Напряженные, полные страстей периоды сменялись весьма спокойными и вялотекущими. Конгрегация Индекса, искусно балансируя между ними, просуществовала вплоть до XX столетия и вновь окрепла на волне конфликта Римской церкви с современным миром, обострившегося в эпоху Пия IX. Камнем преткновения, вызывавшим яростную конфронтацию, в частности, стала тенденция протестантских конфессий изучать и анализировать священные тексты в историко-критической перспективе. Современный этап в экзегетике Писания начался в век Просвещения, когда Лессинг опубликовал (1776 год) фрагмент анонимного труда, автора которого тем не менее все прекрасно знали: это был Самуэль Реймарус, профессор кафедры восточных языков из лицея Гамбурга.
В этом тексте, озаглавленном "О цели Иисуса и его учеников", Реймарус впервые выдвигает гипотезу о том, что намерения пророка Иисуса и его апостолов были не схожи между собой. Иисус терпит историческую неудачу и страдает из-за нее, но благодаря инициативе учеников преодолевает ее через "изобретение" воскрешения, что превращает Христа в мифический персонаж. Здесь проходит первая линия раскола между историческим Иисусом, которого рассматривают как одного из многих пророков Израиля, и Христом веры.
Другой конфликт связан с отношением церкви к тоталитарным идеологиям XX века: коммунизму, фашизму и нацизму. Римская инквизиция была достаточно сурова в отношении тех произведений, в которых политические доктрины дерзали представлять себя светской религией. Были осуждены даже отдельные расистские подделки, но не самая опасная среди них — пресловутая
В целом Индекс постепенно терял актуальность из-за быстрой трансформации общества, возникновения новых средств коммуникации и диффузии идей, а также из-за того, что многие читатели, включая католиков по вероисповеданию, считали его неадекватным пережитком прошлого, устаревшим инструментом. Последняя редакция Индекса была выпущена в 1948 году; в 1954 году Пий XII велел напечатать дополнительный лист — приложение к нему, где были указаны еще пятнадцать произведений. Затем шаг за шагом формировались предпосылки, приведшие церковь ко Второму Ватиканскому собору, в ходе которого кардинал-архиепископ Кельна Йозеф Фрингс выступил с недвусмысленной критикой Индекса: "Мне кажется уместным и своевременным требовать, чтобы никто не мог быть обвинен, осужден или порицаем за свои религиозные убеждения, верны они или нет, поскольку прежде нужно обсудить все расхожие и, стало быть, неоднозначные доводы против человека или написанной им книги". Интересно отметить (это подчеркивает Хуберт Вольф), что эта часть текста была вручную добавлена самим кардиналом к общему проекту речи, подготовленному его консультантом, которого звали Йозеф Ратцингер.