Вскоре Гелен пришел к выводу, что необходимы не только новые настроения и процедуры, но и новый персонал. Главы секций и групп сменялись один за другим. Позволено было остаться только младшему персоналу и офицерам, поступившим в FHO совсем недавно и не усвоившим старых обычаев. Вдобавок к смене персонала Гелен увеличил FHO, удвоив число офицеров (с 24 до 50), и увеличил общую численность личного состава до нескольких сот человек.
Среди переживших чистку Гелена был капитан Герхард Вессель, недавно поступивший в FHO. Начиная с мая 1942 года Гелен, Вессель и майор Данко Герре начали реорганизацию. Вессель был поставлен во главе группы I (исследовательской группы), отвечавшей за подготовку ежедневных сводок о силе, местоположении и снаряжении советских войск. Герре руководил деятельностью группы II, изучавшей разведывательные сводки и готовившей общие обзоры по Советскому Союзу
[43]. Новый персонал влился в группу I, разделенную на шесть подгрупп, четыре из которых соответствовали трем немецким группам армий ("Север", "Центр", "Юг") на Восточном фронте. (Две дополнительные подгруппы занимались партизанами и воздушной разведкой.) Каждая подгруппа, состоявшая из старшего офицера подгруппы и помощника, отвечала за отслеживание ежедневного состояния противника на фронте своей группы. В их донесениях должны были указываться местоположение подразделений противника, их сила, история их формирования, снаряжения и личный состав. Каждое изменение в силе каждого советского подразделения отмечалось как "вкравшаяся погрешность".Все подгруппы группы I должны были ежедневно выдавать ситуационную сводку о советских формированиях, противостоящих их группе. Вдобавок они отвечали за подготовку черновиков "краткой оценки положения противника", после чего ее заканчивал Вессель и передавал Гелену, чтобы тот доставил ее на военный совет Генерального штаба в 22.00 (затем она включалась в донесение начальника Генштаба о последних военных советах Гитлеру). В круг ответственности подгрупп группы I входили также ситуативные карты противника (масштаб 1:1 000 000), указывающие все перемены во вражеских войсках, результаты воздушной разведки и все перегруппировки вражеских войск.
Группа II (общая военная ситуация / Россия) исследовала предпосылки, определявшие ежедневную ситуацию. Подгруппа На изучала базовые составляющие, в частности советские трудовые ресурсы, используя в качестве основного источника данных данные переписи 1939 года. В оценке от мая 1942 года делался вывод, что Советский Союз может сформировать еще 60 стрелковых дивизий, если только не будут призваны 18-летние юноши, необходимые для труда на полях
[44]. Кроме трудовых ресурсов, подгруппа На изучала все аспекты советской экономики; поддерживались списки, сгруппированные по географическим регионам, показывающие объемы производства. Группа IIb, опираясь на захваченные письма, допросы военнопленных и газеты, изучала вторичные факторы, в том числе мораль, запасы продовольствия, политическую ситуацию и образование.Группа IIc изучала организацию войск противника, внося новые сведения о подразделениях противника на соответствующие идентификационные карточки, число которых достигало 30 тысяч. В каждой карточке была указана дата формирования подразделения, его местонахождение, источник сведений и его надежность. Насколько известно, в карточках также была отмечена сила каждого подразделения, вооружение, потери, национальный состав, номер полевой почты, командиры и история. Каждый день подгруппа готовила "обзор формирований Советской России", сопровождая его картами в масштабе 1:1 000 000 и 1:300 000. В обзоре перечислялось количество различных вражеских формирований на фронте каждой немецкой группы армий по трем разделам — фронт, фронтовой резерв и глубокий резерв.
Группа IIc также вела "картотеку подразделений" и "специальную картотеку", содержавшие суммарные сведения FHO о командирах Красной армии, организациях, учреждениях, училищах и номерах полевой почты. Личные дела содержали данные о советских генералах и всех офицерах рангом от командира дивизии и выше.
Вдобавок IIc с различной частотой выдавала прочие индексы и рапорты: соотношение сил и средств немецких и советских войск (ежедневно); обзоры фронтов, армий и корпусов (ежеквартально); список всех вражеских формирований; обзор формирований Красной армии, появившихся после начала Второй мировой войны; обзор подразделений Красной армии, уничтоженных или расформированных после начала войны, и ежемесячный отчет о состоянии советского вооружения.