Говоря о всплесках несогласия, нужно особо упомянуть о притеснениях евреев. За многие столетия истории церкви накопилось большое количество папских постановлений, ограничивавших свободу передвижения и торговли этого народа, навязывавших ношение отличительных знаков, по которым их признавали с первого взгляда. К примеру, желтый берет римских евреев, который в 1930-е годы вдохновит нацистов снабдить всех детей колена Израилева вышитой на одежде звездой Давида, тоже желтой. Однако в целом нужно сказать, что римская инквизиция обращалась с евреями относительно "мягко", предпочитая физическому насилию грабительские денежные штрафы и конфискацию имущества. Тем не менее жесточайшими и постоянными были попытки подтолкнуть евреев к переходу в "истинную веру". Здесь не гнушались даже настоящими похищениями людей. Показательный пример приведен Андреа дель Колем в его книге "Инквизиция в Италии с XII по XXI век":
На Кьяру, супругу Анджело дель Борго, ложно донесли, заявив, что она будто бы хотела обратиться в христианство в 1712 году. Женщину продержали в заключении сверх всякого разумного срока, тогда муж подал протест в Сант-Уффицио, заведя самое настоящее дело при помощи ловкого и подготовленного католического адвоката… И хотя Кьяра была беременна и настроена решительно против перехода в католицизм, Конгрегация два раза поддержала приора монастыря, откуда ее не выпускали до родов. Новорожденная девочка была тотчас же крещена, а Анджело попросил Сант-Уффицио возвратить ему по крайней мере жену. Внезапно последняя уступила давлению и 17 марта 1713 года приняла решение обратиться, о чем приор триумфально доложил асессору Сант-Уффицио: "Под влиянием Духа Святого она объявила себя христианкой, усмиренная кротостью евангельской, из рыкающей тигрицы стала она послушной овечкой, ибо Дух веет, где хочет (Spiritus quando vult, spirat), и эти бедные души должны сами себе помочь так, дабы суметь отринуть порицаемый еврейский народ и прийти к святости, дарованной верующим нашим дорогим Спасителем".
Финал всего этого дела, комментирует ученый, наглядно подтверждает эффективность применения нелегальных методов по продлению пребывания человека в обители и бессмысленность любых апелляций к инквизиции.
Распространение идеалов свободомыслия после Великой французской революции не облегчило положение евреев на папских землях. В начале XIX века некоторые антииудейские брошюры по-прежнему продолжали подпитывать самые стойкие предрассудки. Так, в 1825 году французский доминиканец Фердинанд Жабалот описывал качества евреев следующим образом:
Богоубийство, неумеренная жадность и стремление обогатиться за счет обирания до нитки бедных христиан, амбициозные желания властвовать над миром, наносимый морали и нравам вред, ненависть к христианской религии вплоть до самого что ни на есть варварства ("вымыть руки в крови христиан, предать огню церкви, растоптать освященные гостии, распять в ненависти верных Иисусу Христу, похитить и вырезать младенцев, изнасиловать девственниц, невест Христовых, и покуситься на крещеных").