Смерть отца в 1888 году явилась для Калинникова тяжелым ударом. В Филармоническом училище Калинников выделялся как один из самых талантливых учеников. Написанные им в ученические годы сочинения говорят о недюжинном даровании. Первые сочинения — 3 романса — вышли из печати за год. до этого. Один из них, «На старом кургане» (на ст. И. Никитина), сразу стал популярным. С первых творческих шагов определился его интерес к инструментальным жанрам. В 1889 году состоялись 2 симфонических дебюта: в одном из московских концертов с успехом прозвучало первое оркестровое сочинение Калининкова — симфоническая картина «Нимфы» на сюжет тургеневского «Стихотворения в прозе», а на традиционном акте в Филармоническом училище он продирижировал своим Скерцо, Вскоре появилась его кантата «Иоанн Дамаскин» для солистов, хора и оркестра, в основе которой был текст А. Толстого, незадолго до этого воплощенный в кантате С. И. Танеева. Она была выпускной работой молодого композитора.
Пытаясь после окончания училища получить прочный заработок, он участвует в конкурсе на место дирижера в Малом театре, исполнив свою оркестровую сюиту. Здесь произошла встреча его с Чайковским, который был членом конкурсной комиссии. Чайковский тепло отнесся к начинающему композитору и с одобрением отозвался о его сюите. Это окрылило молодого композитора и дало ему, как он сам говорил, «чертовский прилив сил, энергии». Калинников всегда с благодарностью вспоминал внимательное и дружелюбное отношение Чайковского. Вскоре сюита была исполнена в одном из концертов и получила несколько положительных рецензий. Калинников был назван в них талантливым, подающим надежды композитором.
Но с этого момента главный интерес для композитора приобретает оркестровая музыка. Воспитанный на песенно-хоровых традициях, до 12 лет не слышавший ни одного инструмента, Калинников с годами все больше испытывает влечение к симфонической музыке. Он считал, что «музыка… есть, собственно, язык настроений, то есть тех состояний нашей души, которые почти невыразимы словом и не поддаются определенному описанию». Однако надежды на получение постоянной службы не осуществились. Калинников почти не имел заработка и жил в основном благодаря материальной поддержке друзей. Это угнетало его, но отказаться от нее он не мог.
Для того чтобы заниматься творчеством, необходимо было заработать деньги на жизнь. Калинников начал анонимно писать статьи в газеты, делавшие обзоры концертной и театральной жизни Москвы. Он не чувствовал призвания к этой работе, и она не приносила ему удовлетворения, а тяготила его. Но пока лишь она давала ему возможность хотя бы для сносного существования.
Композитор вступает в период наивысшего расцвета творческих сил, но именно в это время начинает прогрессировать открывшийся несколько лет назад туберкулез, который, стремительно развиваясь, вскоре приведет к его смерти.
Врачи срочно рекомендовали ему поездку в Ялту. Они надеялись, что ее мягкий климат поможет справиться с болезнью, и считали это последней надеждой композитора. Он оправился в Ялту, а затем в Симбирскую губернию на кумыс. Но эта поездка отняла последние деньги, но не принесла облегчения. Калинников стойко сопротивляется пожирающему его недугу, рост духовных сил прямо пропорционален угасанию сил физических. «Вслушайтесь в музыку Калинникова. Где в ней признак того, что эти полные поэзии звуки вылились в полном сознании умирающего человека? Ведь нет следа ни стонов, ни болезни. Это здоровая музыка с начала до конца, музыка искренняя, живая…» — писал музыкальный критик и друг Калинникова Кругликов. «Солнечная душа» — так отзывались о композиторе современники. Его гармоническая, уравновешенная музыка, кажется, излучает мягкий теплый свет.
Особенно замечательна Первая симфония, которую он завершил в Ялте. Эту симфонию композитор посвятил своему учителю С. Н. Кругликову, сыгравшему значительную роль в его жизни и творчестве. Она вызывает в памяти вдохновенные страницы чеховской лирико-пейзажной прозы, тургеневское упоение жизнью, природой, красотой. Ее четыре традиционные части — четыре поэтические, национально-самобытные картины русской природы. Но в то же время мы чувствуем в этой музыке жизнь человеческой души — тоже глубоко русской. Тематизм симфонии, насыщенной русскими песенными интонациями и неожиданными модуляциями, близок творческим приемам симфоний Бородина, но в этом произведении Калинников просто поражает оригинальностью и мастерством полифонической разработки материала.
Исключительно трудно было молодому композитору, часто прикованному к постели, не имевшему еще ни имени, ни прочных связей в музыкальном мире, добиваться признания своего талантливого произведения. Здесь, как и во многих других случаях, пришел к нему на помощь Кругликов, затративший немало усилий, чтобы добиться исполнения симфонии.