В наше время, как уже говорилось, в антиминсе на престоле непременно присутствуют мощи святых. Вещественные останки небожителей, таким образом, устанавливают прямую и непосредственную связь престола и алтаря земной Церкви с Церковью Небесной, с Царством Божиим. Здесь земное неразрывно и теснейшим образом сопряжено с небесным: под небесным жертвенником, соответствующим нашему престолу, святой Иоанн Богослов видел души "убиенных за слово Божие и за свидетельство, которое они имели" (Откр. 6,9). Наконец, Бескровная Жертва, приносимая на престоле, а также то, что на нем, как правило, в дарохранительнице постоянно хранятся Тело и Кровь Спасителя в виде запасных Даров, делает алтарь величайшей святыней.
Естественно, что со временем алтарь со святым престолом стал все более отгораживаться от остальной части храма. В катакомбных храмах (I-V вв. по Р. Х.) уже существовали солея и алтарные преграды в виде низких решеток. Затем возник иконостас с царскими и боковыми дверями.
Такое отделение соответствует догматическому понятию о Боге, как совершенно отличном от Своего творения Вездесущем Духе, Которые лишь по временам открывается людям в тех или иных Своих действиях и Которого являет нам Господь Иисус Христос — "Единородный Сын, сущий в недре Отчем" (Ин. 1,18).
Слово "алтарь" происходит от латинского alta arae, что означает возвышенное место, возвышение. По-гречески, алтарь в древности назывался "бима", что означало возвышенный жертвенник, возвышение, с которого ораторы произносили речи, судилище, с которого цари возвещали народу свои повеления, творили суд, раздавали награды. Эти названия в общем соответствуют духовному назначению алтаря в православном храме. Но они также свидетельствуют, что уже в глубокой древности алтари христианских храмов устраивались на некотором возвышении по отношению к остальной части храма. Это, как правило, соблюдается и до наших дней.
Если алтарь в целом означает область бытия Божия, то вещественным знамением Самого невещественного Бога является престол, где Бог действительно особым образом присутствует в Святых Дарах и мощах Своих святых угодников.
Первоначально алтарь состоял из престола, который помещался в центре алтарного пространства, кафедры (седалища) епископа и скамей для духовенства (Горнее место), располагавшихся против престола у стены в полукружии алтарной абсиды. Предложение (нынешний жертвенник) и сосудохранилище (ризница) были в отдельных помещениях (приделах), справа и слева от алтаря. Затем предложение стало помещаться для удобства богослужения в самом алтаре, в его северо-восточном углу, слева от Горнего места, если смотреть со стороны престола. Вероятно, в связи с этим несколько изменились и названия святых мест алтаря. Престол в древности всегда назывался жертвенником или трапезой. Так называли его святые отцы и учители Церкви. И в наших Служебниках престол именуется трапезой, жертвенником. В древности престолом называлось архиерейское седалище на Горнем месте, что вполне соответствует земному значению этого слова: престол — это царское или княжеское возвышенное седалище, трон. С перенесением предложения, на котором совершается приготовление хлеба и вина для таинства Евхаристии, в алтарь, в устной традиции оно стало называться жертвенником, а престол стал именоваться Горним местом; собственно жертвенник (трапеза), получил название престол. При этом имеется в виду, что эта таинственная духовная трапеза является как бы троном (престолом) Небесного Царя. Тем не менее в Уставе и богослужебных книгах по-прежнему жертвенник называется предложением, а престол носит также название трапезы, так как на нем возлежат и с него преподаются духовенству и верующим Тело и Кровь Христовы. И все же прочная традиция чаше всего трапезу именуют святым престолом Божиим.