Его арест в 1948 году не был лишен некоторого иронического оттенка. Двое старших офицеров пражской военной разведки, капитаны Отокар Фейфар и Войтех Ярабек, сбежали в Германию, оставив в Праге дочь одного из них. Вскоре она села в Праге в экспресс Мюнхен – Париж. В подкладку ее сумочки был зашит список всех чешских шпионов, работающих на Западе, и среди них – сам Франтишек Клецка. На чешской границе молодая женщина занервничала и попросила Клецку подержать некоторое время ее сумочку. Он согласился и вернул ей сумку, когда поезд прибыл на германскую территорию. Через несколько часов Клецка был арестован железнодорожной полицией.
Фейфар и Ярабек были готовы рассказать властям Соединенных Штатов все о чешском шпионаже в Германии. Задачей Фейфара в Праге был сбор информации об американской зоне. Он набирал агентов в Германии из списков, которые передавали ему высшие чешские органы – политическая полиция и генеральный штаб. Несмотря на то что его служба носила военный характер и он был подчинен генеральному штабу, общее руководство шпионской работой было в руках чешского министерства внутренних дел.
Эти два офицера раскрыли имена многих чехов и немцев, которые работали в американской зоне как секретные агенты Праги. Тут же последовали аресты. В последующих за этим судах в Мюнхене подсудимые не отрицали факты, сообщенные свидетелями, двумя чешскими офицерами разведки. Первым судили Клецку. После некоторого запирательства он во всем признался и семнадцатого февраля 1949 года был приговорен к двадцати годам тюремного заключения. На четырех других процессах в феврале и марте рассматривались дела других девятнадцати подсудимых, преимущественно немцев по национальности. Большинство из них были чешскими шпионами и только некоторые – польскими.
Роберт Крузе, один из лучших чешских агентов, был приговорен к восемнадцати годам. Крузе наблюдал за приходом судов в Бремен и сообщал о прибытии танков армии Соединенных Штатов. Восемнадцатилетнее заключение было также определено Адольфу Франку, сорокалетнему чеху, который занимался шпионажем в полицейских формированиях. Гертруда Дерре, двадцатишестилетняя судетская немка, которая до поступления в 1948 году в чешскую разведку работала на гестапо в Норвегии и с американскими агентами в Хофе, на границе советской зоны, была осуждена на двенадцать лет. Мария Хаблич, тоже судетская немка, жена эксперта по вопросам беженцев в баварском правительстве, забирала важные документы из папок в офисе мужа и пересылала их в Чехословакию в официальных конвертах министерства внутренних дел Баварии. Она была приговорена к семи годам. Эдит Дитрих из Мюнхена, которая сказала, что стала шпионкой из-за любви к чешскому офицеру разведки, получила девятилетний срок заключения.
Пражское правительство реагировало на аресты и суды над его шпионами в Германии точно так же, как это делало советское правительство еще с начала двадцатых годов. Два американских солдата, которые служили в Германии, Кларендон Хилл и Джордж Джонс, были арестованы чешской полицией, когда они заблудились и оказались на чешской территории, их обвинили в шпионаже. Пятнадцатого марта 1949 года, когда были опубликованы приговоры чешских агентов в Мюнхене, пражское правительство информировало Соединенные Штаты, что Хилл и Джонс предстанут перед чешским судом. Представителю Соединенных Штатов не позволили увидеться с обвиняемыми, которые были жестоко избиты.
Двадцать третьего марта генерал Люциус Д. Клей сократил срок заключения Франтишеку Клецке с двадцати до пяти лет. Но эта акция опоздала для того, чтобы предотвратить суд над американскими солдатами в Праге, назначенный на двадцать девятое марта. На закрытом судебном процессе Хилл был приговорен к десяти, а Джонс – к двенадцати годам заключения. Однако двадцать третьего мая оба солдата были помилованы чешским правительством и им было позволено покинуть Чехословакию.
Деятельность чешской разведки в Германии не уменьшилась после этих арестов и судов, волнения возникли главным образом только среди мелких агентов.