В эти годы Алексей решительно вмешивается в политическую борьбу, всецело отстаивая интересы Москвы. В 1365 году он поддержал суздальского и нижегородского князя Дмитрия Константиновича в его борьбе за Нижний, незаконно отнятый у него его братом Борисом. По свидетельству летописи, Алексей потребовал от Бориса явиться в Москву. Когда же тот отказался, посланные митрополитом архимандрит Павел и игумен Герасим «затворили церкви» в Нижнем Новгороде и тем вынудили князя подчиниться. У суздальского епископа Алексея, очевидно, поддержавшего Бориса, митрополит изъял из подчинения Нижний. В последующие годы Алексей поддерживал московского князя в его борьбе с Тверью. Святителю приходилось идти на чрезвычайные меры, иногда даже вступавшие в противоречие с принятыми христианскими нормами. Летопись рассказывает об одном таком случае. В 1368 году князь Дмитрий Иванович и митрополит Алексей зазвали в Москву тверского князя Михаила Александровича, при этом Дмитрий «дал ему крестное целование», то есть пообещал на кресте не злоумышлять против него. Михаил поверил обещаниям, но, когда приехал в Москву, был схвачен и заточен в темницу. Лишь внезапное появление в Москве ордынского посла спасло князя: не желая ссориться с татарами, Дмитрий отпустил его в Тверь. «Князь же Михаил весьма опечалился о том и вознегодовал и пришел в ненависть, а еще больше обиделся на митрополита», — пишет тверской летописец.
Открытая поддержка Москвы вызывала симпатии к митрополиту со стороны одних его соотечественников, но — и это понятно — недовольство и неприязнь со стороны других. Тверской князь Михаил и поддерживавший его литовский князь Ольгерд, женатый на сестре Михаила, жаловались на действия Алексея константинопольскому патриарху. «А доныне не бывало такого митрополита, как сей митрополит, — писал, например, Ольгерд в 1371 году, — благословляет москвитян на пролитие крови!» Кроме того, Ольгерд жаловался, что Алексей не посещает Киева и других западных земель, оставляя их без своего пастырского присмотра, — хотя известно, чем закончилось посещение Алексеем Киева в 1359 году! (Впрочем, еще в 1364 году Алексей все-таки побывал в Литве.) Патриарх Филофей (вновь занявший престол) не спешил осуждать Алексея, считая его поистине «великим человеком» и к тому же «своим близким другом». Впрочем, в 1371 году он предлагал ему явиться в Константинополь для разбирательства.
В 1376 году, однако, по настойчивому требованию Ольгерда, в Константинополе вынуждены были вновь пойти на разделение Русской митрополии. На Киевскую и Литовскую кафедру был рукоположен известный подвижник и писатель болгарин Киприан; при этом было решено, что после смерти Алексея под властью Киприана окажутся и епархии Северо-Восточной Руси с тем, чтобы Русская митрополия вновь объединилась. (Киприана не признают в Москве. Когда, после смерти митрополита Алексея, он приедет на Русь, великий князь Дмитрий Иванович арестует его и вышлет за пределы страны. Его примирение с Дмитрием произойдет лишь в 1381 году, но будет недолгим: в 1382 году, после нашествия Тохтамыша, Киприана снова выдворят из Московского государства. Окончательно он утвердится в Москве лишь после смерти Дмитрия Донского, в 1390 году, и будет занимать кафедру до своей смерти в 1406 году.)
К тому времени митрополит Алексей был уже глубоким старцем. Он умер 12 февраля 1378 года, в пятницу, во время заутрени. Его похоронили в церкви Архангела Михаила в основанном им Чудовом монастыре, как он и завещал. Спустя 60 лет верх этой церкви обрушился; церковь разобрали и при ее расчистке обрели нетленные мощи святителя.
Общецерковное празднование святителю Алексею было установлено митрополитом Ионой в 1448 году. В 1484 году чудовский архимандрит Геннадий (будущий новгородский архиепископ) воздвиг церковь во имя самого святителя Алексея в том же монастыре, куда и были перенесены святые мощи. Ныне мощи святителя Алексея почивают в Свято-Богоявленском соборе в Москве.
Церковь празднует память святого митрополита Алексея 12 (25) февраля, в день его кончины, 20 мая (2 июня), в день перенесения мощей, а также 5 (18) октября, в день общей памяти святителям Московским Петру, Алексию, Ионе, Филиппу и Гермогену.
Рогожский летописец // Полное собрание русских летописей. Т. 15. Ч. 1. М., 1965;
СЕРГИЙ И ГЕРМАН ВАЛААМСКИЕ