Началась многотрудная жизнь Кирилла в Симоновом монастыре. Игумен отдал его в послушание старцу Михаилу (будущему епископу Смоленскому), великому постнику и молитвеннику. Кирилл стал во всем подражать своему наставнику. Он умолял его позволить ему поститься больше иных братьев: вкушать пищу лишь через два, а то и через три дня. Но мудрый старец не разрешил этого, повелев Кириллу питаться вместе со всеми братиями, хотя и не до сытости. Тем не менее Кирилл находил возможность всячески изнурять плоть: он принимал лишь столько пищи, чтобы не умереть с голода и сохранить в себе силы для монашеских подвигов, со рвением исполнял всякую работу. Его отличали особая кротость, смирение, безропотное послушание. Часто преподобный проливал слезы, не мог без них даже хлеба вкусить — и было такое его житие, словно ангельское. Так пишет о преподобном Кирилле в период его пребывания в Симонове монастыре древний агиограф.
Игумен определил Кирилла в хлебопекарню, а затем на поварню. Преподобный проводил там в трудах много времени. А в то время в Симонов монастырь, к племяннику своему Феодору и к братии, нередко захаживал преподобный Сергий Радонежский. И вот стали замечать: сначала Сергий шел в хлебопекарню, к блаженному Кириллу, и в течение долгого времени беседовал с ним с глазу на глаз. Только затем Сергий навещал настоятеля обители. Так великому чудотворцу Сергию первому открылась святая жизнь преподобного Кирилла.
Видя, что братия почитают и хвалят его, Кирилл принял на себя новый подвиг — подвиг юродства: желая утаить свою добродетель, он притворился юродивым и стал предаваться глумлению и смеху. Святой возлюбил бесчестие больше чести: пусть лучше ругают и поносят его, полагал он, чем хвалят и почитают. И действительно: иные из братии стали думать, что преподобный повредился рассудком, иные — что он впал в тяжкие грехи. Архимандрит наложил на него епитимию (церковное наказание): жестокий сорокадневный пост на хлебе и воде — блаженный же Кирилл только обрадовался такому наказанию: свое обычное пощение он стал совершать под видом исполнения епитимии. И когда наказание заканчивалось, он вновь совершал какой-то проступок, за что вновь подвергался наказанию. Наконец, братия разгадали природу его юродства, и настоятель перестал налагать на него наказания. Тогда и преподобный Кирилл прекратил притворное юродство.
В служении на поварне и хлебопекарне преподобный провел девять лет. Иногда ему поручали переписывать книги. Затем архимандрит — вопреки желанию самого Кирилла — рукоположил его в священники. Преподобный стал совершать церковные службы, а в свободное время продолжал участвовать в монастырских работах.
В 1390 году Феодор Симоновский был поставлен в сан архиепископа Ростовского. На его место архимандритом Симонова монастыря был избран преподобный Кирилл. Впрочем, он не слишком долго настоятельствовал в монастыре. Кирилл предпочел оставить начальство обителью и предаться безмолвию. Он ушел в свою прежнюю келью и, несмотря на все уговоры братии, затворился в ней. Архимандритом Симоновским был поставлен иеромонах Сергий Азаков (впоследствии епископ Рязанский). Но случилось так, что многие люди — и иноки, и миряне — продолжали приходить к преподобному Кириллу, желая получить от него совет и благословение. Это вызвало зависть архимандрита Сергия, который посчитал, что приходящие к блаженному Кириллу тем самым принижают его как настоятеля обители; он начал злобствовать в отношении преподобного. Узнав о зависти архимандрита, Кирилл решил покинуть обитель. Сначала он удалился к церкви Рождества Богородицы — на так называемое «Старое Симоново», недалеко от «нового» Симоновского монастыря. Затем преподобный решил уйти еще дальше — в пустынь, удаленную от людей. О его окончательном уходе из Симонова монастыря Житие рассказывает так.
Преподобный Кирилл имел обычай: петь по ночам акафист Пресвятой Богородице. И вот однажды, когда он пел так, внезапно послышался дивный голос, вещавший с высоты: «Кирилл, уйди отсюда. Иди на Белое озеро и найдешь там покой, там тебе уготовано место, в котором спасешься». Когда же преподобный отворил оконце кельи, он увидел свет, сияющий с неба, к северу. Святой застыл в изумлении и вдруг увидел некую местность, находящуюся в далекой северной стране, так, словно она находилась неподалеку. Вскоре видение исчезло.
Всю ночь провел святой без сна, размышляя о чудесном видении. В то время в монастыре был инок Ферапонт, также постриженик Симоновский, друг преподобного Кирилла; ему приходилось прежде по торговым делам совершать поездки к Белому озеру. Кирилл спросил Ферапонта, есть ли на Белом озере место, где можно было бы предаться безмолвию. Ферапонт отвечал, что там много подобных мест. И тогда они договорились уйти из монастыря и вместе отправиться к Белому озеру.