Хотя Ким Чен Ира более двадцати лет готовили к руководству государством, но смерть отца в июле 1994 года стала для него неожиданностью. Однако сомнений в том, кто станет управлять Страной чучхе ни у кого не было. Официально пост главы государства три года оставался вакантным. Считается, что Ким Чен Ир соблюдал траур, а на должность Генерального секретаря ЦК ТПК его официально избрали лишь в 1997 году. Правда, говорят, что закрытый пленум ЦК ТПК сразу после смерти великого вождя утвердил Кима Второго на место покойного отца. В конце концов, Ким Ир Сен был объявлен Вечным Президентом, а младший Ким занял его место, однако звание «президент» уже не получил.
Ким Чен Ир стал полноправно править страной с 1994 года. Надо сказать, что в это время Страна чучхе переживала нелегкие времена. Вдаваться в подробности не стоит, однако следует отметить, что КНДР столкнулась с беспрецедентным кризисом, почти полностью лишившись помощи со стороны Китая и распавшегося на части СССР. За этим последовал страшнейший голод, жертвами которого стали сотни тысяч людей. В то время эксперты наперегонки строили прогнозы о «скором крахе режиме Ким Чен Ира», но в итоге Ким сумел провести государство (хотя и с очень большими потерями) через трудные времена.
Сам Ким Чен Ир нечасто появлялся на публике, за все время своего правления ни разу не выступил с публичной речью. Его голос по телевидению был слышен только один раз. Во время военного парада вождь подошел к микрофону и сказал: «Слава солдатам — героям Народной армии!»
В иностранных СМИ Ким Чен Ир прославился своей экстравагантностью. В зарубежные поездки он ездил только на личном бронированном поезде. Впрочем, посетил он только две страны — Китай и Россию. В РФ он побывал трижды в 2001, 2002 и 2011 годах.
Конечно, Ким Чен Ир был личностью неординарной и неоднозначной. Однако все, кто знал вождя лично, отмечали, что он был интересным собеседником, часто шутил, любил посмеяться в кругу соратников, внимательно следил за происходящими в мире событиями. Говорят также, что, пока позволяло здоровье, он любил пропустить стаканчик-другой красного французского вина или коньяка, много курил.
Сам же Ким Чен Ир прекрасно помнил, что он является Юрием Ирсеновичем и что родился в СССР. Когда, начиная с 2000-х годов, отношения Северной Кореи с Россией улучшились, то, по словам очевидцев, вождь частенько приходил в гости в посольство России в Пхеньяне, некоторые сотрудники которого были его личными друзьями. Говорят, что Ким Чен Ир любил полакомиться шашлыком, который делал посольский повар.
Ким помнил некоторые фразы на русском языке, с большим уважением относился ко многим артистам советской и российской эстрады. В частности, был большим поклонником творчества Людмилы Зыкиной. Когда у певицы были серьезные проблемы со здоровьем в 2008 году, то по личному указанию товарища Кима ее пригласили в Страну чучхе, где она проходила лечение в лучшей клинике страны. Но, по словам все тех же соратников, вождь четко разграничивал политику и личные отношение. Дружеские отношения с сотрудниками российского посольства никак не влияли на государственные отношения РФ и КНДР.
Про личную жизнь Ким Чен Ира до сих пор ходит много слухов. Скорее всего, он был женат четыре раза: на Сон Хе Рим, Ким Ен Сук, Ко Ен Хи и И Ким Ок. Первая жена подарила вождю первенца, Ким Чен Нама (1970 года рождения, сейчас живет в Макао). Вторая супруга стала матерью Ким Соль Сон (1975). Она работала в отделе пропаганды и была личным секретарем отца. От третьей жены у вождя было два сына, Ким Чен Чхоль (1981) и нынешний лидер КНДР Ким Чен Ын (1983 или 1984), и дочь, Ким Е Чжон. Неофициальные источники говорят о семнадцати детях Ким Чен Ира, однако проверить это не представляется возможным.
Умер Ким Чен Ир внезапно 17 декабря 2011 года, хотя слухи о том, что у вождя серьезные проблемах со здоровьем, ходили уже давно. Официальные власти КНДР сообщили о смерти лидера лишь через два дня после случившегося. Было заявлено, что вождь «скончался от переутомления, вызванного непрерывными инспекционными поездками в интересах строительства процветающего государства». Тело Ким Чен Ира было забальзамировано и выставлено в Кымсусанском мемориальном комплексе в Пхеньяне, там же, где покоится тело его отца, Ким Ир Сена. В том же комплексе сейчас стоит и бронированный вагон, в котором умер Ким Чен Ир. Вся его обстановка подчеркивает то, что вождь неустанно работал до самых последних секунд своей жизни: на столе разложены принесенные на подпись документы, стоит компьютер, кресло отодвинуто немного сторону — как будто Ким Чен Ир просто отлучился ненадолго и скоро вернется в свой кабинет.
Южнокорейская разведка утверждает, что Ким Чен Ир умер в одной из своих резиденций в Пхеньяне, хотя это расхождение в версиях, наверное, не является принципиальным.