Для людей, веривших старице, она была и мать, и наставница, а часто и ангел-хранитель. До самой своей кончины тетя Ганя не переставала страдать. К ее переживаниям за людей прибавились еще и страдания телесные. За полгода до своей кончины старица сломала бедро. Эта болезнь явилась для нее настоящим испытанием. Боли были почти нестерпимые, поскольку кость срослась неправильно, и любое движение причиняло сильные муки. К ее подвигам прибавился еще и подвиг бескровного мученичества, дарованный Богом ради еще одного венца. Не получая помощи врачей, она терпела все мужественно.
Господь открыл ей время отшествия из этого мира. Мать Агафия знала, когда и как скончается. Некоторым из приезжавших она говорила при встрече, что больше с ними не увидится. Как-то она спросила:
— А что, наверно, хорошо умереть на Пасху? В последнюю зиму своей жизни тетя Ганя на вопрос, поживет ли она еще, ответила, что до травки доживет, что хоронить ее будут во время посадки картошки, и многие не придут — будут заняты.
Незадолго до ее кончины Господь по молитвам праведницы собрал к ней всех духовно близких и дорогих ее сердцу людей, собрал для последнего прощания. Накануне старица подолгу звонила в свой колокольчик, созывая их в последний раз. Она почти уже не могла говорить, произнося отдельные слова, еле-еле перебирая губами. Ее глаза, по-прежнему красные от слез, наполненные невыразимым состраданием к людям, говорили действеннее и значимее любых слов. Было ясно, что она уходит — так мало жизненных сил теплилось в ее теле. По воспоминаниям юноши, приехавшего в те дни в последний раз к тете Гане, она не могла уже отвечать спрашивающим. Но на все неразрешенные его вопросы нашелся ответ по молитвам старицы в тот же приезд удивительным и чудным образом. Прощавшиеся с ней в тот раз очень скорбели, видя, в каком тяжелом положении она находилась. Один человек настойчиво хотел посоветовать народное средство, о котором узнал накануне. До трех раз он пытался завести об этом разговор, и каждый раз матушка, до этого тихо лежавшая, начинала стонать, прерывая его слова. Было удивительно, что при такой телесной немощи она сохраняла духовную чуткость и явно читала мысли всех присутствовавших. Даже на незаданные вопросы она пыталась ответить, произнося еле-еле уловимые фразы.
В праздник Преполовения, восьмого мая 1996 года, как и предсказала задолго до этого сама, мать Агафия закончила свое земное течение. Она умерла так же мирно и спокойно, как и ее сестры. Закончилась ее долгая и святая жизнь.
По единодушному свидетельству многих людей, знавших ее, старица ушла из этого мира, как бы не расставаясь со своими близкими. После ее блаженной кончины не оставалось чувства, что тетя Ганя умерла, что ее уже нет на этой земле. Не было скорби об утрате, слез горя и печали. Было тихое и мирное радостотворное ощущение, что матушка жива, что она здесь, рядом.
Гроб с телом праведницы первое время стоял в доме. Духовенство и миряне молились, совершая литии и читая Псалтирь. На следующий день гроб был вынесен во двор, где была отслужена еще одна заупокойная лития. Стоял солнечный майский день. В те дни отмечались праздники, и многие, как и предсказала мать Агафия, сажали картошку. Вереница людей провожала почившую в храм. Когда люди вернулись из церкви в дом сестёр, то с удивлением увидели, что настенные часы, исправно шедшие без перерыва долгие годы, остановились. С кончиной тети Гани остановилось как бы и само время, прервалось его течение в этом небольшом святом домике. Этот домик на долгие годы остался нетронутым, почти все вещи и обстановка сохранились так, как было при жизни стариц. При посещении его невольно возникает ощущение, что времени как бы не стало, что с их смертью здесь наступила вечность. И еще одно ощущение в нем неизменно — все вошедшие чувствуют, что здесь и сейчас живут сестры-праведницы, что этот дом не пустует, он жилой и поныне.
Девятого мая вечером было отслужено заупокойное всенощное бдение. Перед службой произошло необыкновенное чудо, свидетелями которого были некоторые из присутствовавших в тот момент в храме. После того как гроб с телом почившей был внесен в церковь, Царские врата сами собой открылись без всякой на то посторонней помощи.
Поздно вечером из Москвы приехал Владыка Алексий. По благословению Святейшего Патриарха и с согласия правящего Владыки — архиепископа Симона он прибыл проститься и проводить в жизнь вечную дорогую его сердцу старицу, которую он знал и любил на протяжении многих лет. Знаменательно, что мать Матрону отпевал Владыка, будучи еще архимандритом, Агафии же Господь даровал быть отпетой архиереем. Видимо, таким образом Божие Провидение отметило величие ее подвига.