Первые поселенцы-евреи появились в Сибири в царствование Алексея Михайловича (XVII). В основном это были пленные, угнанные из Польши, не пожелавшие принять православие, а потому подлежавшие высылке в отдаленные районы страны. В начале XVIII в. в Сибири появились первые каторжане-евреи: тогда на Нерчинский, Ачинский и другие рудники ссылали приговоренных к вечной каторге. Их потомки, как правило, оставались в Сибири, занимались мелкой торговлей, ремеслами или земледелием и чаще всего были приписаны к крестьянскому сословию. В конце XVIII в. небольшие еврейские общины существовали в Томске, Омске, Тобольске, Каинске, Нижнеудинске и других городах. Однако после того как в 1791 г. в Российской империи была установлена «черта оседлости» (15 губерний, охватывавших в основном территорию Польши, Украины, Белоруссии, Литвы и Бессарабии), проживать в Сибири евреям запретили. Попасть туда они могли, только совершив преступление. Особенно усилились гонения в период царствования Николая I. Правда, тогда же в Сибирь стали отправлять кантонистов.
В 1836 г. возник план переселения в Сибирь части евреев, предназначенных к водворению в южнорусские степи. Для этих переселенцев должны были выделить земельный фонд на пяти различных участках Западной Сибири, снабдить их за счет казны земледельческими орудиями, рабочим скотом и домашней утварью. Но Николай I не только не поддержал этот проект, а приказал «совершенно прекратить переселение евреев в Сибирь». Те переселенцы, которые уже успели добраться до места проживания, могли остаться в Сибири, находившиеся же в пути должны были поехать в Херсонскую губернию. Тем не менее на отведенных участках успело поселиться 1367 чел. Их потомки поражали путешественников-европейцев, посещавших Сибирь в кон. XIX – нач. XX в. Это были умелые, хозяйственные и непьющие землепашцы, одевавшиеся уже совершенно по-русски, говорившие с сибирским акцентом, но исповедовавшие иудаизм. Лучше всего об этом написал в одном из писем А.П. Чехов, путешествовавший в 1890 г. через Сибирь на Сахалин: «Вот нашел наконец одного хорошего русского мужика. И тот еврей».
В 1837 г. были изданы особые правила, основной целью которых было «уменьшить количество уже проживающих в Сибири евреев». По этим правилам лишь евреев старше 40 лет можно было отправлять в Сибирь, но водворять их следовало в наиболее отдаленные места Иркутской губернии и Забайкальской области, а детей ссыльных евреев следовало зачислять в кантонисты или отправлять в черту оседлости.
Александр И разрешил некоторым категориям евреев селиться во внутренних губерниях России, в том числе в Сибири. Началось стремительное экономическое развитие Сибирского региона, немалая заслуга в котором принадлежит еврейским купцам и промышленникам, торговавшим хлебом, ввозившим скот из Монголии, снабжавшим припасами прииски.
В 1898 г. началась новая волна гонений – право повсеместного жительства для привилегированных групп евреев перестало распространяться на Сибирь. Повсюду установили кордоны на границах губерний, в паспортах приезжавших евреев ставили особый штамп: «въезд в сибирские города воспрещен». Эти меры мгновенно отразились на экономике края – русские купцы в отсутствие конкуренции так взвинтили цены, что некоторые градоначальники предпочли нарушить закон, укрывая евреев.