Визенталь начал отслеживать нацистов, въезжавших в США, еще в 50-е годы и не раз выражал по этому поводу протест. Нескольких нацистов он сумел разоблачить.
До показа сериала «Холокост» нацистскими военными преступниками в США занималась иммиграционная служба, но в 1979 году в Министерстве юстиции был создан с этой целью Отдел особых расследований (ООР). Создание этого отдела сопровождалось в министерстве довольно острой борьбой. Его сотрудники хорошо понимали, какие политические ожидания были связаны с их работой, и очень хотели добиться успеха. В служебном меморандуме, где анализировались различные варианты действий в связи с одним из расследований, говорилось, что в числе возможных неприятных результатов может быть скандал в прессе, а также недовольство израильской полиции и Симона Визенталя. «Это недовольство, – отмечалось в документе, – может распространиться на еврейскую общину США и иметь политические последствия».
Визенталь справедливо полагал, что своим созданием ООР был обязан в том числе его общественной деятельности в Америке, и рассматривал эту структуру как орудие для реализации собственных планов. Он часто инструктировал работников ООР, как если бы они были его подчиненными, а также завалил их именами и адресами, за что сотрудники отдела были ему признательны. Тем не менее уже тогда стиль его работы воспринимался ими как сомнительный: Визенталь считал, что официальные структуры, которые он снабжал информацией, должны относиться к его материалам как к проверенным, надежным и достаточным для ареста и суда, а почти всю информацию, которую раздобывал, немедленно публиковал в прессе.
В 1979 году ООР занялся одним из помощников Эйхмана, Отто Альбрехтом фон Большвингом. Дело это было очень деликатное, так как после войны фон Большвинг, с 1954 года проживавший в Калифорнии, работал на американскую разведку. Поэтому следствие велось в строжайшей тайне. Однако в один прекрасный день в израильской газете «Джерузалем пост» появилось интервью с Визенталем, где он, помимо всего прочего, сообщал, что фон Большвинг находится в США (о чем сотрудники ООР рассказали ему по большому секрету), а еще через несколько недель упомянул фон Большвинга в ежегодном отчете о своей деятельности (хотя его обнаружения себе и не приписал).
В конце концов фон Большвинг умер (так и не будучи высланным из США), а публикации Визенталя делу не повредили, но сотрудники ООР стали вести себя с ним осторожнее – еще и потому, что он похищал у них сенсации, а иногда снабжал их неверной информацией.
В 1974 году Визенталь передал американской иммиграционной службе информацию о рабочем чикагского автомобильного завода Франке Валусе. Через три года власти попытались лишить Валуса гражданства (подавая прошение об американском гражданстве, тот скрыл, что работал на гестапо), но, хотя суд и постановил лишить его гражданства, Валус подал апелляцию, представил доказательства своей невиновности и выиграл. В ООР его дело было решено закрыть.
Визенталь пытался еще какое-то время доказывать, что Валус солгал, и они оба подали друг на друга в суд за клевету, но в конечном счете между ними было достигнуто соглашение, подробности которого не подлежали публикации. У Визенталя не было причин считать, что он допустил в этой истории ошибку, и он полагал, что сотрудники ООР слишком быстро сдались, но те, в свою очередь, утверждали, что их подвел Визенталь.
Самим сотрудникам ООР тоже приходилось терпеть неудачи, как, например, в случае Джоном Демьянюком, проживавшим в Кливленде (штат Огайо), которого с большим шумом экстрадировали в Израиль: в ООР считали, что он был «Иваном Грозным», обслуживавшим газовые камеры Треблинки. Судебный процесс над ним проходил в Иерусалиме, был обставлен как «второй суд над Эйхманом», и его приговорили к смертной казни. Но когда он еще только собирался подавать апелляцию, обнаружились новые факты, благодаря которым он был оправдан и вернулся в Америку. (В 2009 году он предстал перед судом в Германии.)
Эта история показала, что американцы не были готовы наказывать нацистских преступников за то, что те убивали евреев. Их экстрадировали по другой причине – за ложь чиновникам иммиграционной службы. Это было не торжеством справедливости, а скорее очищением американского общества.
Визенталь поначалу считал Демьянюка виновным, но после его оправдания заявил, что на основании новых фактов тоже бы его оправдал.
Сотрудничая с ООР, Визенталь рассчитывал на тот же уровень взаимопонимания и ту же степень уважения, к которым привык, работая с правоохранительными органами ФРГ. Даже амбициозные юристы из Вашингтона, зная о его политической влиятельности, старались с ним в конфликты не вступать. В 1984 году начальник ООР Нил Шер вознес ему хвалу за его «бескомпромиссную преданность борьбе за справедливость и неустанные усилия с целью пробудить совесть мира», а через три года поблагодарил за помощь в письме, написанном в очень дружелюбном тоне.