С 1895 г. здесь размещались интендантские военные склады, с 1927 г. – военная прокуратура, а в 1933 г. сюда с Пречистенки (дом № 5) перевели штаб Московского военного округа, имеющий особый статус – ведь он стоит на страже политического центра страны. Московский военный округ является одним из крупнейших округов, войска которого дислоцируются на территории более 700 тысяч кв. км. На стенах здания две мемориальных доски в память только двух командующих округом: маршалов С.М. Буденного и Н.И. Крылова, хотя здесь могло бы находиться и больше досок (в частности, Н.И. Муралова, А.И. Корка, И.П. Белова, И.В. Тюленева, которые также командовали округом).
По сторонам широкой лестницы, ведущей к главному входу, установлены две 122-миллиметровые гаубицы образца 1910–1930 гг., наиболее распространенные гаубичные орудия СССР во Второй мировой войне. Они разрабатывались французской фирмой «Шнейдер» и были несколько модернизированы в СССР в 1930 г.
В центре двора находится железобетонное убежище, сооруженное в 1940 г. для укрытия личного состава от возможных бомбежек, а потом ставшее штабным бункером. Здесь в 1953 г. содержался в заключении Л.П. Берия, член высшего руководства страны, глава репрессивного аппарата, на совести которого миллионы жертв.
После смерти Сталина, о причине которой до сих пор спорят историки, власть в стране поделили его ближайшие подельники: по словам Хрущева, «собрались в кучу разношерстные люди. Тут и неспособный к новациям Молотов, и опасный для всех Берия, и перекати-поле Маленков, и слепой исполнитель сталинской воли Каганович».
Маленков стал председателем Совета министров, Хрущев – секретарем ЦК партии, Молотов – министром иностранных дел, Берия – главой объединенного Министерства внутренних дел и государственной безопасности, сосредоточив таким образом в своих руках руководство огромным аппаратом надзора, слежки и подавления.
В первые же недели Берия повел себя чрезвычайно активно, выдвигая самые разнообразные предложения иногда по весьма далеким от предписанной ему области ответственности, но многие из них нельзя не признать здравыми и своевременными, к примеру такие, как отмена указа о бессрочной ссылке, ограничение произвола особых совещаний при МВД, запрещение пыток, урегулирование советско-югославского конфликта, предложение прекратить насильственное насаждение коммунизма в Восточной Германии и объединить обе части страны в нейтральное государство. Он был наиболее информированным деятелем из всей кремлевской клики, и создается впечатление, что Берия понимал необходимость решительных преобразований.
Но особенно напугала деятельность Берии по «вмешательству в жизнь партийных организаций», о чем писал Хрущев, почувствовавший, что под ним зашаталось его партийное кресло. Основным было то, что они все смертельно боялись Берию, который, по словам Кагановича, «может на все пойти и всех нас уничтожить». Страх объединил всю стаю в решительную группу, составившую заговор с целью ареста Берии.
Его арестовали 26 июня 1953 г. на заседании Политбюро, предварительно договорившись с группой высокопоставленных военных во главе с командующим Московским округом противовоздушной обороны К.С. Москаленко, что именно они по сигналу, поданному из зала заседаний, войдут и арестуют Берию. Несмотря на расхождения (в основном незначительные) в описаниях событий, они представляются следующим образом. В кремлевском зале заседаний собрались члены Политбюро, Хрущев выступил с речью, в которой обвинял Берию, затем в зал вошли вооруженные офицеры, заломили Берии руки и отвели его в соседнюю комнату. Вечером его, завернутого в ковер, уложили на пол автомобиля (чтобы не увидела охрана), отвезли на гарнизонную гауптвахту в Алешинские казармы (1-й Крутицкий переулок, 4а), а на следующий день – в штаб Московского военного округа на Космодамианской набережной, где посадили в подвальный бункер, вход в который находится в центре внутреннего двора.
Берия находился в заключении в бункере шесть месяцев, в продолжение которых, как утверждают, шли допросы.
Бункер тщательно охраняли: по свидетельству современника, в четырех углах двора стояли танки в боевой готовности, у входа – пулеметы с дежурившими рядом пулеметчиками, по ночам светили мощные прожекторы.
По официальной версии, Берию казнили в том же бункере 23 декабря 1953 г. – роль палача исполнил первый заместитель командующего войсками МВО генерал П.Ф. Батицкий.
После казни был составлен следующий документ: «Акт. 1953 года, декабря 23 дня. Сего числа в 19 часов 50 минут на основании предписания председателя специального судебного присутствия Верховного суда СССР от 23 декабря 1953 года за № 003 мною, комендантом специального судебного присутствия генерал-полковником Батицким П.Ф., в присутствии Генерального прокурора СССР, действительного государственного советника юстиции Руденко Р.А. и генерала армии Москаленко К.С. приведен в исполнение приговор специального судебного присутствия по отношению к осужденному к высшей мере наказания – расстрелу Берия Лаврентия Павловича».