После XI съезда партии новый Секретариат ЦК был сформирован в составе Сталина, Молотова и Куйбышева. Сталин, как генеральный секретарь, оставил Молотова в Секретариате не только как абсолютно лояльного, но также как исключительно исполнительного и работоспособного сотрудника. Он не был создан для первых ролей и мало известен в среде рабочих и крестьян. Зато он аккуратно вел бесчисленное количество дел Секретариата, а Сталин не слишком любил это делать, но был очень требователен к качеству этой работы.
Большевики первого поколения были людьми конкретных дел, поэтому не ценили бюрократическую деятельность. Они дали Молотову кличку «каменная задница». Несмотря на это, как член Политбюро, Молотов также несет ответственность и за все репрессии послевоенных лет: за выселение народностей СССР с их национальной территории, за «Ленинградское дело» и за арест членов Еврейского антифашистского комитета.
Жертвой одной из репрессивных кампаний не случайно стала жена Молотова — Полина Семёновна Жемчужина, которая была еврейкой и во время Великой Отечественной войны стала одним из руководителей Еврейского антифашистского комитета. В 1948 году на Ближнем Востоке появилось еврейское государство Израиль, созданное по решению ООН при активном содействии СССР и лично Сталина, и Советский Союз первым установил с Израилем дипломатические отношения.
Когда в Москву приехала посол Израиля Голда Меир, на приемах, которые устраивало в Москве израильское посольство, присутствовали члены Еврейского антифашистского комитета, а Голда Меир и Полина Жемчужина не раз беседовали друг с другом. Кроме того, её родная сестра в годы Гражданской войны уехала из России, и Полина переписывалась с ней до 1939 года.
Молотов, заполняя анкету, должен был теперь писать в разделе о «родственниках за границей» о сестре и племянниках жены, которые теперь жили в Израиле. Однако хорошие отношения между Израилем и СССР длились недолго. В 1948–1949 годах начались кампания против «безродных космополитов», массовые репрессии против еврейской интеллигенции и ликвидация еврейских общественных и национальных организаций.
Сталин посчитал, что теперь можно расправиться и с Полиной Жемчужиной, в прошлом ближайшей подругой его жены, которая знала слишком много. Она была обвинена в «измене Родине» и в связях с международным сионизмом, тем более что она действительно активно сопротивлялась репрессиям в отношении еврейских организации и рассчитывала в этом на поддержку Запада. Однако вопрос о ее аресте подробно обсуждался на Политбюро.
После того как Берия изложил данные о ней в досье госбезопасности, всё члены Политбюро проголосовали за арест Жемчужиной. Молотов воздержался и не выступил с опровержением. Вернувшись домой, он должен был первым сообщить жене решение Политбюро о ее близком аресте.
— И ты поверил во всю эту клевету! — закричала в отчаянии Полина.
— Но там были представлены такие убедительные документы, — отвечал растерянный Молотов.
На следующий день Жемчужину арестовали.
Генеральный секретарь ЦК Компартии Израиля Микунис вспоминал: «В 1955 году у меня произошла довольно любопытная встреча с Молотовым… В Кремлевской больнице в Кунцеве совершенно случайно в одном из больничных корпусов я и встретил Молотова. До этого я его видел только один раз в Париже, когда он выступал на съезде сторонников мира…
Теперь, в Кунцеве, Молотов был, как и я, в больничной пижаме, но, несмотря на это, он выглядел, как всегда, надменным, выражение лица холодное, жесткое. Увидев его, я подошел к нему и спросил: «Почему вы как член Политбюро позволили арестовать свою жену?» Он окинул меня холодным взглядом и спросил, а кто я, собственно, такой. Я ответил: «Я Генеральный секретарь Коммунистической партии Израиля, и поэтому я вас спрашиваю, и не только вас, я спрошу об этом ЦК. Почему вы дали арестовать свою жену Полину Жемчужину?»
Молотов с тем же стальным лицом, на котором не дрогнул ни один мускул, ответил: «Потому что я член Политбюро и я должен был подчиниться партийной дисциплине… Я подчинился Политбюро, которое решило, что мою жену надо устранить…»
Сталин был первым большевиком, с которым Молотов познакомился в Петербурге во время сотрудничества в газете «Правда» в 1912 году. После смерти Ленина он поддержал Сталина во внутрипартийной борьбе за власть. Сталин ему доверил заниматься вопросами обороны, индустриализации и экономического роста. Он отвечал и за форсированные темпы индустриализации и за нормативы пятилеток в промышленности.
Вместе с Кагановичем он проводил коллективизацию и подписывал «расстрельные списки» людей, которых партия и органы считали вредными членами общества, мешавшими ускоренно строить социализм и укреплять оборону страны. Молотов приобрел известность в мире, когда стал наркомом иностранных дел и в 1939 году заключил договор о ненападении с Германией, ставший важной вехой в истории ХХ века, — пакт Молотова — Риббентропа.