Созданная для обсуждения доклада Л. Л. Брейтфуса комиссия Императорского общества судоходства под председательством известного исследователя Карского моря подполковника А. И. Вилькицкого предложила рассчитанный на три года план комплексного исследования и первичного обустройства «
Экспедиции подполковника А. И. Вилькицкого (1894–1896) и вице-адмирала С. О. Макарова (1897) установили, что, обеспечивая доступ к богатым земледельческим районам Западной Сибири и располагая большим речным флотом, обский путь вместе с тем из‐за бара (подводной песчаной отмели) закрыт для кораблей с большой осадкой, тогда как «Енисей не имеет бара и доступен для океанских судов более чем на 1 500 верст от устья». В то же время по своему экспортному потенциалу Енисейская губерния далеко отставала от Тобольской губернии, а енисейский речной флот еще только зарождался. На рубеже веков из двух реально существующих водных путей – по системе Туры, Иртыша, Тобола и Оби, с одной стороны, и Енисея и Ангары, с другой – лишь первый достиг «известной степени оживления» (Турбин, 1891: 34). Хотя С. О. Макаров считал приоритетной задачей открытие собственными силами Российской империи «морского пути на Обь», он же предрекал Енисейской губернии «колоссальное развитие в недалеком будущем» (Макаров, 1898: 39). Помимо европейского вектора сибирской морской торговли выдвигались и другие варианты. Иркутский золотопромышленник, исследователь и спонсор многих полярных экспедиций, в том числе плаваний Норденшельда, Сибиряков предлагал обратиться со всем вниманием к Амуру (Сибиряков, 1894: 16). В дальнейшем, впрочем, приоритет был закреплен за рынками Европы. Объясняя этот выбор, видный деятель сибирского кооперативного движения А. В. Байкалов писал:
Открытый капитаном Далем в 1877 г. путь по Хаманельской Оби двадцать лет спустя был уже недоступным для арктических транспортных судов, тоннаж которых значительно возрос. Таким образом суда не могли доходить напрямую до Тюмени, Тобольска или даже расположенного на Полярном круге в дельте Оби Обдорска (для последнего это означало, что он никогда не станет морским портом). Логистическое решение было найдено в организации перегрузочных операций с морских кораблей на речные и обратно (см. главу Замятиной). Сложная навигационная обстановка в Обской губе – многочисленные мели, сильные течения и частые штормы (Вилькицкий, 1896) – исключала возможность проведения перегрузочных операций на «открытой воде».