогда единая Русская митрополия, земли которой давно уже поделили между собой княжества Северо-Восточной Руси, с одной стороны, и Литва и Польша, с другой. Начались церковные смуты и нестроения. Вскоре после отъезда Алексея в Константинополе был поставлен еще один митрополит на Русскую кафедру — некто Роман, сын тверского боярина и, по некоторым данным, родственник тверского князя, ставленник могущественного литовского князя Ольгерда, отнюдь не желавшего, чтобы входившие в состав Великого княжества Литовского земли, населенные православными, подчинялись митрополиту из Москвы. Поставление Романа, вероятно, было совершено константинопольским патриархом Каллистом, сменившим Филофея после отречения от власти императора Иоанна VI Кантакузина.
Распря с Романом вынудила Алексея осенью 1355 (или 1356) года вновь отправиться в Константинополь. Было решено, что Алексей останется митрополитом «всея Руси»; Роману же достались литовские (Полоцкая и Туровская) и волынские епархии. Впрочем, это решение не удовлетворило Романа; известно, что он пытался подчинить себе Киев, захватил Брянскую епархию, а в 1360 году даже приезжал в Тверь, вероятно, надеясь склонить на свою сторону тверских князей. Распри с Романом продолжались в течение нескольких последующих лет, до смерти Романа в 1362 году.