На обратном пути митрополита Алексея из Константинополя на Русь произошло событие, рассказ о котором вошел в Житие святого. Корабль попал на Черном море в жестокую бурю, так что все отчаялись уже спастись. Святитель усердно молился Богу, причем дал обет: соорудить храм во имя того святого или того праздника, который будет праздноваться в день, когда он высадится на берег. Буря прекратилась, и путешественники благополучно достигли берега. Впоследствии митрополит Алексей исполнил свое обещание: около 1360 года на берегу реки Яузы им был построен храм и монастырь во имя Спаса, Нерукотворного Его Образа (этот праздник отмечается 16 августа). В деле создания монастыря много участвовал преподобный Андроник, ученик святого Сергия Радонежского, ставший первым игуменом обители. По его имени монастырь получил название Спасо-Андроникова.
В 1357 году святителю пришлось ехать в Орду по приглашению хана Джанибека. Царица Тайдула, жена хана Джанибека, опасно заболела (лишилась зрения) и пожелала, чтобы русский митрополит исцелил ее. 18 августа святитель отправился в далекий и нелегкий путь. В тот же день, перед самым его отъездом, случилось чудо: в Успенском соборе московского Кремля сама собою загорелась свеча перед гробом святого митрополита Петра. Это было доброе предзнаменование. Святитель Алексей, отпев молебен, разделил свечу и раздал ее народу на благословение. Часть воска он захватил с собою. Прибыв в Орду, Алексей был допущен к царице. Он помолился о ее исцелении, рассказывает Житие, и зажег свечу, сделанную из воска той, что зажглась у гроба митрополита Петра. Затем окропил Тайдулу освященной водой — и та тотчас прозрела. В рукописи XVI века сохранилась запись, согласно которой Алексей имел в Орде прение о вере с неким богатырем Мунзи, сыном слепого муллы Говзадина. Житие святого свидетельствует о том, что вскоре после возвращения на Русь Алексею пришлось еще раз отправиться в Орду. Там началась жестокая смута: сын хана Джанибека Бердибек убил своего отца и двенадцать родных братьев. Он потребовал от русских князей уплаты огромной внеочередной дани, и Иван Красный упросил святителя постараться укротить ярость хана. Сохранился ярлык, выданный Алексею Бердибеком и подтверждающий освобождение Русской церкви от даней и поборов. По свидетельству летописи, Алексей «многую истому от татар принял», но вернулся на Русь цел и невредим.
С памятью о чудесном исцелении в Орде царицы Тайдулы предание связывает построение митрополитом Алексеем монастыря во имя Чуда святого архистратига Михаила, бывшего в Хонех. Каменный храм был заложен святителем в московском Кремле в 1365 году и в том же году закончен и освящен; тогда же в монастырь были собраны старцы, частью из Троицкого Сергиева монастыря, частью из других обителей. Этот монастырь, известный под именем Чудова, просуществовал до 30-х годов нашего столетия.
В начале 1359 года Алексей отправился в Киев, принадлежавший великому князю Литовскому Ольгерду, но входивший в состав его митрополии по решению константинопольского патриарха. Эта поездка едва не стоила ему жизни. Ольгерд заключил святителя под стражу, отнял все его имущество и даже помышлял убить. Однако Алексею удалось бежать. В Москву он вернулся лишь в 1360 году.
За время его отсутствия в Москве произошли важные события. В ноябре 1359 года преставился князь Иван Красный, оставив после себя двух малолетних сыновей, старшему из которых, Дмитрию (будущему Дмитрию Донскому), едва исполнилось девять лет. Опекуном над детьми стал митрополит Алексей. В течение последующих лет он фактически был руководителем московского правительства, и именно его стараниями Москва сумела сохранить за собой право именоваться политическим центром Северо-Восточной Руси. Хотя и не сразу, но Дмитрий получил все-таки ярлык на великое княжение Владимирское (в 1362–1363 годах).