Каменное, дошедшее до нашего времени здание церкви было построено в середине XVII в. (в церкви находился напрестольный крест с такой надписью: «Лета 7168 [1659 г.] месяца Септемвриа в первый день сей животворящий крест строили прихожане в церковь св. Софии премудрости Божией, что в Набережном саду, по своим родителех в вечную память», но со временем здание ее неоднократно перестраивалось. Особенно большая перестройка, значительно исказившая архитектурный памятник, была сделана в 1891–1893 гг., когда вместе с изменением декора, формы глав, перелицовкой кладки, выстроили какую-то расползшуюся трапезную, где поместили два придела – Святого Николая и Апостола Андрея. Проект ее принадлежал архитектору В.И. Веригину. Однако благодаря реставрационным работам удалось во многом вернуть церкви старинный облик.
Церковная колокольня построена в 1862–1868 гг. архитектором Н.И. Козловским (в сборнике «Московский архив» была опубликована статья о творчестве династии архитекторов Чичаговых, написанная на основе семейного архива, в которой утверждалось, что «по ряду свидетельств» колокольня была проектирована Н.И. Чичаговым). Средства на постройку предоставил владелец дома № 12 по Софийской набережной купец С.Г. Котов, и ей много благотворил П.И. Харитоненко.
Во втором ярусе колокольни был устроен престол во имя иконы Богоматери «Взыскание погибших».
В церкви служил неистовый ревнитель истинной православной веры протопоп Аввакум, который «от церкви Софии, Премудрости Божией, что за Москвою-рекою в Садовниках, прихожан учением своим отлучил многих». В доме пономаря этой церкви жил будущий знаменитый московский иерарх, митрополит Платон (Левшин), он готовился к поступлению в Славяно-греко-латинскую академию и остановился у своего брата, служившего здесь пономарем.
С левой стороны от церковного находился участок, принадлежавший архитектору Василию Ивановичу Баженову. Участок был приобретен в октябре 1773 г., и, судя по сохранившемуся плану его, там с левой стороны узким торцом на набережную выходили каменные палаты о двух этажах, с правой стороны стоял небольшой деревянный флигель, а позади находились хозяйственные постройки – конюшня на четыре лошади, сарай и амбары. В конце участка – «сад с прудиком, с редкими яблоньми, грушами, вишнями и другими для украшения деревьями». Очевидно, гордостью сада была оранжерея, в которой «близ ста дерев, в том числе персики, разных родов вишни и сливы, пять больших лимонных и оранжевых дерев». Уже через три года Баженов продал этот двор за 7 тысяч рублей.
Он вошел составной частью в соседний слева участок, занятый одним из самых больших зданий (№ 34) на набережной – бывшим «Кокоревским подворьем». Василий Александрович Кокорев сейчас не очень известен, а в 1860-х гг. имя его было у многих на устах. Автор книги о московском купечестве П.А. Бурышкин писал о нем и его современнике П.И. Губонине: «К длинному списку московских купеческих династий нужно прибавить два имени, прошедших через московское купечество и оставивших в нем яркий след. Хотя купеческой семьи они и не создали, но их собственная деятельность, продолжавшаяся довольно долго, дает им право быть включенными в славную московскую плеяду. Это два замечательных русских самородка, вышедших из самой гущи народной, которые не только для самих себя достигли большого материального благополучия и высоких мест в чиновной и сословной иерархии, но, несомненно, оказали и великие услуги всему русскому народному хозяйству, идя при этом не старыми проторенными путями, а изыскивая новые, часто даже в буквальном смысле слова: когда шла речь о железнодорожном строительстве. Нет почти ни одной отрасли хозяйственной жизни, где бы не сказались их творчество и энергия. Эти два самородка – Кокорев и Губонин».
Однако отзывы и суждения о Кокореве были самыми разнообразными – от неумеренного восхищения до полного осуждения. О нем (сравнивая его с еще одним известным предпринимателем) писали так: «У обоих для достижения цели все средства позволительны: подкуп – их главнейший источник, потом ложь… одним словом, тут ни о каком нравственном чувстве нет и помину», «Он был очень высокого мнения о себе, почему любил лесть, а потому нередко покровительствовал ничтожествам», а вот другой его биограф писал: «Как бы то ни было, но наше купеческое сословие мало выставило людей, которые могли бы равняться с Кокоревым „игрой ума“, талантами и характером, да и немного по всей России за полстолетия сыщется людей такого калибра. В какой угодно стране он был бы заметен. Молва неоднократно указывала на него, подчас и в шутку, как на кандидата в министры финансов».