То, что на Сергея Прокофьева набирали совершенно определённый материал, подтвердилось на допросах Лины Ивановны. Точное их содержание нам неизвестно, но по её собственному заявлению, поданному в 1954 году Генеральному прокурору СССР, по рассказам знавших её в заключении и по тому, что довелось услышать детям, Лину Ивановну сажали в карцер, один следователь плевал ей в лицо и пинал ногами, другой подвергал психологической пытке, заставляя слушать крики избиваемых, выкрикивая в спину проклятия и угрожая ещё более страшными побоями. А когда её отправляли обратно в камеру, то из динамика беспрерывно звучало «Полюшко-поле…» Льва Книппера. Понимая, что женщина воспринимает действительность ушами, можно представить, насколько тяжела была для музыкальнейшей Лины именно эта разработанная в МГБ слуховая пытка. «В течение трёх с половиной месяцев (период следствия) мне не давали спать ни ночью, ни днём, я дошла почти до психической болезни», — писала она в заявлении Генеральному прокурору. В 1988 году Лину Ивановну, уже неизлечимо больную и давно выехавшую из СССР, стали посещать видения тюремно-лагерных ужасов: ей казалось, что за стеной кого-то избивают, а врачи и санитары в западногерманской лечебнице, где она находилась в последние месяцы жизни, — это переодетые сотрудники советской госбезопасности, пытающиеся вколоть ей психотропные средства. «Я ни в чём не виновата, не виновата!» — кричала Лина Прокофьева в ужасе и беспамятстве.
В 1948 году от неё требовали инкриминирующих сведений на отца её детей — «предателя» и «белоэмигранта», каковым Прокофьев, следователи это прекрасно знали, никогда не был, а вот в различных разработках госбезопасности в связи с симпатиями к евразийскому движению числился. Один из бывших лидеров евразийцев Пётр Савицкий уже сидел в советском лагере (его арестовали в 1945-м в Праге), другие — оставшиеся в Литве и принявшие советское подданство Карсавин и Сеземан, будут арестованы в 1949-м, и даже те, кто работал на госбезопасность в евразийской среде, тоже подверглись к 1948 году «нейтрализации» — муж Марины Цветаевой Сергей Эфрон был расстрелян в 1941 году (сразу после начала войны), а «ведший» Прокофьева и прекрасно осведомлённый о его музыкальных и политических симпатиях профессиональный разведчик Александр Ланго-вой пребывал с 1940-го в заключении (почему-то ему сохранили жизнь). Словом, нашлось бы достаточно инкриминирующего материала и без выбиваемых из Лины признаний: вхожесть Прокофьева в 1920—1930-е годы в круг «предателей» была очевидна. Не говоря уже о сорвавшемся — не по вине ли Прокофьева? — возвращении Дукельского в СССР, а также об упорном желании самой Лины эмигрировать с родины всех трудящихся во Францию.
21 февраля Святослав и Олег отправились на Николину Гору, где безвыездно жил их отец. Стоял сильный мороз, но они часа два с половиной шли от станции пешком. Дверь дачи открыла Мира. Появление сразу двух сыновей да ещё в такую пору не предвещало ничего хорошего. Не говоря ни слова, Мира захлопнула дверь перед пришедшими. Композитор вышел к сыновьям, тут же поведавшим, что стряслось, попросил подождать его, оделся по погоде и отправился со Святославом и Олегом прочь отдачи — выслушивать подробности про обыск и арест. Мире знать всего не следовало. Прокофьев был глубоко подавлен и лишь изредка задавал короткие вопросы. Только что он подписал противоречившее его убеждениям письмо в руководство Союза композиторов и в Совет министров. Тщетно! Ловушка захлопывалась. Потом отец и сыновья возвратились на дачу, и, что бы ни думала Мира о визитах в её дом детей композитора, она должна была впредь с этим смиряться.
Прокофьев приехал на улицу Чкалова, забрал оттуда все ещё остававшиеся там потенциально опасные бумаги и книги, включая комплект журнала «Америка» и русские романы Набокова-Сирина, и безжалостно сжёг их в дачной печи. Чудом уцелел лишь один роман Набокова из прокофьевской библиотеки — «Отчаянье», зачитанный до войны семьёй Алексея Толстого.